Merge branch 'imp/JAL-2775' into develop

JAL-2810 i18n tab label

JAL-2774 Added javadoc for new event parameters

JAL-2810 ‘Close’ is now ‘Cancel’ in SequenceFetcher panel

JAL-2810 working back button shown for bulk ID retrieval tab in FTS search

JAL-2774 Fix fastpaint of wrapped alignment

JAL-2821 refactored drawPartialGroupOutline

JAL-2810 bulk fetch for PDB IDs

JAL-2804 clearer tooltip for autosearch checkbox

JAL-2794 simplified/clarified associating leaves to sequences

JAL-2756 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2756sequenceidmessage' into develop

Merge branch 'documentation/JAL-2698_release2103' into develop

JAL-2818 modified README for launching jalview from source build

JAL-2794 created tree viewer binding class

JAL-2795 bunch of cleanup and comments

JAL-2795 added back test loop for Aptx tree naming & initTreePanel

JAL-2795 Reverted code changes needed to cluster from Forester

JAL-2795 Forester now NJ-clusters the DistanceMatrix from Jalview

JAL-2795 moved matrix conversion to the ForesterMatrix class

JAL-2795 Sequence[] references now as SequenceI[] & deleted double class

JAL-2795 removed sequences[] class variable, more comments

Merge branch 'develop' into imp/JAL-2775

JAL-2774 Fix repaint artefacts

JAL-2774 Fixed merge issues

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into imp/JAL-2774

Conflicts:
src/jalview/gui/SeqCanvas.java

JAL-2810 checkbox label for Autosearch

JAL-2810 default border colour

JAL-2756 update for new EBI https link

JAL-2795 neater error message

JAL-2795 added error catching for invalid identifier

JAL-2795 changed getting index of identifier to Stream (moved to Java 8)

Searching through with Stream prevents having to duplicate the array
with Arrays.toList

JAL-2795 rebuilt MatrixConverter to be purely static

JAL-2795 finalized method arguments; commited forester matrix changes

JAL-2795 removed unneeded for loop (woops) and initialized identifiers[]

JAL-2795 implemented getting/setting identifiers

JAL-2795 added comments links from ForesterMatrix to MatrixI

JAL-2795 removed now unneeded values variable in ForesterMatrix

JAL-2795 add get for all matrix values to MatrixI (and concrete classes)

JAL-2795 foresterMatrix now stores distance values itself

JAL-2795 more matrix implementations

JAL-2795 moved ForesterMatrix to ext.forester

JAL-2795 Added get and set values to the converted matrix

JAL-2810 prototype retrieve ID tab for the Uniprot FTS panel

JAL-2795 start of Jalview's Matrix conversion

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into kjvdh/features/PhylogenyViewer

JAL-2804 update search results when enter pressed or query retrieved from history

JAL-2804 checkbox to enable/disable auto search (with tooltip)

JAL-2804 kludge method to test if last key event handled was ENTER

JAL-2526 updated javadoc

Start of matrix converter

Added proper title to aptx trees

test name change

Made FreeUpMemoryTest compatible with modified CalculationChooser

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git
into kjvdh/features/PhylogenyViewer

Conflicts:
src/jalview/gui/TreePanel.java

JAL-2698 update version and cut release branch

JAL-2546 release notes

JAL-2488 patch causes of NPE during testStoreAndRecoverExpandedviews Jalview2xml tests.

Added getters for scoremodel & scoreparams in TreeBuilder

Merge branch 'feature/JAL-2488finalize' into develop

TreeBuilder now stores the used ScoreModel and ScoreParams

JAL-2036 2.10.3 release notes

small name fixes in TreeBuilder

Added TreeBuilder as parameter to the converter constructor

Name changed of aptx treebuilder to treeconverter

added getSeqData to TreeBuilder

JAL-2793 cancelling font changed dialog didn't call ap.fontChanged() to reset layout

Added full names to the tree algorithm enum

added abbreviations

added enum for the different tree algorithms

Couple more thread names

named most Jalview threads

JAL-2548 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2776toggleGroupColour' into develop

JAL-2684 JAL-2685 release notes

JAL-2685 tidy up html doc

Merge branch 'features/JAL-2685pairwiseSeqLimits' into develop

JAL-2392 test asserts for progressbar creation on the Swing GUI thread.

removed accidental added enters, commented out broken memory test line

finished up tests for trees made from jalview data

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into kjvdh/features/PhylogenyViewer

Implemented distance tests

Implemented tree title test for tree made from Jalview

Added tree title test

Removed redundant annotations

JAL-2617 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2617mappedStopCodon' into develop

JAL-2636 release notes

JAL-2667 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2667mouseWheelWrapped' into develop

JAL-2742 release notes - pending confirmation that there was impact to user

JAL-2727 release notes

Added branch name tests

JAL-2727 add not to Test failed message recommending re-running manually as per Mungo’s recommendation in comments

Merge branch 'bug/JAL-2727closeAllFreeMemory' into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into kjvdh/features/PhylogenyViewer

Added abstract class for tree viewer testing, rearranged existing tests

JAL-2732 JAL-1900 JAL-1625 release notes

Merge branch 'bugs/JAL-2779_osx_dialogsequencingbroke' into develop

JAL-2779 remove empty block and if statement