JAL-2702 groovy interpreter update and java 9 jnlp release notes

Merge branch 'bug/JAL-2702_groovyconsoleJava9' into develop

JAL-2702 --illegal-access=warn for JVM launch

JAL-2176 removed unused Sequence.index

JAL-2702 update to groovy 2.4.12

JAL-2810 updated help docs for auto search checkbox and retrieve IDs tab

JAL-2784 new checks for gg==null

JAL-2810 updated screenshots in documentation

JAL-2810 auto search checkbox state stored as user preference. Enabled by default.

JAL-2679 example accession changed to CAD01290

JAL-2810 mainFramTabs -> tabs

JAL-2810 simpler tooltip (assume user will work out that pressing return will update results)

JAL-2828 allow CalcId to match on String equivalence (migrated from Alignment’s implementation of findAnnotation)

JAL-2828 refactored duplicate code for searching lists of AlignmentAnnotation to static methods.

JAL-2829 fixes and unit tests

JAL-2562 updated findPosition javadoc to match behaviour

JAL-2794 reorganized node select code, added subtree selection support

JAL-2829 unit tests for failing cases

JAL-2794 comments comments comments

JAL-2794 most method parameters/class variables made final

JAL-2794 comments, selected node now doesn't have to be external per se

JAL-2794 PaintRefresher support, Aptx node selection now shown on align

JAL-2794 interface comment

JAL-2794 Made HashMap with Nodes as keys and sequences as values as well

JAL-2794 Aptx instances get their parent alignment, start on binding

Binding from Alignment to Aptx is now functional (including shift and/or
ctrl presses for multiple sequences), other way around is WIP

JAL-2794 Cleaning up tree conversion, sequences are now in the tree

JAL-2794 getters and setters for finding nodes in forester made public

JAL-2795 created static class for forester conversions

JAL-2794 Interface name change (oops)

JAL-2794 made JalviewTreeViewerBinding an interface

JAL-2794 Added getter for AlignmentViewport to TreeBuilder

Merge branch 'bug/JAL-2742' into develop

Revert "JAL-2742 release notes - pending confirmation that there was impact to user"
-- no impact so won't include development detail in release notes.

This reverts commit ba70dbddc08876d8d72bb303823f683b65bf13c7.

JAL-2225 release note

Merge branch 'bug/JAL-2225mapMultipleChains' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2225mapMultipleChains

JAL-2698 14 Nov 2017 release date for 2.10.3

JAL-2775 release notes

Merge branch 'imp/JAL-2775' into develop

JAL-2810 i18n tab label

JAL-2774 Added javadoc for new event parameters

JAL-2810 ‘Close’ is now ‘Cancel’ in SequenceFetcher panel

JAL-2810 working back button shown for bulk ID retrieval tab in FTS search

JAL-2774 Fix fastpaint of wrapped alignment

JAL-2821 refactored drawPartialGroupOutline

JAL-2810 bulk fetch for PDB IDs

JAL-2804 clearer tooltip for autosearch checkbox

JAL-2794 simplified/clarified associating leaves to sequences

JAL-2756 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2756sequenceidmessage' into develop

Merge branch 'documentation/JAL-2698_release2103' into develop

JAL-2818 modified README for launching jalview from source build

JAL-2794 created tree viewer binding class

JAL-2795 bunch of cleanup and comments

JAL-2795 added back test loop for Aptx tree naming & initTreePanel

JAL-2795 Reverted code changes needed to cluster from Forester

JAL-2795 Forester now NJ-clusters the DistanceMatrix from Jalview

JAL-2795 moved matrix conversion to the ForesterMatrix class

JAL-2795 Sequence[] references now as SequenceI[] & deleted double class

JAL-2795 removed sequences[] class variable, more comments

Merge branch 'develop' into imp/JAL-2775

JAL-2774 Fix repaint artefacts

JAL-2774 Fixed merge issues

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into imp/JAL-2774

Conflicts:
src/jalview/gui/SeqCanvas.java

JAL-2810 checkbox label for Autosearch

JAL-2810 default border colour

JAL-2756 update for new EBI https link

JAL-2795 neater error message

JAL-2795 added error catching for invalid identifier

JAL-2795 changed getting index of identifier to Stream (moved to Java 8)

Searching through with Stream prevents having to duplicate the array
with Arrays.toList

JAL-2795 rebuilt MatrixConverter to be purely static

JAL-2795 finalized method arguments; commited forester matrix changes

JAL-2795 removed unneeded for loop (woops) and initialized identifiers[]

JAL-2795 implemented getting/setting identifiers

JAL-2795 added comments links from ForesterMatrix to MatrixI

JAL-2795 removed now unneeded values variable in ForesterMatrix

JAL-2795 add get for all matrix values to MatrixI (and concrete classes)

JAL-2795 foresterMatrix now stores distance values itself

JAL-2795 more matrix implementations

JAL-2795 moved ForesterMatrix to ext.forester

JAL-2795 Added get and set values to the converted matrix

JAL-2810 prototype retrieve ID tab for the Uniprot FTS panel

JAL-2795 start of Jalview's Matrix conversion

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into kjvdh/features/PhylogenyViewer

JAL-2804 update search results when enter pressed or query retrieved from history

JAL-2804 checkbox to enable/disable auto search (with tooltip)

JAL-2804 kludge method to test if last key event handled was ENTER

JAL-2526 updated javadoc

Start of matrix converter

Added proper title to aptx trees

test name change

Made FreeUpMemoryTest compatible with modified CalculationChooser

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git
into kjvdh/features/PhylogenyViewer

Conflicts:
src/jalview/gui/TreePanel.java

JAL-2698 update version and cut release branch

JAL-2546 release notes

JAL-2488 patch causes of NPE during testStoreAndRecoverExpandedviews Jalview2xml tests.

Added getters for scoremodel & scoreparams in TreeBuilder

Merge branch 'feature/JAL-2488finalize' into develop

TreeBuilder now stores the used ScoreModel and ScoreParams

JAL-2036 2.10.3 release notes