website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/fileInput/PearsonFileParser.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 /**
   7  * This file is for parsing pearson format files.
   8  * CHANGE:
   9  */
  10 #ifndef PEARSONFILEPARSER_H
  11 #define PEARSONFILEPARSER_H
  12
  13 #include <string>
  14 #include "FileParser.h"
  15
  16 namespace clustalw
  17 {
  18 using namespace std;
  19
  20 class PearsonFileParser : public FileParser
  21 {
  22     public:
  23         /* Functions */
  24         PearsonFileParser(string filePath);
  25         virtual vector<Sequence> getSeqRange(int firstSeq, int num, string *offendingSeq=NULL);
  26         virtual Sequence getSeq(int seqNum, string *offendingSeq=NULL);
  27         virtual int countSeqs();
  28         virtual void getSecStructure(vector<char>& gapPenaltyMask,
  29                                      vector<char>& secStructMask, string& secStructName,
  30                                      int &structPenalties, int length);
  31
  32         /* Attributes */
  33
  34     private:
  35         /* Functions */
  36
  37         /* Attributes */
  38         string fileName;
  39 };
  40
  41 }
  42 #endif
  43