Add annotation with sequence ref updated

Reads annotation files

Applet draws line graphs

Applet reads in annotation files

AA properties added

AA Properties

New images

Updated images

removed

Removed

Cancel button is now close button

Dont draw origin beyond end of alignment

No need for apply button, just update colours when events occur

Get min and max colour added

Can be used for annotation colouring

Faster paint

Use Antialias flag

Smooth fonts added

Null sequence check

Monospaced indicator

Unix drag and drop implemented

GraphGroups added

Fast paint update

Anti alias flag

Drop annotations onto alignment

Smooth fonts, annotation Colour

Smooth font option

AddAnnotation with start index

New Class

New files

Faster painting

Allow features in overview window

Allow embedded applet

PIR file IO now preserves and parses Modeller style colon-separated fields

DBRefEntry made for sequences retrieved from the PDB

<No Comment Entered>

ensured properties are loaded before loggers are initialised.

refactored Alignframe padGaps code to Alignment and Added AlignmentI method.

Check for null StringBuffer in getPDB

Check for null StringBuffer in getPDB

Jar file 20% smaller

Reduced jar size by 20%

Allow embedded applet

graph now has type, not a boolean

Watch for trim left/right null widths

REGEX CANNOT BE STATIC

Wrapped search scrolls to visible result

Remove import

Annotations.Graph can be bargraph, linegraph

Remove printPoints

Remove main method

Load assocated tree

Todo notes for feature issue:   0011711

Close body and html, dont put in table

Prevents confusing extra line being output in Java Console

SetMenuBar(null) when closing frames. Prevents a bug in JVMs post 1.4

Broken link fixed

Broken link fixed

Version update

Builds web TOC for help files

Link to applets.html

Applet new features

Remove unused mappings

GetAlignment uses active alignment window

Inlude mcview in build applet

Change dataset name

Change title

Release date

DOnt mention WSWublast for now

Jbinit

Font size label

Dont bother with WSWUBlast for now

FOnt size -3 for labels

 Check if user cancelled before making image

Set font italic

Font changes on export png/eps

Getmask is slightly wider

added description of how PDB structures can be associated with
sequences (and so viewed in the PDB viewer).

Rearranged 'What's new' and debugged/verified the sequence fetcher and
pdbviewer/viewingpdbs entries.

fixed pdbentry creation and multiple uniprot or pdb entry retrieval.

Change order of repaint if wrapped

Applet Structure viewer has all colours available

Can be used by PDBViewer

All colours added to Structure viewer

Only load the tree file once, for first alignment

Keylistener added to frame and seqcanvas

context dependent title for when called from desktop or alignment window menu

changed WhatsNew to a folder and modified preferences and seqfetcher
entries.

If dataset seq exists for paste to existing alignment, make a ref

added some error checking and instruction dialogs

Should call deselectAll when escape pressed

Dont repaint if component has been removed

SeqColoursReady

modified jnet parsing exception report string.

exception checks for (de)uniquify

Clustal colour added to table

SeqColoursReady boolean added

UnknownSequences.remove moved out of loop

showAnnotation state loaded

null pointer in wrapped mode, click near sequence