JAL-3847 set default behaviour as exclude when dealing with duplicate entries in jars and zips

JAL-3842 JAL-3746 (need to cherry pick to develop) - automatically generate link to latest release notes in what's new

JAL-3842 2.11.1.5 what’s new, release notes, and version bump

Merge branch 'patch/JAL-3840_2_11_1_4' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3840 don’t update the modal residue count for gaps

fixes JAL-3840

JAL-3840 failing test - show that addGaps overflows

JAL-3248 Archived old README. Added new README to point user to doc/building.md

JAL-3743 Fixed NullPointerExceptions happening with linkCheck task when gradle >= 6.6

JAL-3833 cap the scaling used by HiDPISetting for incorrect DPI values or incorrect height/width values

JAL-3816 release date updated to 9th March

JAL-3816 release date set for 8th March and updated what's new

JAL-3816 new known defects JAL-3705 and JAL-3806

Revert "Merge branch 'bug/JAL-3806_mappingCoversSequence' into releases/Release_2_11_1_Branch"

This reverts commit cb628aab46f9027e71b71203b322f96710e09990, reversing
changes made to a40669b2eeb34a6c760b63c172a31a194b456f24.

Revert "JAL-3816 release notes for JAL-3806"

This reverts commit ead40d75a04715c80c61e34e277bb995cb2bef90.

JAL-3816 release notes for JAL-3806

Merge branch 'bug/JAL-3806_mappingCoversSequence' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3816 JAL-3814 JAL-3813 JAL-3812 JAL-3811 JAL-3818 release notes and date for 2.11.1.4 release

Merge branch 'bug/JAL-3818_jmolDeadlock' into releases/Release_2_11_1_Branch

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_4_debianpatches' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3521 High quality file icons for jalview associated files, and associated mime-type icon references

JAL-3818 process Jmol callbacks in AWT thread

JAL-3521 Change grouped Jalview windows on linux taskbar to have name Jalview

JAL-3521 Changed wording of INSTALLATION in source tarball build_properties

JAL-3521 Adding a build_properties into sourceDist tarball, with INSTALLATION=SourceDist git-commit...

JAL-3521 Adjusted wrapper shell script and .desktop file to cater for opening a file with or without -open arg

JAL-3816 bump version number and cut release notes

JAL-3815 default /etc/jalview_properties under utils/debian

JAL-3251 debian build using maven, simplified build.gradle not needed

JAL-3521 Moved the debian build.gradle to utils/debian/build.gradle.debian

Merge branch 'task/JAL-3521_Slimmed_down_build.gradle_for_debian' into releases/Release_2_11_1_4_debianpatches

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_4_debianpatches' into task/JAL-3521_Slimmed_down_build.gradle_for_debian

JAL-3814 don’t automatically launch the news browser when the desktop is first opened

JAL-3813 NOIDENTIFIERSSERVICE preference disables jalview pinging jalview.org/services/identifiers to get a list of URL link templates for viewing database crossreferences

JAL-3812 new argument ‘-nohtmltemplates’ and user preference ‘NOHTMLTEMPLATES’ to disable download of templates from GitHub repository

JAL-3811 document SHOW_JWS2_SERVICES user preference and provide new menu option for ‘one off’ JABAWS discovery if preference is disabled.

JAL-3814 NONEWS property

JAL-3806 fix and test for one-to-many sequence mapping case

JAL-3806 more lax allowance (3 positions) for stop codon

JAL-3521 Updating file opening marker to %u

JAL-3521 Debian mime-type and desktop helper files, and script to create them

JAL-3521 removed unnecessary parts of the ext project in build.gradle

JAL-3521 Minimal plugins and tasks needed to run tests and build jalview.jar

JAL-3766 what’s new and release notes for 2.11.1.3

JAL-3759 fix compilation error for test

JAL-3766 release notes for JAL-3759

JAL-3759 exclude hidden columns when processing column selection

Merge branch 'documentation/JAL-3766_relnotes' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3766 release notes for JAL-3765 JAL-3763 JAL-3760 JAL-3751 JAL-3748 JAL-3725 JAL-3700 JAL-3611

Merge branch 'patch/JAL-3700_JAL-3748_JAL-3763_for_2_11_1_3' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3248 Fixed path typos in building.md/html and corrected shadow jar filename

JAL-3700 mapped sequence group includes short (or all gapped) sequences

JAL-3725 fix tests for EMBLFlatFile parser when mapping doesn’t include stop codon

JAL-3725 patch EMBL flat file to exclude stop codon from the mapping (for 2.11.1.3 - needs cherry-pick to 2.11.2)

JAL-3725 restrict mapped virtual feature location to mapped region
 Conflicts:
src/jalview/gui/PopupMenu.java

JAL-3725 helper methods for computing mapped feature range overlap

JAL-3725 exclude stop codon from CDS-to-protein mapping

Merge branch 'bug/JAL-3760_protsTreatedAsNucleotides' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3248 Added step to create the eclipse files before project import. Noted non-fatal NPEs during build with gradle 6.6+

JAL-3768 noticed failure of test when run as part of suite via gradle - whilst patching JAL-3700 JAL-3748 JAL-3763 for 2.11.1.3

JAL-3700 JAL-3748 JAL-3763 don’t add stop codon via alignAs if guide peptide doesn’t include C terminus.

update test for JAL-3763 redact shared DS sequences for contiguous CDS

JAL-3763 Javadoc, check for null, additional tests

JAL-3751 only merge strictly contiguous ranges of mappings

JAL-3763 test coverage for AlignedCodonFrame.markMappedRegion

JAL-3700 JAL-3763 create datasets for test sequences

JAL-3763 failsafe check for null

JAL-3763 refactored getCoveringMapping for virtual feature discovery

JAL-3763 always make a new dataset sequence for CDS sequence

JAL-3700 additions and corrections to unit tests
 (trivial) Conflicts:
test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

JAL-3766 release notes for JAL-3611 JAL-3765

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_11_1_Branch

Merge branch 'bug/JAL-3765_Find_bugs_in_21112' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3766 cut new patch release

JAL-3765 fix test

fix for JAL-3765

JAL-3765 simple test that findAll finds all matches for a pattern when it is present multiple times in a sequence

JAL-3611 added quotation marks for appdir argument install4j uses to invoke getdown-launcher.jar

JAL-3760 fix tests for changed behaviour

JAL-3760 refactor nucleotide proportion test to per-sequence and return false if any sequence appears protein-like

JAL-3577 Removed default JALVIEW_VERSION from gradle.properties. Now being set by build.gradle

JAL-3758 tweak what’s new for 2.11.1.2!

JAL-3758 release Fri 25th Sep

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3577 Quick fix adding quotation marks for findProperty("JALVIEW_VERSION")==null...

JAL-3758 2.11.1.2 patch release notes and version bump

JAL-3757 JAL-3689 use AppletFormat.checkProtocol to resolve startup file’s retrieval protocol (sorry @benzoid for finessing you !)

JAL-3757 JAL-3689 Fixed checks for URLs by adding checks for https:// as well as 

JAL-3633 ensure check both  or https:// for urls

JAL-3748 not testing for sequence’s containment in mapped range breaks CDS reconstruction but allows  testAlignProteinAsDna_incompleteStartCodon to pass

JAL-3748 fix compilation error

JAL-3748 maximal test for JAL-3748 using covid19 CDS/Protein

JAL-3748 more tests verifying reconstruction of AlignemntView for linked CDS/Protein alignment and selected region

JAL-3748 reusable assert to trace specific issues with recovering the correct Sequence/Mapping (highlights points of failure for AlignmentUtilsTests with patch

JAL-3748 allow AlignedCodonFrame.covers to optionally only require coverage for either originating or mapped sequence.

JAL-3748 test data for SplitFrameTest

JAL-3748 don’t trash start/end on SequenceI reconstructed from a SeqCigar via SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash

JAL-3748 simple test for SeqCigar preservation of start/end and name for different ways of constructing SeqCigar and reconstructing alignment sequences

JAL-3748 additional asserts to verify start/end after reconstructing sequence from seqCigar

JAL-3675 release notes for JAL-3750 JAL-3751