fixed array out of bounds exception in copy constructor

showQuality may be updated during archive file load

Convenient function findEndRes

Add features from Popupmenu

Overview may request index beyond alignment height

Use i, not index if not representedSeqs

If conservation is null, disable Blosum62 and conservation colouring

Annotasiont[j] might be null

Local adjustForhiddenSeqs routine

RepresentGroup count items

Null element checked

HiddenSequences now array, not hashtable

Comment out debug to compile applet

fixes exception (array index out of bounds - due to off by one error) when applying conservation colouring to a group

refined id matching to pick the closest match (by length) to the query and added '_' to the list of word separators

debug message bugfix on duplicate tree leaf names.

No need to find index when deleting

Calculate alWidth earlier

Remove growing hashtable

Check on null consensus

bugfix for dodgy trees which contain the same leafname more than once - so that all leaves in the tree are properly associated.

Must repaint whole alignPanel

MaxResidue must be at least 2

Remove unneccessary separator

Only getGroups once if groupEditingcvs update

1.1 compatible

Use AAFrequency final keys

SetTooltip empty

Optimized

aaIndex replaces aaHash

static final strings for consensus keys

Consensus and conservation updated in threads

fixed log4j complaints for vamsas logging (again)

fixed log4j complaints for vamsas logging.

excluded log4j properties.

java 1.4 compliant classes.

imported Vamsas bindings and alpha vamsas client code from VamJalview cvs branch. Compilation requires vamsas-client.jar but Jalview can be distributed without the vamsas-client.jar.

set firstColumn property for an alignmentView object.

fixed getCompactAlignment method to return proper cigarArray and added 'firstColumn' parameter to AlignmentView object.

Added filter so that input to a JPred job is *solely* the visible residues, and the profile and prediction are correctly mapped back to the original seuence.

javadoc

new getVisibleContigs method mirrors the getVisibleContigs method in AlignmentView

AAFrequency optimized

Set consensus as hashtble[]

Multiple Views

BatchSize now 10

OutOfMemoryError test

TabbedPanes for views

lower case available

AlignFrame must take width and height

Sequenceset may be empty, multiple views

DEFAULT_WIDTH

Viewname, sequencesetid, gatheredViews

Sequences are optionalcvs diff vamsas.xsd

Check annotation is editable

Send DAS requests in batches of 20

DB seqs may be lower or upper case

BoldFont upperCase

Remove empty() from feature ToolTip

Check selection scroll beyond aligmnment height

Check on vscrollMax values

upperCaseBold

TurnColour bug on popupmenu applet

fixed tree building exception when one residue or a single column of residues is selected.

Draw hidden column marker correctly

click node to select sequences

Simplified schema

Simplified layout

hideSequence hide all before recalc consensus

Copy consensus

2.1.1 bug fix

2.1.1 bug fix

Add copy consensus sequence

Allow alt for group editing

For now ignore middle mouse font resize on Mac applet

Allow alt button for Mac applet group editing

Comment out lower case colouring for bug fix release

Remove system.outs

get idWidth should use italic font when getting size

Error message if file not found moved for headless state

visWidth allows borders to be drawn around offscreen images when making images

Remove system.out

getVisibleIdWidth() for making images

added copy consensus sequence to consensus annotation popup menu

getVisibleContigs() returns start and end positions of visible regions of an alignmentView.

javadoc on contigs

Dont look for middle mouse on the Mac

MAC moved to viewport

feature settings

Feature Settings

GraphHeight might be zero

jnet file is 1 to 1 mapping

Remove unnecessary separotor

Gap added to aa3Hash

User colours are case sensitive

Can shrink graph to zero

No stacktrace

createMapping alreadyMapped

Additional repaint

jnetfile can be loaded onto alignment