Merge branch 'develop' into feature/JAL-4386_calculate_tree_using_secondary_structure_annotation

 Conflicts:
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/CalculationChooser.java
src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java

JAL-4392 JAL-3987 store and restore consensus secondary structure row visualisation and shading settings

JAL-4392 Fix compilation error in test

JAL-4392 Secondary Structure Consensus save and load project

JAL-4392 Print annotations
Added colour by secondary structure conservation threshold to the output
file

JAL-4392 Adding secondary structure provider Adding secondary structure
provider in parenthesis for each secondary structure annotation.

JAL-3063 added a brief description of how to update the jalview project POJO

JAL-4392 Updated the label "Show auto calculated annotations" to "Show
autocalculated annotations" to match existing label

JAL-4392 Implemented show/hide group consensus secondary structure

Secondary structure provider options are made available in the pop up
menu for sequence groups. User can set hide/show group consensus
secondary structure for each group and providers separately.

JAL-4411 Bug fix

JAL-4392 Updated the colouring of consensus logo

JAL-3631 rebuild getdown jars after merge to develop

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-4392 Code refactoring

Replaced the usage of Message.properties in non UI classes

JAL-4436 Code refactoring

Replaced the usage of Message.properties in non UI classes

JAL-4392 Code Refactoring

Removed the usage of Message.properties in non UI classes

JAL-4436 Implementation of add colour by secondary structure consensus

JAL-3631 Slightly larger wizard

JAL-3631 Harden defence against looping getdown relaunches. Null checked in HttpUtils. Remove unnecessary code in getdown

JAL-3631 JVL file with appbase now relaunches getdown

JAL-3631 Made an isAdmin flag to work in Windows Admin mode installation

JAL-3830 Added some quotation marks to jalview.bat for folders with spaces

JAL-3631 Remove the checkboxes from the Finish screen. Now moved to pre-install screen.

JAL-3631 Group USERSPACE and SYSTEMSPACE tasks (and other groups of tasks) together for neatness

JAL-3631 Change in user path for locally installed Jalview to avoid collision with old installation. Tidy a null check for Java Console output

JAL-3631 Change to Windows user-space default location, now same as default installation location

JAL-3631 Fixed a getdown Exception when launching Jalview in windows

JAL-3631 Adjustments to the Windows installer

JAL-3631 spelling correction

JAL-3631 Installers with separate actions for user/administrator installation

JAL-3631 Add property to let log4j know we're not running in a servlet (or it issues a warning which breaks cli headless output)

JAL-3631 Log4j logging to .jalview.log file when requested. Clean(ish) handover of log file from getdown to jalview.

JAL-4411 Fixed some test cases

JAL-4411 Record source metadata in derived/transferred annotation rows

Add secondary structure provider as a property in the annotation rows
when searched and added from 3d beacons.

JAL-3631 JAL-3384 Install4j launch now redirects STDOUT/STDERR to ~/.jalview_develop.log and passes the file on to getdown and Jalview which will also now log to this file.  Single log file.

JAL-3631 Use the icon file passed by install4j if a newer getdown-launcher is relaunched

JAL-3631 Allow icon file name to be passed to launcher by install4j

JAL-3631 Forgot to add this file for 'Change parity of comparison for convention' commit

JAL-3631 Tests for version comparisons and Jar version comparisons and Jar version checking

JAL-3631 Change parity of comparison for convention

JAL-3631 Report getCanonicalPath for installer appdir

JAL-3631 Check Implementation-Version of getdown-launcher.jar in installation appdir and user's appdir, and only use the user one if it's newer.  Remove content digest check for getdown-launcher.jar comparison since version now being checked.

JAL-3631 updated getdown jars

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-3631 Changed label for consistency

Merge branch 'improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown' into develop

Merge branch 'improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-4409 Add two empty args to getdown call from install4j for backward compatibility, and further arguments such as JVL file.  Improve handling of a JVL file with an appbase in it.

JAL-4409 Don't merge JVL configs when changing appbase

JAL-4409 Use fixed 'latest' artifact URL

JAL-4409 Changes in BUILD channel appbase to tie in with Getdown DEVELOP Launcher build plan

JAL-3631 Now sending launcher.appdir from within getdown

JAL-3631 Rename/rationalise informational system property names. Re-order display of information on Java Console. Supply info from authoratitive sources (getdown-launcher.jar rather than gradle.properties).

JAL-3631 macos dev install script incorporated into dev_install.sh

JAL-4358 slight improvement to detecting desktop creation to close getdown splash screen

JAL-3631 gradle-build-and-re-install script, works with macOS or Linux

JAL-3631 Substantial additions to Getdown (through jalview.util.LaunchUtils) to re-launch getdown-launcher.jar when the user's version differs from the installed version.  install4j vmoptions file allows administrator to prevent any automatic updates.

JAl-4392 Hide secondary structure consensus with no data to display

JAL-3631 Allow quick deployment of gradle build on linux and macos

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-3631 Got rid of the USER_EXECUTABLE_NAME as it's no longer needed since getting rid of the old Launcher in install4j

JAL-3631 Removed old non-user launcher. Labelled USERSPACE actions.

JAL-3631 JAL-4104 More consistent system property names passing through getdown. Add nousedefaultappdir property to allow non-updating system installation of Jalview.

JAL-3631 Allow -Pinstall4j_build_ids=MACOS-AARCH64-DMG for specific installer build. Fix installer icons (PNGs and paths).

JAL-3845 Add a popup error message, with instructions, when Jalview launched from the Installer Volume

JAL-3631 New Installer icons. Getdown check that the application appdir is different from the user default appdir before copying files. Also copy gedown-launcher.jar.

JAL-3631 Name changes to system properties and a fallback App name to avoid hard-coded name in getdown

JAL-3631 Spot system property triggers in getdown to create/activate using a user-space location (dependent on OS), and copy digest-tested files from the Application's app dir to the user's new app dir.  Debugging statements left in for testing on other OSes.

JAL-3631 Add a new launcher in install4j to pass new system properties to getdown, triggering the user-space appdir creation

JAL-4392 Fixed failed test cases

JAL-4392 Feature implementation of group consensus secondary structures

JAL-4426 Fix when multiple secondary structure annotations are present
for a sequence

Merge branch 'bug/JAL-4421_customise_volume_name_of_DMG_installers' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-4159 remove errant jalview source .zip

JAL-4426 Defect fix to display number of sequences only for bar graph
annotations

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown

JAL-4421 Update the dev_masos_installer.sh to use new Volume name

JAL-4420 Added some more filename extensions

JAL-4072 Add zip-slip check in getdown

Merge branch 'bug/JAL-4421_customise_volume_name_of_DMG_installers' into develop

JAL-4426 Reword tool tip and status bar text

JAL-4358 Add the JALVIEW: CREATED DESKTOP line to java app and look out for it in Getdown to close the splash screen

JAL 4392 Reformat Secondary structure description text

JAL-4426 Add feature to show number of sequences

Add feature to show number of sequences contributing to the consensus
secondary structure in the status bar/tool tip.

JAL-4420 Allow associated files to be dragged on separately from the alignment (but afterwards).

JAL-4409 Small refactoring of ArgParserUtils to allow processFiles to work on drag-and-dropped files list.

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4421_customise_volume_name_of_DMG_installers

JAL-4421 Downgrading ds_store to 1.3.0 for build server limitations

JAL-4392 Bug fixing and code refactoring.

JAL-4421 Configuration for positioning icons in DMG

JAL-4421 Add --appname --appxpos --appypos to position variable application name icons, or read from config[app]

JAL-4421 Remove the disk_image_alias from the backgroundImageAlias altogether as it isn't needed and doesn't even make sense for a downloaded DMG

JAL-4421 Allow JSON config file to be options (no icon positioning for default or develop-SUFFIX). Allow .VolumeIcons.icns to be optional -- must remove <file> node from install4j template

Merge branch 'improvement/JAL-4409_implement_extra_schemes_in_getdown' into develop

JAL-4409 don't ignore gitignore !

JAL-4418 first development release for 2.11.4.0 - release notes for
JAL-4159,JAL-4257,JAL-4386,JAL-4392,JAL-789

Merge branch 'feature/JAL-4159_pasimap' into develop

 Conflicts:
help/markdown/releases/release-2_11_3_0.md

Merge branch 'releases/Release_2_11_3_Branch' into develop

JAL-4421 Put correct VolumeIcon.icns file onto DMG volume as /.VolumeIcon.icns

JAL-4421 Icns to use as .VolumeIcon.icns in DMG volumes.  See comment with SetFile