HiddenSequence methods

getHiddenSequences

Keeps a record of hidden sequences

Allow loading from Zip files

Load tree

CandP takes AlignFrame, not applet

Fastpaint updates

Check endres when drawing graphs

Cut and paste may be inserted into Dialog frame

Fastest implementation so far

Extra argument false

Scroll implemented for applet editing

Selection Group rendering updated

Reduced arguments for speed

Can be used for user features

Add new feature from seqrch results

Feature rendering in groups

Out of bounds check

added description of alignment quality scores and separated
description of conservation calculation from the instructions for
colouring alignments by it.

methods for searching DBRef lists

fixes bug 0013013 but reveals lack of a 'features retrieved' flag that should be set when a sequence's uniprot record has been retrieved and all its sequence features have been added.

bug fix for 0013013

Sequences can have a description

Features may belong to a feature group

IdentifyFile should not be static

Can read from zip file

Blank space is white

Reveal All added

<= fastPaints hidden columns

Check for visibleGroup==null

IdentfyFile should not be static

RevealAllHiddenColumns

Allow for hidden columns

Able to read resources from Zip file

Blank space is white

PASTE is constant in AppletFormatAdapter

Pack resources in Zip file

fixed after refactoring of SequenceFeature[] seq.getSequenceFeatures

propagate SearchResult object use to MCView's highlighted residue renderer.

P1 changed to N1

Add Annotation to specific sequence

Cannot delete residues

Features now array

Keeps original threshold value

setShowSequenceFeatures

First attempt at hidden regions

Less args, faster rendering

Features now an array

First attempt to install hidden regions

Use add seq feature instead of replacing existing features

Features added

Features now array for speed of rendering

Use add feature instead of replacing existing values

Features now array

Use annotation colour for graph

Make variable public for speed of rendering

Features are now an array, not vector

Typo

Record of featuresDisplayed

Inform user of groups error parsing

Drawpanel needs fewer args

Feature text mouse over modified

If overview, residues are gray

Features are an array, rendering is faster

translate cDNA adjusted

Dont colour gaps

Read startgroup and endgroup in features file

Incorporated threshold slider

SliderPanel removed

FeatureGroups added

ShowSeqFeatures selected

Save featureGroup

Use featureGroups from featureRenderer

No longer used for annotation gradient

Fetch Sequence Features menu added

Use original colour scheme as base for annotation colouring

Allows saving of sequence description

Typo

Dont use FeatureFetcher if nucleotide

Threshold single element

Add new Feature

Set as feature, not new group

Saves and loads sequence description

Keeps up to date with featureRenderer

Threshold is single element

if shift down bug fixed

No more supergroup, set Sequence name / Description

New FEature replaces new group

Threshold is a single element

SetThreshold replaces addGraphLine

FeatureGroups added

Removed SuperGroup

Save sequence description in VAMSAS sequence

Check description and status are not null in mouse over

Keeps up to date with features

Feature replaces new superGroup

Feature Groups added

Graphline is a single line

Features file has startgroup, endgroup

No longer used