optimize repaints

remove system.out

feature locations are retrieved by associated accession string and public debug report request in case embl parsing fails

feature locations are retrieved by associated accession string

public debug report log message to gather any cases where Das coordinate frame mapping fails

fixed getIntervals bug to ensure it returns range from start of token at fromPosition to end of token in toPosition in the direction from fromPosition to toPosition

documentation and proxy call to util.MapList.getToWord(mpos)

extractScores menu item disabled for release

only return non-empty subsequences when getting selection as new sequences

Allow expansion of textarea for many sequence input

AMSA input set padgaps true

convert space to gapchar

undo stackempty error fix, refactored do and undo() method to take array of alignments for operations that result in hide/show of alignment annotation, convenience method for getting alignment object array for all views

refactored do and undo() method to take array of alignments for operations that result in hide/show of alignment annotation

copy only the sequence associated alignment annotation displayed in the current view

subsequence bound checks and constructor for selectively duplicating sequence associated alignment annotation in copy constructor

return flag indicating if annotations were actually deleted from alignment

checks for negative start column in restrict

Padgaps is false by default

setVisible flag sent to EditNameDialog

Pad gaps method

Make sure annots are alignment width

use jalviewLite to addFrame

remove system.out

set chains available

Multiple views/hidden region/undo out of index bug

Can specify PDB chain to map sequence to - only used by applet so far

javadoc

removeAlignmentAnnotation only removes annotation objects referenced by the alignmentI and will do nothing otherwise.

sort-by-score works of sequence-annotation, not alignment annotation vector

Save seqset properties

Seqset properties saved

2.3 what's new

preliminary EMBL and mapping documentation

'no sources selected' calls method on feature settings dialog to prompt user.
fixed never-ending das feature retrieval bug.

fixed deadlock

setVisible replaces show

Version 11.0.2

REmoved

rebuild sort by scores menu when new annotation is available

pad should leave null annotations array null

convenient creation of 'score only' annotation.

parse alignment properties and add annotation rows for general alignment position annotation.

alignment properties and embedded newick strings can be retrieved from parsed files

dssp 7-state to three state lookup

javadoc

remove excessive painting

REmove excessive painting

Repaint after feature added

Prevent err when editing and overview drawing

FeatureRenderer mixups fixed

Remove system.out AppletPDBViewer.java

Check pdbid size >0

Trouble with featureRenderers fixed

Move repaint in thread

Put alignmentProperties in scrollpane

Check feature group is visible for mouse over features

remove System.out

Add param to Jmol path

padGaps moved

Make sure mainContainer and owner are not null

Must check that featureGroup is visible for mouse over features

amendFeatures

paintAlignment(true)

Place new feature on top of existing features

Make sure sequence is in mouse over alignment

Amend Features

ColourByStructure not ready yet

newlines in alignment properties converted to <br>

blc header lines inserted as 'comment' alignment property

parsers can generate alignment properties

getProperties returns nullk for no properties

documentation and getProperties method

aligned boxes

ThresholdIsMin available in applet

Set black if colour null

Alignment properties available

hide the initial window after selection made

one colour flag in annotation export

bugfix for deleted annotation undo

Annotation gradient will use direct colours if no graph exists

Allow threshold to be min/max

hide annotation colouring options

Dont colour labels

added/tested sort by scores menu and added basic extractScores function.

use hasScore method to test presence of score in annotation.

added 'sort by sequence associated annotation score'

bug fixed basic score extraction by regex on description method

get annotation by label string

fix '\0' bug from score-only positional annotation

score is a double, fix bugs for score only annotation not being associated with sequences

double sort functions

total annotation score is a double for maximum precision.

check for null ss character

colourText = false

score and visible copy construction

Edit seqs

quick fix for verbose fortranesque comments in preamble of AMPS BLC files (lines were being recognised as JPred concise files)

fixed bug in prefix extraction for application

basic methods for adding scores extracted from description