JAL-653 JAL-1780 refactor getGroups so HTMLfile/JSONfile adopt same pattern as other parsers

JAL-1780 JAL-653 organise imports

JAL-653 JAL-1780 minimise call rate now av.hasHiddenRows is dynamic

JAL-653 JAL-1780 dropped av.setHasHiddenRows() and made av.hasHiddenRows() dynamic rather than a maintained flag

JAL-1780 JAL-653 organise imports

JAL-653 patch broken test code - test still not passing

JAL-653 JAL-1780 JAL-1543 javadoc and comment about further refactoring

JAL-653 JAL-1780 javadoc for FeatureRenderer prior to splitting into model and renderer concerns

JAL-1780 JAL-653 moved AlignExportSettings reference on AlignViewportI to FileParse, use AlignmentViewPanel for getting FeatureRender

JAL-1784 minimise data duplication, and report out of memory errors and other kinds of parsing problems to the user

JAL-1784 refactor parse method to directly parse FileParser input reader stream.

Merge branch 'features/JAL-653_gffalignments' into trial/JAL-1780_JAL-653

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_gffalignments
update for incoming changes and finessing against JAL-1641

Merge branch 'develop' into features/JAL-1780_export-settings_flatfile

JAL-1783 add java 1.7 and 1.8 class numbers

Merge branch 'develop' into features/JAL-1780_export-settings_flatfile

JAL-1780 more support for export setting for flatfile output

JAL-1780 Export settings for flatfile output

JAL-1588 restore ChimeraViewFrame geometry as well

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1778 reinstated this.ssm to handle 'close all windows' robustly

Merge branch 'bug/JAL-1775' into develop

JAL-1665 patch for regression: failing jalview.ws.jabaws.DisorderAnnotExportImport due to different sequence features in original and reimported alignment (originally, sequence features were not available on local sequenceI)

JAL-1775 patch for regression from Anne Menard’s pseudo knot support JAL-1598

Merge branch 'bug/JAL-1775' into develop

JAL-1775 patch regression bug when displayChar is null and secondaryStructure contains secondary structure info

Merge branch 'bug/JAL-1775' into develop

fix for JAL-1775 (and reorganise imports)

Merge branch 'bug/JAL-1775' into develop

JAL-1775 test demonstrating bug

JAL-1775 FileLoader javadoc

JAL-1775 fix regression from commit 70f9c4700f20a8fa57ed7eb974277d8bad0723c2

Merge branch 'develop' into bug/JAL-1775

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1778 deregister as a listener when panel closed

JAL-1775 fix broken test due to missing file (RF0031_unfolded).

JAL-1641 clean up

JAL-1641 docs for ComplexAlignFile interface

clean up

merge

JAL-1627 removed extra spaces at end of tooltip

JAL-1641 refactor

updated build.xml

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge remote-tracking branch
'origin/schema/JAL-1764_structureViewAttribute' into develop
JAL-1764 save structure viewer type in project file

merge

JAL-1641 updated applet version

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1764 save Chimera/Jmol state as separate entries in project Jar

JAL-1764 add structure view type attribute to project schema

merge commit

JAL-1488 bug-fix for incorrect start/end position in flatfiles exported from alignments with hidden columns

JAl-1421 fix method reflection argument (properly this time)

JAL-1421 undid premature 'improvement' of method parameter to interface

JAL-429 remove pointless code from phylip parser

JAL-653 test for GFF file recognition and alignment import

JAL-653 GFF recognition for identifyFile and format adapters

JAL-653 basic GFF3 alignment import wrapper class

JAL-653 make sure dummy sequences created during GFF parsing are actually resolved and annotated

JAL-653 first stab at parsing GFF3 pragmas to support ##fasta

JAL-653 gff version number field

JAL-653 test and testdata for importing GFF3 file with ##fasta pragma

JAL-653 missing imports after rebase

JAL-653 test for SequenceDummy methods

JAL-653 allow a dummy sequence to take on attributes from a fully instantiated sequence via Sequence copy constructor

Merge branch 'bug/JAL-1760_restore-hidden-seqs' into develop

JAL-1760 JAL-1641 Serialisation of Hidden Seqs and Cols in JSON output. Added ability to retrieve hidden Seqs

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_gffalignments

JAL-653 abstract sequence model to support file backed alignment/data views

JAL-1752 structure highlight scoped to only its mapped sequences

JAL-1588 error dialog if Chimera project opened on a m/c w/o Chimera

JAL-1622 fix bug computing superposition + associated refactorings

JAL-1746 return empty string rather than null in getStateInfo

JAL-1622 Chimera command timeout increased to 5 secs (+minor changes)

JAL-1622 duplicate assignment removed (no functional change)

JAL-1753 JAL-1596 asynchronous command to Chimera (with progress update)

JAL-1622 code tidy only, no functional change

JAL-1749 correcting snafu in last commit

JAL-653 refactor sequence interface to separate concrete sequence data methods from sequence metadata methods & containers

JAL-845 jim @mungo: should this be in a package local to jalview.analysis.Dna ?

JAL-1551 formatting

JAL-653 set the warningMessage for the file source to allow the GUI to report problems if necessary.

JAL-653 GFF attributes parsing mechanism, with first attempt at processing exonerate's 'similarity' features as cDNA/protein mappings

JAL-653 trim initial tab in sequence feature ATTRIBUTES

JAL-653 allow dummy sequences to be created if a sequence ID is not found in the dataset

JAL-1551 formatting

JAL-653 convenience method to resolve strand attribute for feature

JAL-1115 JAL-653 partial introduction of List interface for sequence matcher

JAL-653 JAL-966 TODO and avoid NPE when desktop instance unavailable

JAL-653 codon frames go on the dataset

JAL-653 refactored exonerate full output to separate text file, leaving gffv2 fragment for first testcase

JAL-653 JAL-845 test to check exonerate cDNA-Protein mappings import as GFF3

JAL-1482 JAL-653 refactor feature file import code to alignview controller

JAL-1482 refactor setTableData to more sensible name for feature settings api

JAL-1551 formatting

Clear status bar message when initialisation complete

JAL-1750 small tidy of AlignSeq.printMapping (+Junit)

JAL-1544 spelling in javadoc only

JAL-1622 code tidy (+Junit) of collateForPdb()

JAL-1747 close all windows on Quit (+small bug fix)