Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

Jalview-JS/JAL-3253 debug comments out

Jalview-JS/JAL-3253 AppletParams color params

"defaultcolour" -> "DEFAULT_COLOUR"
"defaultcolournuc" -> "DEFAULT_COLOUR_NUC"
"defaultcolourprot" -> "DEFAULT_COLOUR_PROT"

Jalview-JS/JAL-3253, JAL-3266 Varna preliminary upgrade

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet,JAL-3263 SwingJS-site.zip clean build for 秘foo

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet Platform getDocumentBase() and getCodeBase() as if
applet fixed

uses g.秘html5Applet instead of J2S.thisApplet

JAL-3253-applet feature parameter processing fixed

JAL-3253 ApplicationSingletonProvider replaces Instance

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet, reading applet tag parameters needed toLowerCase()

JAL-3253-applet, JAL-3263 new SwingJS-site.zip for "_"

JAL-3263 variable name now 秘html5Applet

Fix to not create lasting static instance in JavaScript; trims up code

removes temporary debugging line

JAL-3263, JAL 3264 New Transpiler fixes FunctionalInterface issues,
_xxxx issues,

privatizes SwingJS-private fields with Mandarin first "secret" character
\u79D8  (only affects File._byte; left here in both forms _byte and
秘byte

SwingJS bug in transpiler caused java.util.stream.MatchOps to fail. Adds
back in the IntervalStore classes into srcjar, which use Java8
FunctionalInterfaces.

Site resources for running pages with swingjs/JalviewJS.js

JalviewJS.js just a very thin implementation, enough to show a "Start
Jalview" button, read the <applet> tag for parameters, and to start the
applet when that button is pressed.

Using the applet tags allows support for both Java and JavaScript for
pages that have Jalview <applet> tags. (Java right now requires
?_USE=JAVA)

Info.resourcePath is used by jalview.bin.AppletParams to ensure that the
directory with the resources is found.

applets.html is functioning in a preliminary demo mode

 - <applet> tag read successfully
 - Info.resourcePath read successfully
 - Info and applet parameters transferred successfully
 - .fa and features files read successfully
 - embedding and floating frames supported
 - initial "Start Jalview" buttons working
 - when VARNA 2D or other window is displays, others hide.
     (probably because Desktop is in the DOM but hidden).

JalviewAppLoader for moving code from JalviewLite relating to applet
parameters

better preferences/properties

jalview.bin.AppletParams

new SwingJS-site.zip

VARNA fix for use of _border used by JSComponent (how to avoid this?)

trying to force a build at builds.jalview.org

minor edits

JAL-3253 FileFormats static removal

JAL-3253 jalview.bin.Instance for AppCache and FeatureAttribute

JAL-3253 jalview.bin.Instance streamlining

JAL-3253 jalview.bin.Instance handles all singleton instances -
preliminary

insignificant test file changes

Jalview-JS/JAL-3253-applet Desktop fix for null desktopPane in testing

Jalview-JS/JAL-3253-applet does not recognize \r\n as OK

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

Jalview-JS/JAL-3253-applet

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253/JAL-3258  FileLoader fix for use of file.separator

JAL-3253/JAL-3257
working on getting TestNG working with singletons

check for null property file in Cache.setProperty to avoid error message
in testng; fixes problems with FeatureFileTest and FeatureFile with
mixed or unconsidered line endings

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript part 4 of 3

working on getting TestNG working with singletons

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript part 3 of 3

More succinct singleton class instances stored in jalview.bin.Jalview.

All 2200 instances of "static" checked.

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript part 2

Includes lazy dynamic loading of SequenceFetcher database options.

Note that if WebServices menu is enabled (Java, not JavaScript), then
all web-based database proxies are instantiated anyway.

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript

Desktop.instance and Desktop.getInstance()
Jalview.instance and Jalview.getInstance()
AlignmentSorter.instance and AlignmentSorter.getInstance()

ArgsParser static final options

*SoapBindingStub static final _operations

Clean up of headless business
Clean up of ArgsParser options

JAL-3253 AppletParams class for processing applet-specific params

JAL-3226 removal of superseded changes

JAL-3010 borderless 'x' for "delete this filter condition"

[JAL-3226] problem that JavaScript (or Java) may consolidate multiple
repaint() requests in unpredictable ways. In this case, the issue was
that in response to a CTRL-C/CTRL-V paste request, in Java a fast
repaint request preceded two full requests, thus resulting
in a full request for paint. In constrast, in JavaScript, the three
requests were bundled together into one, so the fastPaint flag was
still present for the second and third request.

This resulted in incomplete painting.

The solution was to set seqCanvas.fastPaint and idCanvas.fastPaint false
in PaintRefresher when the target to be painted is one of those two
components.

BH 2019.04.22

update of SwingJS -- no changes known.

minor code clean up

minor code clean up

// BH 2018.04.18 comment: addNotify() is not appropriate here. We
    // are not changing ancestors, and keyboard action listeners do
    // not need to be reset. addNotify() is a very expensive operation,
    // requiring a full re-layout of all parents and children.
    // Note in JComponent:
    // This method is called by the toolkit internally and should
    // not be called directly by programs.
    // I note that addNotify() is called in several areas of Jalview.

Adds check for gap padding to disallow fast paint upon pasting if
alignment has been modified.

removes unnecessary clearFastPaint

Corrects incorrect calls to ViewportRanges.setEndSeq()

This function has the limit of height - 1, not height. Also adds safety
for start < 0 in ViewportRanges.setEndSeq();

pushing again, just comments

hack for fastpaint Java bug upshifting one line after a sequence
selection paste. Covered in Java by a full paint by ConsensusThread.

reverting     seqPanel.seqCanvas.clearFastPaint();

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3193 dbSource always "ENSEMBL"

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

explicit Hashtable objects

adds an explicit clearing of the SeqCanvas fastPaint flag upon viewport
adjustment

JAL-3026 fix bug loading Jalview Project (in Java)

JAL-3111 fix 2.11 html anchor in docs

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 Jalview 2.11 what’s New and estimated release date

JAL-3111 tweak PCA documentation

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3111_release_211

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

better resource loading/file caching

caching of DnD files dropped

jmol-app updated for SwingJS ZipTools upgrade

localizes Thread colourby so that it does not cause ThreadStateException
in Java

comments only

missing check for JavaScript in client response for String (Java) vs.
Map (JavaScript) -- since JavaScript has already done the conversion to
a Map and needs no further JSON parsing.

unused old SwingJS dependencies

unused old SwingJS dependencies

Adds _j2sclasslist.txt to SwingJS distribution; fixes missing
menuListener

Merge branch 'bug/JAL-3218scalePanelPopups' into develop

JAL-3193 no separatge EnsemblGenomes source in SequenceFetcher

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3193 rest.ensemblgenomes.org merged to rest.ensembl.org

JAL-3018 REST version updated to 10.0

JAL-3033 and more classes for examples core

JAL-3033 jalview.org/jalview-js/JalviewJS.shtml?open%20http://www.jalview.org/examples/uniref50.fa

JTable improvements

- prevents loss of tool tip when clicking or editing

- corrects offset of center label in variable color option

- speed somewhat improved

better comment regarding setting recognized ajax-enabled sites

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

code formatting only

JAL-3033 more classes for the kitchen sink

JAL-3033 updated classlist for loading the example file (jim's kitchensink corefile)

File caching activated explicitly in Platform

Fix for #196  EBI does not allow AJAX on Tools/dbfetch  - now they do.

command line fix

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

fixes for Jalview command-line URI code

JAL-3204 update to uniprot schema

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

j2sNative cleanup; fix for JTextArea preferred height miscalculation

JAL-3220 j2sIgnore on 3 more main methods

JAL-3220 j2sIgnore on main methods on test / utility classes

JAL-3220 unneeded main methods removed