website/archive/binaries/mac/src/fasta34/Makefile.linux

   1 #
   2 # makefile for fasta3, fasta3_t.  Use makefile.pvm for pvcompxx.
   3 #
   4 #
   5 # Dec 8, 2005 - with gcc4.0.2 (or .1) under Redhat Linux Fedora FC4 -03 breaks the alignment code
   6 #
   7
   8 CC= gcc -g -O
   9 #CC = gcc -g -DDEBUG
  10
  11 #CC=gcc -Wall -pedantic -ansi -g -O
  12 #CC= /usr/local/parasoft/bin.linux2/insure -g -DDEBUG
  13
  14 # EBI uses the following with pgcc, -O3 does not work:
  15 # CC= pgcc -O2 -pipe -mcpu=pentiumpro -march=pentiumpro -fomit-frame-pointer
  16
  17 # this file works for x86 LINUX
  18
  19 # standard options
  20 CFLAGS= -DSHOWSIM -DUNIX -DTIMES -DHZ=100 -DSFCHAR="':'" -c -DMAX_WORKERS=8 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DFASTA_HOST='"your_fasta_host_here"' -DUSE_MMAP -D_REENTRANT -DHAS_INTTYPES -D_LARGEFILE_SOURCE -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DUSE_FSEEKO -DSAMP_STATS -DPGM_DOC
  21
  22 # use options below for superfamily validations
  23 #CFLAGS= -DSHOWSIM -DUNIX -DTIMES -DHZ=100 -DSFCHAR="'|'" -c -DMAX_WORKERS=8 -DTHR_EXIT=pthread_exit -DPROGRESS -DSUPERFAMNUM -DUSE_MMAP -D_REENTRANT -DBIG_LIB64 -D_LARGE_FILE_SOURCE -DUSE_FSEEKO -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -DHAS_INTTYPES -DSAMP_STATS
  24
  25 # -I/usr/local/include/mysql -DMYSQL_DB
  26 #
  27 #(for mySQL databases)  (also requires change to Makefile34.common)
  28
  29 LIB_M = -lm
  30 #LIB_M = -L/usr/local/lib/mysql -lmysqlclient -lm
  31 # for mySQL databases
  32
  33 HFLAGS= -o
  34 NFLAGS= -o
  35
  36 # for Linux
  37 THR_SUBS = pthr_subs2
  38 THR_LIBS = -lpthread
  39 THR_CC =
  40
  41 XDIR = /seqprg/bin
  42
  43 DROPNFA_O = drop_nfa.o
  44 DROPTFA_O = drop_tfa.o
  45 DROPGSW_O = dropgsw.o
  46 DROPRSS_O = dropnsw.o
  47
  48 # renamed (fasta33)  programs
  49 include Makefile34m.common
  50 # conventional (fasta3) names
  51 # include Makefile.common
  52