website/archive/binaries/mac/src/clustalw/src/tree/Tree.h

   1 /**
   2  * Author: Mark Larkin
   3  *
   4  * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.
   5  */
   6 #ifndef TREE_H
   7 #define TREE_H
   8
   9 #include <vector>
  10 #include <string>
  11 #include <iostream>
  12 #include <fstream>
  13 #include "../alignment/Alignment.h"
  14 #include "AlignmentSteps.h"
  15 #include <memory>
  16 namespace clustalw
  17 {
  18
  19 class Tree
  20 {
  21     public:
  22         /* Functions */
  23         void calcSeqWeights(int firstSeq, int lastSeq, vector<int>* sweight);
  24         int readTree(Alignment* alignPtr, const string& treeFileName, int firstSeq,
  25                      int lastSeq);
  26         auto_ptr<AlignmentSteps> createSets(int firstSeq, int lastSeq);
  27         int calcSimilarities(Alignment* alignPtr, DistMatrix* distMat);
  28         void clearTree(TreeNode* p);
  29         /* Attributes */
  30
  31     private:
  32         /* Functions */
  33         void createTree(TreeNode* ptree, TreeNode* parent, ifstream* file);
  34         void createNode(TreeNode* pptr, TreeNode* parent);
  35         TreeNode* insertNode(TreeNode* pptr);
  36         void clearTreeNodes(TreeNode* p);
  37         TreeNode* reRoot(TreeNode* ptree, int nseqs);
  38         TreeNode* insertRoot(TreeNode* p, float diff);
  39         float calcRootMean(TreeNode* root, float *maxDist);
  40         float calcMean(TreeNode* nptr, float *maxDist, int nSeqs);
  41         void orderNodes();
  42         int calcWeight(int leaf);
  43         void skipSpace(ifstream* file);
  44         void groupSeqs(TreeNode* p, int *nextGroups, int nSeqs, AlignmentSteps* stepsPtr);
  45         void markGroup1(TreeNode* p, int *groups, int n);
  46         void markGroup2(TreeNode* p, int *groups, int n);
  47         TreeNode* avail();
  48         void setInfo(TreeNode* p, TreeNode* parent, int pleaf, string pname, float
  49                      pdist);
  50         void debugPrintAllNodes(int nseqs);
  51
  52         /* Attributes */
  53         AlignmentSteps progSteps;
  54         char charFromFile;
  55         ifstream file;
  56         TreeNode** lptr;
  57         TreeNode** olptr;
  58         TreeNode** nptr;
  59         TreeNode** ptrs;
  60         int nnodes;
  61         int ntotal;
  62         bool rootedTree;
  63         TreeNode* seqTree;
  64         TreeNode* root;
  65         int* groups;
  66         int numSeq;
  67         int numSets;
  68         const static int MAXERRS = 10;
  69 };
  70
  71 }
  72 #endif