JAL-3820 add java and java.exe from JAVAHOME to list of likely JVMs

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3830_remove_dock_icon_in_headless_mode

JAL-4019 corrected to '>' to '>=' for percentage comparisons

Merge branch 'patch/JAL-4196_structure_viewer_synchronising' into develop

JAL-3830 Take account of --gui taking precedence over --headless

JAL-3830 Look for --headless mode and add -Djava.awt.headless=true to java invocation to remove icon from dock in macos

JAL-4001 make page_location the same encoding as the old jgoogleanalytics

JAL-4001 Changed for Java 8 compatibility

JAL-4001 Trying to see extra information in GA dashboard

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_migrate_googleanalytics_to_GA4

JAL-3599 Tidyup for all OS to use ScheduledExecutor

JAL-3599 replaced a build dependency for jalviewjsLaunchTest

JAL-3599 Cater for macOS. ScheduledExecutor timeout implemented

JAL-3599 Cater for macOS. --timeout not working yet

JAL-3599 Make jalviewjs dependOn jalviewjsLaunchTest. Change jalviewjsLaunchTest to only stop the task (not trigger a failure) if chrome not found. Remove deliberate NPE.

JAL-3599 Deliberate NPE to see if build plan fails

JAL-3599 fixed placement of 'First Run' file for chromium profile

JAL-3599 --no-sandbox --disable-gpu and Thorium flatpak on build server

JAL-3599 STDOUT and STDERR saved and sent to System.out/err

JAL-3599 Not redirecting STDOUT or STDERR just for build server debuggin

JAL-3599 More stderr/stdout output to logs when anything

JAL-3599 More stderr/stdout output to logs when failed

JAL-3599 increase real and virtual time chrome runs for to 60s (in real-time this is still about 3s)

JAL-3599 gradle tasks to test JalviewJS launches in a chrome or chromium browser

JAL-4001 Only send defaultParams for application_launch event

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_migrate_googleanalytics_to_GA4

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4196_structure_viewer_synchronising

JAL-4196 make very sure we avoid CME by defensively copying the Map.values() to another list and synchronising on it

JAL-4196 report an error if structure view doesn’t get created (for whatever reason) during CLI arg processing, and wait around until the viewer has finished importing before doing anything

JAL-4196 structure view cli tests wait using new jalview.Desktop.instance.operationsAreInProgress() returns true if any desktop windows have a progress indicator still active

JAL-3416 FlatLaf SystemInfo failing in JalviewJS.  Look and Feel not relevant to JalviewJS so setLookAndFeel commented out for j2s with @j2sIgnore

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_migrate_googleanalytics_to_GA4

Merge branch 'patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe' into develop

JAL-4001 Javadoc for the method to use

JAL-4195 add exception handling for all image output ops - still need to refactor messaging to the UI

Merge branch 'patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe' into develop

JAL-4195 catch thrown exceptions (if any) during image export and report as an error.

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_migrate_googleanalytics_to_GA4

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4193_cl_arg_prevent_startup_file

JAL-4001 Added more params for application_launch

JAL-4001 removed a test param

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_migrate_googleanalytics_to_GA4

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_migrate_googleanalytics_to_GA4

JAL-4001 GA4 tracking is now ENABLED.  Currently logging a page_view like the website with a schemeless, domainless path the same as the UA tracking, as well as a custom application_launch event with the path_location, separate app_name and version parameters

JAL-4195 tidy up desktop instances after creating them

JAL-4195 report full stack trace for exceptions raised when exporting an image

JAL-4160 --colour can now take user defined scheme names and colour scheme-spec definition lines as its value

JAL-4160 JAL-4195 wait around until alignFrame calculators are finished before trying to output an image

JAL-1551 formatting and javadoc for ArgParser rather than // comments

JAL-629 - remove TODO from jalview.bin.Jalview since it is now done via jalview.bin.Commands

JAL-4195 Debug message indicating creation of an image file should come before we make the call to create the file !

JAL-1551 a bit of javadoc for Jalview.testoutput methods

JAL-4001 debugging statements

JAL-4001 untested GA4 client code

JAL-4001 most of google analytics client

JAL-4001 start of GA4 client class

JAL-4090 update 2.11.3.0 release notes for recent merges

JAL-3521 Updated debian build.gradle in utils/debian/debian_build.gradle and patch file

JAL-4001 Spanish translation

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_migrate_googleanalytics_to_GA4

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4193_cl_arg_prevent_startup_file

JAL-629 changes merged in from develop fixed it.  Deleted duplicate example PAE file.

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 fixing test EBIAlphaFoldTest.checkImportPAEToStructure(). not fixed yet

JAL-4001 Changed title+message to MessageManager

JAL-629 added data for test

JAL-4193 JAL-4194 sessionProperties layer in Cache, CLI arg Opts to deal with -Pkey=val and set sessionProperties. Documentation for it.

Merge branch 'features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups' into develop
major improvements: JAL-4134 column tree is only computed when requested. group colours on PAE matrix row can be hidden.
JAL-1556 new popup menu options to select/colour by annotation row.
JAL-4089 selected columns used to (re)compute superposition
JAL-4190 escape in tree panel clears active selection
JAL-4182 patch fixes copy of annotation for sub-sequence
JAL-4177 patch fixes add view/new view not being disabled when loading structures from local file via structure chooser
JAL-4123 outstanding work to make 'default' do the right thing when a model is imported manually and a PAE is also provided.

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

JAL-4134 properly resolve positions in associated aligned sequence for matrix group column-wise selection actions in tree and annotation panel

JAL-629 better reference text for --nousagestats

JAL-4134 repaint the tree or alignment view(s) when column selections change

JAL-4134 highlight selected column nodes on the linked alignment view using getMappedPositionsFor

JAL-629 JAL-4121 Added documentation to Help docs and Usage statement

JAL-4121 adjust test name

JAL-629 Better formatting of Arg.Opt options in usage statement

JAL-4121 slight refactoring of method name and added tests for headless assumptions/settings

JAL-4190 - escape clears selected nodes

JAL-4134 JAL-2349 test & fixed implementation(ish) for getMappedPositionsFor(seq,from,to)

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

JAL-4121 Added a NPE check caught in tests. Added --gui to relevant tests.

JAL-4121 Store Arg.Opts in bootstrapArgs. Change Opt.OUTPUT to Opt.OUTPUTFILE for clarity. isHeadless() method sets policy for headless mode including assumption of headless if there's an Opt.OUTPUTFILE Arg.

JAL-4125 Fixed non-closing external viewers, also added options for default behaviour for both normal quit and forced quit

JAL-4134 internationalise popup menu entries and show a ‘tree calculation in progress’ progress bar in align panel.

JAL-1556 fix bad import

Merge branch 'develop' into features/JAL-4134_use_annotation_row_for_colours_and_groups

 Conflicts:
src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

JAL-1556 initial implementation - no tests as yet but ‘works’

JAL-629 dispose of non-displaying StructureChooser, removes zombie entry in Window menu

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3416_update_to_flatlaf_3.1.1_with_unpacked_native_libraries

JAL-3416 JAL-3820 FlatLaf default for everyone, including Windows. Add jalview_local.bat and .ps1 on Windows installation.

JAL-3416 better path name

JAL-4134 popup menu and annotation row property to control display of display of column group colouring on matrix

JAL-3820 JAL-3830 improvements to script launching. Icon on macOS. Fixed CLASSPATH.

JAL-2381 don’t need to set description, dbrefs etc for subsequence returned by getSubSequence(started)

JAL-2381 copy and paste sequence also copies contact matrix annotation

Merge branch 'bug/JAL-4186_space_in_sequence_name_causes_empty_modal' into develop

JAL-3820 Create and use 'Jalview app' symblinks to java executable. Fixes grouped naming in linux taskbar, possibly macOS dock, still to check.

JAL-3416 remove old flatlaf jars from j8lib

JAL-4186 fixed a test

JAL-4186 Turn JvOptionPane Callable<Void> handlers back into Runnable for jalviewjs (now working)