synching of all db references and sequence features

prevent dbref->map->to->datasetsequence->dbref-> type cycles

reinstate links on features

datastore registration and class cast exception fix

prevent and keep track of which objects handling element/jv obj synchronizations.

numerous bugfixs (tree panel synchs) and DatastoreRegistry clas.

methods for importing anonymous vamsas documents into explicitly named sessions (e.g. temp file from URL). Suppress implementation Error messages if session update fails on first update.

nullpointer bugfix (possibly not needed - was an error in closing of alignment panels)

recover pdb from jalview-xml in vamsas doc

send selection on drag over sequence ids

retrieve and init vamsas session from vdoc at URL

reinstated blind querying of datasources. Transfer references to alignment from Map.To sequences on retrieved entries (e.g. protein product from EMBLCDS record)

more ID validation

javadoc

com.boxysystems.jgogleanalytics is now an optional dependency

fix null pointer when new view is created then closed after a vamsas sync of stored views

fix null pointer when new view created on alignment with existing sequence mappings (cDNA list is null)

use structured UA naming for googleanalytics client

upgrade to simple vamsas client version 0.2 (not runtime compatible)

trial of jGA with proper useragent info

*experimental use of picr* apply gpl development license

clargs documentation, new vamsas session import and join args. apply gpl development license

refactored public methods for non-interactive import and initiation of vamsas sessions. apply gpl development license

refactored for non-interactive import and initiation of sessions. apply gpl development license

sequence scores only shown if they vary. shift stops tooltip moving with mouse pointer. bugfix selection sharing. apply gpl development license

debug messages and graceful recovery when structure state is corrupted. apply gpl development license

better thread safety for tooltip. apply gpl development license

ensure listeners are deregistered when panel is closed. apply gpl development license

ensure listeners are deregistered when panel is closed. Fix a scrolling bug and apply gpl development license

ga tracker option and apply gpl development license

apply gpl development license

minor optimization. apply gpl development license

patch for wierd format header lines and apply gpl development license

ga in 2.4.0b2 release

nousagestats cli

apply gpl development license and new donotobfuscate flag

full reference added.

spelling

script goes at beginning of body to allow linkthrus to be embedded.

update minor version of release branch

graduated feature colour documentation

GA appender script

google tracking for index document

more graduated feature support

properly export graduated colour features

prototype function for relabelling treenodes with different accession/labels

better tooltip placement in alignment window

added graduated colourscheme support for feature file

better decoupling of data loading routines for AJAX

first experiment with GA application use tracking

look in database references for more ID strings to match against node labels

apply method for a NodeTransform to nodes in a tree

javadoc

only make a link menu when there are links

maxcolour is default colour for no-score features

bugfix autobuild of release branch

bugfix autobuild of release branch

patch to fix occasional arrayoutofbounds exception when working with hidden columns and ragged annotation rows

documented fix to sequencefetcher for multiple ID retrieval

rejigged jmol check thread to run prior to data loading thread to avoid classloader race condition in java 1.6_10 (Sillitoe/Clegg/CATH issue)

rejigged jmol check thread to run prior to data loading thread to avoid classloader race condition in java 1.6_10 (Sillitoe/Clegg/CATH issue)

note on new popup menu in feature settings dialog

added feature gradient colours and sortby feature score/density to feature settings dialog.

prototype for store/restore of feature colour gradient settings

todo

allow configuration of graduated colour

quantitative shading of features by GraduatedColor

prototype dialog for setting feature display shading and threshold

holds shading and range parameters rendering a feature colour

sortbytree view setting and action added - setting is not yet stored in the jalview xml

sortbytree/nosortbytree and defprop arguments. (defprop disabled for moment)

new sortbytree default config property

sortbytree parameter added and undo re-instated for sort by tree and sort by id

fixes launchApp bug where user defined colourscheme defined in applet parameter does not get passed to application

better tooltip display and placement, cope with linkOnly features (hack) and safer method for send/receive selections

debugging selection message send/receive

only display unique url links (both in label and in destination)

bugfix for occasional nullpointer exceptions when selecting menu items that operate on the current selection

change method signature to allow caller to test if panel actually scrolled or not

bugfix the bugfix

allow label to be set independently of parsed input string

bug fixes (infinite loop when fetcher given same sequence several times, race conditions when fetching features immediatly after fetching sequences) and enhanced parsing of protein_name dbref types and URL link handling for features with no label.

updated jalview reference

updated binding

fix occasional nullpointer ref when seq ID retrieval doesn't resolve to a sequence object

showUnconserved and updated reference

showunconserved preference

showUnconserved group attribute

showUnconserved IO

showUnconserved view and group setting

show unconserved gui and annotation file attribute

added showUnconserved property to group and view attributes

hack to completely disable calculation of consensus and conservation if autocalculate is not enabled

bugfix

fix broken parsing of non-positional features in GFF files

structure ids are not IDs, but simply references

refactor

added links to the das settings help, and explanation of how to actually open the DAS Settings dialog

ensure that the DAS sequence source checkbox is checked when a local sequence source is edited.

check for features on the retrieved sequences