JAL-1853 test demonstrating bug

merge

JAL-1700 updated error handling with suggested improvements after Jim's testing

JAL-1836 temporary workaround for negative resNumIns in PDB file

JAL-1270 comments added regarding required remote service

JAL-1759 updated unit test for removal of trim on Atom.resNumIns

JAL-1830 tests relocated to AlignViewportTest after refactoring

JAL-1627 updated expected tooltip text in unit test

JAL-1830 unit tests for removing (or not) mappings on close frame

JAL-1830 refactored so no jalview.gui references from jalview.structure

JAL-845 compacting duplicated code

JAL-1611 debug sysout suppressed

JAL-1544 message label corrected

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1701 help page for Split Frame view linked in

JAL-1844 adding more missing jars - jersey, other json stuff, jsr311 and also jetty (for JAL-1575 JAL-1725)

JAL-1544 'Jalview' consistently capitalised

JAL-892 JAL-1764 Varna and Chimera also saved to project file

JAL-892 saved to project; external help link updated

JAL-1727 added EBI mirror of DAS registry

JAL-1596 JAL-1725 JAL-1588 updates for selection in Chimera, save to
Project, Windows Firewall

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1725 restrict Jalview's Jetty server to localhost

fix for JAL-1844 add jersey-core,json,client-1.19 to install anywhere config

JAL-1830 dropped reference counts for mappings, instead remove mapping
when no alignment holds a reference to it

JAL-1596 check for null pointer (thread running after viewer closed)

JAL-1270 test separated out of JalviewChimeraView

JAL-1270 corrected path to test properties file

JAL-1270 separated Jmol and Chimera tests to avoid concurrency problems

JAL-1759 updated unit test for removal of trim of Atom.resNumIns

JAL-1840 correct setting status bar for structure mouseover

JAL-1759 added check for null (console 'history')

Fix to use correct resource bundle entry

JAL-1759 corrected syntax for 'atom picked' callback (toggles label
on/off in Jmol)

JAL-1780 just a spelling change

JAL-1674 more correct status bars in splitframe mouseover (applet)

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1759 removed trim() of Atom.resNumIns as not backwards compatible
with saved projects (generates duplicate annotations)

JAL-1641 externalised save_as_biojs_html

JAL-1835 corrected Embbed to Embed

merge

JAL-1834 removed quotes around truncated strings with ellipsis

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-845 error message on syserr if supplied files don't map as cDNA and
protein

remove mentions of non-functional RNAInteraction colourscheme

JAL-1834 capped the tool-tip text at 500. once that is exceeded an ellipsis is added

JAL-1834 disabled action buttons (Back / Ok / Cancel) when in 'Configure Displayed Columns' tab

JAL-1443 bug fix for loading pasted alignments from clipboard via the file loader

JAL-1831 updated json schema doc

clean up

JAL-1780 made the 'Select All' checkbox to be shown for all the setting panels

JAL-1780 changed 'Check All' to 'Select All' and externalised all message labels in export settings window

merge

JAL-1833 revised implementation

JAL-1833 added unit tests (some failing) for wrapToolitp

JAL-1782 don't save TESTNG output summary to git

JAL-1725 log to sysout when listener shuts down

JAL-1742 suppress 'add chain' option for Jmol, pull up shared code for
Jmol/Chimera

JAL-1861 bugfix to allow parsing of stockholm files with missing annotations

JAL-1835 added UI for BioJSON embbeding preference

JAL-1835 made BioJSON embedding to html exports configurable, and trapped import of html files without BioJSON

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1834 added tooltip to the PDB sequence fetcher and structure chooser summary tables

JAL-1833 modified tooltip to force wraping of long texts without spaces

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1800 separated SearchResults.getCharacters() from toString()

JAL-1270 testIsMappable added

JAL-1805 corrected javadoc only

merge

JAL-1832 improvement to enable result update only when displayed column configuration is updated

JAL-1829 JAL-1830 refactoring for correct mapping (de-)registration

JAL-1800 smarter matching when following mouseover of sequence

JAL-1691 scan full width and depth of alignment for smoother scrolling

JAL-1800 SearchResults.equals() to allow smarter mouseover of codons

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1551 updated to reflect changes to Eclipse preferences settings

JAL-1551 properties sorted (unchanged) for ease of comparison with
org.eclipse.jdt.core.prefs

JAL-1831 update all maxItems annotation to the max value for a 32-bit signed binary integer - 2147483674

merge

JAL-1831 added changes to allow auto-generation of BioJSON schema from src code

JAL-1826 bug fix to select pdb sequence fetcher via enter key

JAL-1641 added type to BioJSON sequence object and modified seqsHash to sequenceRefs in for the sequence group object

JAL-1641 updated json help doc

merge

add ability to launch jalview from exported html + svg file. Abstracted Jalview build details so that jalview version can be obtained dynmaicaly from JSONFile class.

JAL-1645 updated final release date for version 2.9

Merge branch 'release/2_9_documentation' into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1516 indent multiple annotation parameters on new lines

JAL-736 relocate group associated conservation symbols to alignment column position

JAL-736 source formatting

JAL-1486 fixed flatfile output of visible region for consensus sequence

JAL-1824 updated caching procedure for pdb entries. Also refactored getPDBEntry method in SequenceI to getAllPDBEntries as it returns a collection of all available PDBEntry

merge

JAL-1824 corrected copy'n'paste error introduced from JAL-1821 refactor which causes the IndexOutOfBoundException

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1821 formatting

JAL-1821 launch the structure view in a separate thread to avoid blocking the UI

JAL-1822 create dataset sequences if they aren’t already created before checking for cDNA/protein mapping
note JAL-407 - should really search for copies of the nucleotides in the local dataset and merge rather than create new ones willynilly!

JAL-1821 JAL-1759 make sure we wait around until the current script has finished before starting superposition