website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/tree/ClusterTreeAlgorithm.h

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   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef CLUSTERTREEALGORITHM_H
   7 #define CLUSTERTREEALGORITHM_H
   8
   9 #include <memory>
  10 #include <fstream>
  11 #include <iostream>
  12 #include "../general/clustalw.h"
  13
  14 namespace clustalw
  15 {
  16
  17 class ClusterTreeAlgorithm
  18 {
  19     public:
  20   virtual ~ClusterTreeAlgorithm(){};
  21
  22         virtual void generateTree(clustalw::PhyloTree* phyTree, clustalw::DistMatrix* distMat, clustalw::SeqInfo* seqInfo,
  23                                   ofstream* tree = 0) = 0;
  24         virtual void setVerbose(bool choice) = 0;
  25 };
  26
  27 }
  28 #endif