JAL-1544 message label corrected

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1701 help page for Split Frame view linked in

JAL-1844 adding more missing jars - jersey, other json stuff, jsr311 and also jetty (for JAL-1575 JAL-1725)

JAL-1544 'Jalview' consistently capitalised

JAL-892 JAL-1764 Varna and Chimera also saved to project file

JAL-892 saved to project; external help link updated

JAL-1727 added EBI mirror of DAS registry

JAL-1596 JAL-1725 JAL-1588 updates for selection in Chimera, save to
Project, Windows Firewall

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1725 restrict Jalview's Jetty server to localhost

fix for JAL-1844 add jersey-core,json,client-1.19 to install anywhere config

JAL-1830 dropped reference counts for mappings, instead remove mapping
when no alignment holds a reference to it

JAL-1596 check for null pointer (thread running after viewer closed)

JAL-1270 test separated out of JalviewChimeraView

JAL-1270 corrected path to test properties file

JAL-1270 separated Jmol and Chimera tests to avoid concurrency problems

JAL-1759 updated unit test for removal of trim of Atom.resNumIns

JAL-1840 correct setting status bar for structure mouseover

JAL-1759 added check for null (console 'history')

Fix to use correct resource bundle entry

JAL-1759 corrected syntax for 'atom picked' callback (toggles label
on/off in Jmol)

JAL-1780 just a spelling change

JAL-1674 more correct status bars in splitframe mouseover (applet)

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1759 removed trim() of Atom.resNumIns as not backwards compatible
with saved projects (generates duplicate annotations)

JAL-1641 externalised save_as_biojs_html

JAL-1835 corrected Embbed to Embed

merge

JAL-1834 removed quotes around truncated strings with ellipsis

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-845 error message on syserr if supplied files don't map as cDNA and
protein

remove mentions of non-functional RNAInteraction colourscheme

JAL-1834 capped the tool-tip text at 500. once that is exceeded an ellipsis is added

JAL-1834 disabled action buttons (Back / Ok / Cancel) when in 'Configure Displayed Columns' tab

JAL-1443 bug fix for loading pasted alignments from clipboard via the file loader

JAL-1831 updated json schema doc

clean up

JAL-1780 made the 'Select All' checkbox to be shown for all the setting panels

JAL-1780 changed 'Check All' to 'Select All' and externalised all message labels in export settings window

merge

JAL-1833 revised implementation

JAL-1833 added unit tests (some failing) for wrapToolitp

JAL-1782 don't save TESTNG output summary to git

JAL-1725 log to sysout when listener shuts down

JAL-1742 suppress 'add chain' option for Jmol, pull up shared code for
Jmol/Chimera

JAL-1861 bugfix to allow parsing of stockholm files with missing annotations

JAL-1835 added UI for BioJSON embbeding preference

JAL-1835 made BioJSON embedding to html exports configurable, and trapped import of html files without BioJSON

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1834 added tooltip to the PDB sequence fetcher and structure chooser summary tables

JAL-1833 modified tooltip to force wraping of long texts without spaces

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1800 separated SearchResults.getCharacters() from toString()

JAL-1270 testIsMappable added

JAL-1805 corrected javadoc only

merge

JAL-1832 improvement to enable result update only when displayed column configuration is updated

JAL-1829 JAL-1830 refactoring for correct mapping (de-)registration

JAL-1800 smarter matching when following mouseover of sequence

JAL-1691 scan full width and depth of alignment for smoother scrolling

JAL-1800 SearchResults.equals() to allow smarter mouseover of codons

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1551 updated to reflect changes to Eclipse preferences settings

JAL-1551 properties sorted (unchanged) for ease of comparison with
org.eclipse.jdt.core.prefs

JAL-1831 update all maxItems annotation to the max value for a 32-bit signed binary integer - 2147483674

merge

JAL-1831 added changes to allow auto-generation of BioJSON schema from src code

JAL-1826 bug fix to select pdb sequence fetcher via enter key

JAL-1641 added type to BioJSON sequence object and modified seqsHash to sequenceRefs in for the sequence group object

JAL-1641 updated json help doc

merge

add ability to launch jalview from exported html + svg file. Abstracted Jalview build details so that jalview version can be obtained dynmaicaly from JSONFile class.

JAL-1645 updated final release date for version 2.9

Merge branch 'release/2_9_documentation' into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1516 indent multiple annotation parameters on new lines

JAL-736 relocate group associated conservation symbols to alignment column position

JAL-736 source formatting

JAL-1486 fixed flatfile output of visible region for consensus sequence

JAL-1824 updated caching procedure for pdb entries. Also refactored getPDBEntry method in SequenceI to getAllPDBEntries as it returns a collection of all available PDBEntry

merge

JAL-1824 corrected copy'n'paste error introduced from JAL-1821 refactor which causes the IndexOutOfBoundException

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1821 formatting

JAL-1821 launch the structure view in a separate thread to avoid blocking the UI

JAL-1822 create dataset sequences if they aren’t already created before checking for cDNA/protein mapping
note JAL-407 - should really search for copies of the nucleotides in the local dataset and merge rather than create new ones willynilly!

JAL-1821 JAL-1759 make sure we wait around until the current script has finished before starting superposition

JAL-1821 patch for completeness - first model number is zero

JAL-1816 fixed bug in identify file preventing it from identifying a Fasta file containing a right angle bracket in its annotation

JAL-1821 updated implementation of launchStructureViewer method to use currently selected sequences instead of trying to collate them from the viewport (as suggested by Jim)

updated the reference sequence column of cached structure  summary table to hold the actual object

JAL-1788 updated biojson docs

JAL-1821 updated the reference sequence column of structure chooser summary table to hold the actual object

JAL-1821 JAL-1759 reinstate rotation speed configuration - parameter has some effect in 14.2

JAL-1821 JAL-1759 updated Jmol has different model behaviour - select model * to show all models. Need to check behaviour with multimodel files


JAL-1821 avoid race condition when multiple structures loaded in Jmol where getFiles() returns {null} and waitUntilLoad times out rather than performs superposition

JAL-1443 modified exception notifications

JAL-1710 filtered colons(:) from structure chooser query as it conflicts with solr queries and results in exceptions

JAL-1821 discarded sequence name truncation in summary table