Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026

Merge branch 'task/JAL-3047_clovercoverage' into develop

JAL-3047 don't set classes unconditionally (forgot to delete it in earlier patch)

JAL-3026 updated featurecolourtooltip method signature in tests

JAL-3048 JAL-1353 bug demo update for refactored edit name dialog

JAL-3048 update tests for alignment export bean refactoring

JAL-3048 add additional wrapper methods for JOptionPane to ensure JvOptionPane tests can run unattended

JAL-3048 test for successful save with refactored saveAlignment method

Merge branch 'develop' into Jalview-BH/JAL-3026
clover artefacts added to gitignore. nb - .classpath is now ignored - may need to be redacted

JAL-3033 clean eclipse log before each new js-build

JAL-3033 clean the site directory before compilation in eclipse

JAL-3033 echo eclipse log to stdout for buildlog

JAL-3068 LineartOptions for EPS/HTML/SVG, new preferences, i18n

Revert "Revert "JAL-3032 net.sf.j2s.core_3.2.1 upgrade""

This reverts commit 75ce39c3308a69bafc2e7c5514e44de22dd3d6f0.

JAL-3060 tidy Cancel dialog action handler code

Revert "JAL-3032 net.sf.j2s.core_3.2.1 upgrade"

This reverts commit c9810b8cc443bd2ccd8c42b7318c68f6ae463f47.

JAL-3060 more extensive extract method refactoring of FeatureEditor

JAL-3032 net.sf.j2s.core_3.2.1 upgrade

- project build command back to org.eclipse.jdt.core.javabuilder

- uses JDT CompilationParticipant extension instead of a massive
specialized builder

- solves the Eclipse Photon (non)incremental build problem

- stamps transpiler version into trailer on each .js file

- best (but not critical) to use -clean option when starting Eclipse
after adding this new version of the transpiler.

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3026 JLabel for SequenceFeature details in jalview-js

JAL-3026 JLabel for alignment properties in jalview-js

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3048_exportSettingsrefactor' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-1551 formatting

JAL-3048 refactored export settings to bean+dialog with callbacks - basically works but could do with more cleanup

JAL-3026 BH back online

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of source.jalview.org/git/jalview into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 j2sNative fix for About.. panel/splashscreen : use JLabel rather than JTextPane and use <img> tag rather than mediaTracker to display jalview logo in about pane.

JAL-3048 obsolete method deleted

JAL-3048 code reordered for JalviewJS compliance

JAL-3048 switch from 'dialogdata' to DialogRunner for load Features/Annotations/Otherdata (also needed File object passed through directly)

JAL-3048 adapt Cancel and refresh for JalviewJS

JAL-3033 unpack SwingJS last to ensure we always have the latest version of SwingJS in site/swingjs

JAL-3048 EditNameDialog modified for JalviewJS (layout, i18n)

JAL-3032 BorderLayout renders panel correctly in JalviewJS

JAL-1858 separate method highlightSearchResults with fastPaint

JAL-3048 _no_ fastPaint when higlighting features, ever

JAL-3060 entry points for createFeatures, amendFeatures

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3060 extract FeatureEditor class

JAL-3026 'dropins' !

JAL-3026 update README with instructions on setting up Eclipse for java2script and running unzip-to-site to update the site directory after a build.

JAL-3058 save modified colour from dialog

JAL-3033 hard reset to clean eclipse workspace before checking out

JAL-3026 unzip-to-site ant task to just update site (swingjs, jslibs, examples and resources)

JAL-3048 remove copied todo

JAL-3048 amendFeatures as dialog runner - repaint after amend not always reliable

JAL-3048 internalDialog with dialogRunner

JAL-3048 internalDialog with dialogRunner

JAL-3059 use the right colour for group border

JAL-3054 small y-overlap of tooltip and cell leads the eye better

JAL-3032 register JTable with ToolTipManager

Merge branch 'bug/JAL-3049colourCellTooltip' into Jalview-BH/JAL-3026

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 use Math.min/max not Float.min/max

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 all tabbed panes use JavaScript option
jalview.jbui.swing.JTabbedPane

JAL-2808 JAL-3026 deleted all commented out tab code from the dialog

JAL-2808 JAL-3032 drop tabbed layout for Colours and Filters

JAL-3058 colour button / menu option use JalviewColourChooser

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-2808 JAL-3058 code tidy for compiler warnings, column constants

JAL-3026 moves javajs to srcjars

 - important because Java is using older code from the Jmol jar file

JAL-3026 comment in main test method in PDbFtsrestClient.java

JAL-3026 renaming build-zip-jars.xml to build-libjs.xml

this file is only to be used when new jar contents are tanspiled into
JavaScript. Preferably add these to src2, compile, and remove them from
src2. This could certainly be automated.

removing temp files for build of libjs

srcjar changes for JSONParser - just 'c' |'c' workaround (not necessary
after next transpiler update

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3058 missed refactoring of JColorChooser

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 fixes MigLayout, JSON parser

MiG layout was referencing java.beans only for serialization
JSONParser was using a bitwise syntax for char not supported in
transpiler
SwingJS jalview.javascript.web proxy for WebResources not set up
properly

- JSONParser is working
- PDB REST service call is working
- MiGLayout is loading, but is not laying out properly.

JAL-3058 refactored raising JColorChooser for JS compatibility

JAL-3032 JAL-3048 adjust how colour chooser is shown

try(resource), TableRowSorter

JAL-3026  implements simple REST client

new transpiler adds support for  try(resource);

JAL-3026 adds org.json.simple to srcjars and jsonsimple-site.zip

SwingJS-site.zip

adds log4j zip file

src2 directory added to class path, zipping/unzipping of JAR file source

JAR file source Java is in srcjar/

JAL-3026 MiGLayout-SwingJS source

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 GD#91 "final" keyword deprecated

 removed from FeatureTypeSettings

JAL-3026 workarounds and TODOs for JSplitPane setDividerLocation in SwingJS for CDS/Protein split view

JAL-2347 first pass at JAL-2347 - doesn’t quite work in Java or Javascript yet !

JAL-3048 openLinkedAlignment refactor to use dialogRunner plus a conditional callback (the default response) to process alignment data added to alignment if split frame not shown

JAL-3048 first pass at JvOptionDialog as property listener for dialog runner rather than Desktop.dialogdata based method

JAL-3048 allow a default response handler to be set

JAL-3026  varna README_SWINGJS

JAL-3032 revised colour picker, now with ActionListener

JAL-3026 VARNA files

JAL-3026 new SwingJS-site.zip

just preliminary for editable combobox

JAL-3026 libjs and build-site.xml for updating site directory

when SwingJS-site.zip or VARNA-site.zip

JAL-3026 srcjar files for VARNA and log4j

JAL-3054 table tooltip follow mouse in a sensible manner

Merge remote-tracking branch 'origin/Jalview-BH/JAL-3048_dialogs' into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3026 "final" removed in Desktop ; fixing #48. 80, 91, 94

new SwingJS-site.zip  requires clean build

JAL-3026 SwingJS-site.zip PDF recognizes Printable.NO_SUCH_PAGE

JAL-3026  BH 7/2/2018 10:00:49 PM fix logic for FileReader for Chrome

Just bad, untested code in j2sApplet.js

JAL-3026  File...Reload working

JAL-3026  Java+JavaScript fix for GD#95

View...Features Settings... not disabled when there are no features.

Involves an anonymous subclassing of JMenu for viewMenu that checks that
there are features just before opening.

GAlignFrame, with a call into AlignFrame for checking the viewport.

JAL-3026  Java+JavaScript fix for GD#95

View...Features Settings... not disabled when there are no features.

Involves an anonymous subclassing of JMenu for viewMenu that checks that
there are features just before opening.

GAlignFrame, with a call into AlignFrame for checking the viewport.