Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_4_Branch

JAL-4418 fix link case for linkcheck and window menu documentation update

JAL-4159 pasimap viewer image for docs

JAL-4418 JAL-4090 known defect report for JAL-4349

JAL-4414 JAL-1054 fix irrelevant failing network test for JAL-4418 2.11.4.0 release

Merge branch 'bug/JAL-1054_broken_test' into develop

JAL-4418 documentation for 4461

JAL-4418 documentation for ss annotation row preference and auto show (JAL-4425 JAL-4392)

JAL-4418 JAL-4442 quit racecondition patch

Merge branch 'JAL-4442_cant_quit_jalview_on_windows_11' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_4_Branch

JAL-4418 release 2.11.4.0 today!

JAL-4418 JAL-4392 show/hide group associated secondary structure consensus and document autohide of secondary structure consensus
JAL-4464 also knowndefect for not storing/restoring group associated secondary structure consensus

Merge branch 'improvement/JAL-4461_select_format_from_extension' into develop

JAL-4392 JAL-4425 commented out code to allow consensus to be hidden automatically when just one sequence is shown

Merge branch 'patch/JAL-4392_hide_ssconsensus_if_no_data' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4427_HTML_code_in_sequence_ID_text' into develop

JAL-4392 autohide the secondary structure consensus annotation by setting AlignmentAnnotation.hasData to false so it is not displayed in view

JAL-4427 Added test cases and a minor correction

JAL-4392 don't show SS consensus for DNA alignments

JAL-4461 Move SwingUtils to darrylbu.util.SwingUtils, more appropriate

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_4_Branch

JAL-4418 release notes for JAL-4461 - nb need to document the new option in the built in help

Merge branch 'improvement/JAL-4461_select_format_from_extension' into develop

JAL-4461 Tests for JalviewFileChooser.defaultSaveFileFormat() and a slight fix to the code

JAL-4461 Adding in a number of properties that control the default save_as format. See issue for details.

JAL-4418 sign off JAL-4454 and convert markdown header to html for whatsNew 'experimental'

JAL-4461 Change JalviewFileFilter to use LinkedHashSet for extensions. Add list of extensions to 'By extensions' tooltip.

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-4427_HTML_code_in_sequence_ID_text' into develop

JAL-4418 sign off JAL-4427 JAL-4451 fix

Merge branch 'bug/JAL-4427_HTML_code_in_sequence_ID_text' into develop

JAL-4461 Added a dynamic tooltip to give more information when 'By extension' is the selected File Type.  Utilising MIT licensed SwingUtils.getDescendantsByClass() to delve into the JFileChooser.

JAL-4461 fix up formatting and remove old comment

JAL-4461 after autodetection, update the filechooser dialog and let the user hit OK again to confirm the autodetected format

JAL-4461 Change labelling of All-known-alignment-files to Select-format-from-extension for Save-as file chooser

JAL-4460  Don't display the All-known-alignment-files format when a JalviewFileChooser is made with acceptAny set to false (usually a Save-as dialog)

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_4_Branch

 JAL-4454 make sure 2.11.4.0-test is stripped - *for reals*

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_4_Branch

JAL-4418 release notes for JAL-4460

Merge branch 'bug/JAL-4460_alignment_save_as_format_not_registering' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_4_Branch

JAL-4454 make sure 2.11.4.0-test is stripped

JAL-4460 In save as, set format from file extension if a multi-format file filter is selected

JAL-4460 Don't add .aln for an 'All known formats...' filename

JAL-4460 Update currentFileFormat /after/ new format selection

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_4_Branch

JAL-4418  JAL-4428,JAL-4421,JAL-3393 release notes

Merge branch 'patch/JAL-4428_osx_codesigning_scripts' into develop

JAL-4428 codesign jnilibs

JAL-4428 informational output (possibly needs verbosity control)

JAL-4428 giving another XXX

JAL-4428 add some XXXX for mktemp -t

JAL-4428 Fixes to -z's and mktemp

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_4_Branch

Merge branch 'patch/JAL-4428_osx_codesigning_scripts' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_4_Branch

JAL-4454 allow channels to pick up most recent 'whatsNew' and releasenotes for their associated version

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_4_Branch

JAL-4418 initial pasimap documentation and updated release notes for recent merges

JAL-4418 postpone release to Thursday 12th Sept 2024

JAL-4386 remove magic string in registerScoreModel...

JAL-4418 fix linkCheck

JAL-4418 release 10th September

Merge branch 'documentation/JAL-4418_2_11_4_0_docs' into develop

Merge branch 'feature/JAL-4446_cancellable_pasimap_etal' into develop

JAL-4418 first pass at updating docs with pasimap, ssconservation, etc

JAL-1054 Add option to always follow redirects and not just http->https ones in jalview.util.HttpUtils. Fix tests for HttpUtils.followConnection,openConnection,openStream by checking with the followAnyway flag true and false.

Fix for JAL-4427

Sequence ID text showing html code - protein disorder.

JAL-4446 improved reporting of progress, and transition between cancelable and non-cancelable phases of pasimap calculation

JAL-4446 refactor progress listener handler code for reuse

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4446_cancellable_pasimap_etal

JAL-4418 tweak release notes for JAL-4328

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-3631 Allow use of ~/ for unixBinDir specified in response.varfile

JAL-3631 Allow unixBinDir (where a symbolic link gets made) to be set in response.varfile.  If it's not set or empty then the usual (dynamic) default will be ascertained.  Disallow reading in certain variables from the response.varfile that would just mess up the installation if changed.

JAL-3631 Configuration tweaks if using the response.varfile

JAL-3631 Adjustments to allow setting the Advanced options in the response.varfile. Also big improvement on setting sys.fileAssociation.launchers automatically so only sys.fileAssociation.extensions needs to be set in a response.varfile.

JAL-3631 Fix interpolatove quotation marks in grep in jalview.sh.  Fix some folder name trailing slash checks in macos_install_jalview.sh, add ditto -v and more informative output.

JAL-3631 Fix interpolative quotation marks in new grep

Merge branch 'jims/JAL-4420_review_redo' into develop

JAL-3631 When appdir/jre can't be found, look for the installer.appdir found in installer.properties (if it exists) and use jre dir in installer.appdir

JAL-3631 Create an installer.properties file in the userappdir

JAL-4418 JAL-4420 is experimental feature

JAL-4420 new drag'n'drop behaviour is now an 'Experimental Feature'

JAL-4420 report exceptions raised during a drop rather than swallowing them

JAL-4442 Removed debugging variables and a stray 'wait' boolean which is not used

JAL-4418 release notes for JAL-4398 and rejigged order a bit

Merge branch 'bug/JAL-4398_Window_menu_font_rendering' into develop

Merge branch 'develop' into JAL-4442_cant_quit_jalview_on_windows_11

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4449_ensembl_sequence_retrieval_broken

JAL-4449 signed off and also updated Ensembl REST API version after fixing the EnsemblGene BRAF query test: JAL-3018

JAL-4418 JAL-3064 JAL-4111 release notes

JAL-4449 Changed HttpUtils.followConnection(conn0) to return conn0 unused when there is not a redirect from http to https, otherwise to return a new unused connection directly to the new https URL

JAL-4418 JAL-4450 known issue for 2.11.4 and 2.11.3.3

JAL-4418 JAL-4100 ncrna genbank as known issue

Merge branch 'develop' into JAL-4442_cant_quit_jalview_on_windows_11

JAL-4442 reprioritise QuitHandler debug output to either trace, debug or warn

JAL-4442 reprioritise JvOptionPane debug output to either trace, debug or warn