JAL-2682 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2682parseId' into develop

JAL-2253 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2253' into develop
JAL-2253 resolve diffrences between patches post-code review and diverging develop

JAL-1854 keep fallthrough but with comment to suppress error

JAL-1854 remove fallthrough of switch case (Checkstyle error)

JAL-2737 JAL-1854 corrected package suppressions, updated import
controls

Merge branch 'patch/JAL-547_pid_groovyscript' into develop

JAL-547 fix NPE when no selection available

JAL-547 only generate matrix for current selection if available. better comments.

JAL-547 PID script in release notes

Merge branch 'patch/JAL-547_pid_groovyscript' into develop

JAL-547 updated the PID script for 2.10.x series score model architecture

JAL-2253 pull up constant, additional unit test

JAL-2782 remark about possible exception due to unsafe regex

JAL-2777 JAL-2773 release notes

Merge branch 'bugs/JAL-2777_whitespaceChain' into develop

JAL-2777 remove duplicate code outside conditional from rebase artefact

JAL-2777 release notes

Merge branch 'features/JAL-2773_dontalwaysrecolourstructureonrepaintofoverview' into develop

JAL-2773 renamed flags for clarity

JAL-2777 patch for whitespace chain

JAL-2777 test for the whitespace chain

JAL-2481 patch to fix findFeatureColour for end-of-sequence test

JAL-2481 test correct behaviour of findFeatureColour for final residue in sequence

JAL-2777 noticed exception raised on construction of feature settings because transparency slider 'setMax' triggers a repaint

JAL-2773 add new flag to paintAlignment(updateOverview,updateStructures) and first pass at limiting updates of structure to just those that are necessary.

JAL-2772 check array bounds for sequence access

Merge branch 'bug/JAL-2742' into develop

JAL-2742 set HiddenColumns null for no hidden coluns test to match
Jalview usage

JAL-2757 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2757_uniprotftsbadquery' into develop

JAL-2757 fix PDB also; suppress stack trace and compiler warnings

JAL-2742 test updates following review

JAL-2742 minor test updates following review

JAL-2742 removed unused getViewAsCigars

JAL-2523 release notes

Merge branch 'features/JAL-2523httpRetries' into develop

JAL-2480 use interface type for sequenceFeatureStore

JAL-2523 basic sleep and retry (3 times) on 429 response code with
Retry-After

JAL-2523 convenience method to get model organisms

Merge branch 'patch/JAL-2446_mergeconflictmissed' into develop

JAL-2446 remove duplicate code from pulled up method.

Merge branch 'patch/JAL-2116_java9_antjnlpfix' into develop

JAL-2116 fix jnlp file post-processing so java 9 module path and java version added correctly

JAL-2757 reset textbox after a non HTTP 200 response

JAL-2523 start of refactoring...

Merge branch 'releases/Release_2_10_2b1_Branch' into develop

 Conflicts:
help/html/releases.html
help/html/whatsNew.html
src/jalview/ws/dbsources/Uniprot.java

JAL-2525 lookup transcript features by Ontology

Merge branch 'documentation/JAL-2751patch2102b2' into releases/Release_2_10_2b1_Branch

JAL-2751 what's new for 2.10.2b2 patch

JAL-2751 patch release notes

JAL-2751 bump version and new releases entry

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

JAL-2748 JAL-2745 remove uniprot from EBI fetch client test - no longer used in Uniprot fetcher

JAL-2745 patch tests for https

JAL-2748 formatting

JAL-2745 JAL-2748 direct download of XML from uniprot.org
patch for 2.10.2b1 branch

JAL-2748 JAL-2745 remove uniprot from EBI fetch client test - no longer used in Uniprot fetcher

JAL-2745 patch tests for https

JAL-2748 formatting

JAL-2745 JAL-2748 direct download of XML from uniprot.org

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

Revert "JAL-2745 update SIFTS FTP URL to HTTPS"
EBI ftp confirmed to remain accesible via HTTP
This reverts commit c7f663521cb82b94d832015010fa488d3dc7ff58.

Revert "JAL-2745 update SIFTS FTP URL to HTTPS"
EBI ftp confirmed to remain accesible via HTTP
This reverts commit c7f663521cb82b94d832015010fa488d3dc7ff58.

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

JAL-2745 update default EBI-eye search URL to HTTPS

JAL-2745 update SIFTS FTP URL to HTTPS

JAL-2745 update default EBI-eye search URL to HTTPS

JAL-2745 update SIFTS FTP URL to HTTPS

Merge branch 'feature/JAL-2745ebiHttps' into develop

JAL-2745 stderr rather than stdout for unexpected HTTP response

JAL-2745 stderr rather than stdout for unexpected HTTP response

JAL-2745 update www.ebi.ac.uk to https

JAL-2745 update www.ebi.ac.uk to https

JAL-2036 set menus after fully loading AlignFrame

JAL-2742 uncomment test

JAL-2742 fixed

JAL-2742 CigarArray constructor unit test

JAL-2525 return no features if none matches ontology term!

JAL-2662 Adjustments to hidden columns benchmark

JAL-2662 Updated README

JAL-2737 Checkstyle error fixes

JAL-2622 Tidied up gitignore, added to README

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/task/JAL-2662' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/patch/JAL-2732' into develop

JAL-2728 fine tuned initial split of split frame view

Merge branch 'documentation/JAL-2698_release2103' into develop

JAL-2698 new releases.html entry, whatsNew.html and first signoff : JAL-2728

Merge branch 'bug/JAL-2728splitFrameDivision' into develop

JAL-1625 ensure we don’t regress on JAL-20 - we always use the DefaultDesktopManager on Windows

JAL-1625 javadoc

JAL-2733 redraw after changing the memory status display setting

JAL-1625 JAL-1900 preserve the original DesktopManager instance provided by platform rather than create our own, so iconify works correctly (should mean we also get iconify working in Linux too)

JAL-1900 JAL-1625 back out OSX specific double buffer disabling (seems to do nothing)

JAL-1551 standard code formatting

JAL-2732 force a redraw after resize/drag to clear any outlines

JAL-2728 use right denominator for min/max ratio calculations

JAL-2728 limit divider to ensure seqs visible (wip!)