website/archive/binaries/mac/src/fasta34/Makefile.tc

   1 #
   2 # makefile for fasta3, fasta3_t.  Use makefile.pvm for pvcompxx.
   3
   4 # MSDOS Borland C commands
   5 #CC= bcc -mm -w-rvl -w-pro -3 -O
   6 CC= bcc32 -WC -w-rvl -w-pro -3 -O
   7 #CFLAGS= -IC:\bc5\include -DFAR_PTR -DALLOCN0 -DMSDOS
   8 CFLAGS=-IC:\bc5\include -DBIGMEM -DALLOCN0 -DMSDOS
   9 #CL= bcc -mm
  10 CL= bcc32 -WC
  11 LFLAGS= -LC:\bc5\lib
  12 NRAND= nrand
  13 HZ=100
  14
  15
  16 XDIR = /seqprg/slib/bin
  17
  18 SPROGS = fasta34.exe ssearch34.exe fastx34.exe tfastx34.exe fasty34.exe tfasty34.exe fasts34.exe tfasts34.exe prss34.exe prfx34.exe
  19
  20 PROGS = $(SPROGS)
  21
  22 all : $(PROGS)
  23
  24 sall: $(SPROGS)
  25
  26 clean-up:
  27         del *.obj $(PROGS)
  28
  29 install:
  30         cp $(PROGS) $(XDIR)
  31
  32 fasta34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_fa.obj scaleswn.obj karlin.obj drop_nfa.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj url_subs.obj nrand.obj getopt.obj
  33         $(CL) $(LFLAGS) -efasta34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_fa.obj drop_nfa.obj getseq.obj  @fasta3.rsp -lm
  34
  35 fastx34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_fx.obj scaleswn.obj karlin.obj drop_fx.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj faatran.obj url_subs.obj nrand.obj getopt.obj
  36         $(CL) $(LFLAGS) -efastx34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_fx.obj drop_fx.obj faatran.obj getseq.obj  @fasta3.rsp -lm
  37
  38 fasty34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_fy.obj scaleswn.obj karlin.obj drop_fz.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj faatran.obj url_subs.obj nrand.obj
  39         $(CL) $(LFLAGS) -efasty34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_fy.obj drop_fz.obj faatran.obj getseq.obj  @fasta3.rsp -lm
  40
  41 tfastx34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_tfx.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj scaleswn.obj karlin.obj tdropfx.obj c_dispn.obj lib_sel.obj faatran.obj url_subs.obj nrand.obj
  42         $(CL) $(LFLAGS) -etfastx34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_tfx.obj tdropfx.obj faatran.obj getseq.obj @fasta3.rsp -lm
  43
  44 tfasty34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_tfy.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj scaleswn.obj karlin.obj tdropfz.obj c_dispn.obj lib_sel.obj faatran.obj url_subs.obj nrand.obj
  45         $(CL) $(LFLAGS) -etfasty34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_tfy.obj tdropfz.obj faatran.obj getseq.obj @fasta3.rsp -lm
  46
  47 ssearch34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_sw.obj scaleswn.obj karlin.obj dropgsw.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj url_subs.obj nrand.obj pssm_asn_subs.obj
  48         $(CL) $(LFLAGS) -essearch34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_sw.obj dropgsw.obj getseq.obj pssm_asn_subs.obj @fasta3.rsp -lm
  49
  50 fasts34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_fs.obj dropfs2.obj scaleswt.obj karlin.obj tatsta_s.obj last_tat.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj url_subs.obj nrand.obj getopt.obj
  51         $(CL) $(LFLAGS) -efasts34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_fs.obj dropfs2.obj getseq.obj @fasts3.rsp -lm
  52
  53 tfasts34.exe : comp_lib.obj compacc.obj showbest.obj showalig.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_tfs.obj droptfs2.obj scaleswt.obj karlin.obj tatsttfs.obj last_tat.obj getseq.obj lgetlib.obj regetlib.obj ncbl2_lib.obj c_dispn.obj lib_sel.obj url_subs.obj nrand.obj faatran.obj getopt.obj
  54         $(CL) $(LFLAGS) -etfasts34.exe comp_lib.obj showalig.obj init_tfs.obj droptfs2.obj getseq.obj faatran.obj @tfasts3.rsp -lm
  55
  56 prss34.exe : rcomplib.obj compacc.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_rss.obj scaleswn.obj karlin.obj dropgsw.obj llgetaa.obj showrss.obj lib_sel.obj nrand.obj getopt.obj pssm_asn_subs.obj
  57         $(CL) $(LFLAGS) -eprss34.exe rcomplib.obj init_rss.obj dropgsw.obj llgetaa.obj nrand.obj @prss3.rsp -lm
  58
  59 prfx34.exe : rcomplib.obj compacc.obj htime.obj apam.obj doinit.obj init_rfx.obj scaleswn.obj karlin.obj drop_fx.obj llgetaa.obj faatran.obj showrss.obj lib_sel.obj nrand.obj getopt.obj
  60         $(CL) $(LFLAGS) -eprfx34.exe rcomplib.obj init_rfx.obj drop_fx.obj faatran.obj llgetaa.obj  nrand.obj @prss3.rsp -lm
  61
  62 comp_lib.obj : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h
  63         $(CC) $(CFLAGS) -DPGM_DOC -ocomp_lib.obj -c comp_lib.c
  64
  65 rcomplib.obj : comp_lib.c mw.h structs.h defs.h param.h
  66         $(CC) $(CFLAGS) -DPRSS -orcomplib.obj -c comp_lib.c
  67
  68 htime.obj : htime.c
  69         $(CC) $(CFLAGS) -c htime.c
  70
  71 hxgetaa.obj : hxgetaa.c altlib.h upam.h uascii.h
  72         $(CC) $(CFLAGS) -c hxgetaa.c
  73
  74 init_sw.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  75         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DSSEARCH -oinit_sw.obj initfa.c
  76
  77 init_ssw.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  78         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DOSEARCH -oinit_ssw.obj initfa.c
  79
  80 init_rss.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  81         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DPRSS -oinit_rss.obj initfa.c
  82
  83 init_rfx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  84         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DPRFX -oinit_rfx.obj initfa.c
  85
  86 init_fa.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  87         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA -oinit_fa.obj initfa.c
  88
  89 init_ff.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  90         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -oinit_ff.obj initfa.c
  91
  92 init_tf.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  93         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTF -DTFAST -oinit_tf.obj initfa.c
  94
  95 init_fs.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  96         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS -oinit_fs.obj initfa.c
  97
  98 init_fm.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
  99         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM -oinit_fm.obj initfa.c
 100
 101 init_tfs.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
 102         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTS -DTFAST  -oinit_tfs.obj initfa.c
 103
 104 init_tfm.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
 105         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTM -DTFAST  -oinit_tfm.obj initfa.c
 106
 107 init_tfa.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
 108         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTA -DTFAST -oinit_tfa.obj initfa.c
 109
 110 init_fx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
 111         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX -oinit_fx.obj initfa.c
 112
 113 init_tfx.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
 114         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTX -DTFAST -oinit_tfx.obj initfa.c
 115
 116 init_fy.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
 117         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY -oinit_fy.obj initfa.c
 118
 119 init_tfy.obj : initfa.c defs.h param.h upam.h structs.h
 120         $(CC) $(THR_CC) $(CFLAGS) -c -DFASTY -DTFAST -oinit_tfy.obj initfa.c
 121
 122 doinit.obj : doinit.c defs.h param.h upam.h structs.h
 123         $(CC) $(CFLAGS) -c doinit.c
 124
 125 compacc.obj : compacc.c upam.h uascii.h param.h structs.h mw.h defs.h
 126         $(CC) $(CFLAGS) -c compacc.c
 127
 128 showbest.obj : mshowbest.c mw.h defs.h param.h structs.h mm_file.h
 129         $(CC) $(CFLAGS) -oshowbest.obj -c mshowbest.c
 130
 131 showrss.obj : showrss.c mw.h defs.h param.h structs.h
 132         $(CC) $(CFLAGS) -c showrss.c
 133
 134 showalig.obj : mshowalign.c mw.h defs.h structs.h param.h
 135         $(CC) $(CFLAGS) -oshowalig.obj -c mshowalign.c
 136
 137 c_dispn.obj : c_dispn.c defs.h structs.h param.h
 138         $(CC) $(CFLAGS) -c c_dispn.c
 139
 140 lib_sel.obj : lib_sel.c defs.h structs.h
 141         $(CC) $(CFLAGS) -c lib_sel.c
 142
 143 scaleswn.obj : scaleswn.c defs.h mw.h alt_parms.h
 144         $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswn.c
 145
 146 scaleswt.obj : scaleswt.c defs.h mw.h alt_parms.h
 147         $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswt.c
 148
 149 tatsta_s.obj : tatstats.c defs.h mw.h alt_parms.h tatstats.h
 150         $(CC) $(CFLAGS) -DFASTS -otatsta_s.obj -c tatstats.c
 151
 152 tatsttfs.obj : tatstats.c defs.h mw.h alt_parms.h tatstats.h
 153         $(CC) $(CFLAGS) -DTFAST -DFASTS -otatsttfs.obj -c tatstats.c
 154
 155 karlin.obj : karlin.c param.h
 156         $(CC) $(CFLAGS) -c karlin.c
 157
 158 scaleswg.obj : scaleswg.c defs.h mw.h alt_parms.h
 159         $(CC) $(CFLAGS) -c scaleswg.c
 160
 161 drop_nfa.obj : dropnfa.c param.h defs.h
 162         $(CC) $(CFLAGS) -odrop_nfa.obj -c dropnfa.c
 163
 164 drop_ff.obj : dropffa.c mw.h param.h defs.h
 165         $(CC) $(CFLAGS) -odrop_ff.obj -c dropffa.c
 166
 167 drop_tff.obj : dropffa.c mw.h param.h defs.h
 168         $(CC) $(CFLAGS) -DTFAST -odrop_tff.obj -c dropffa.c
 169
 170 drop_fx.obj : dropfx.c mw.h upam.h param.h defs.h
 171         $(CC) $(CFLAGS) -DFASTX -odrop_fx.obj -c dropfx.c
 172
 173 dropfs2.obj : dropfs2.c mw.h upam.h param.h defs.h tatstats.h
 174         $(CC) $(CFLAGS) -DFASTS  -c dropfs2.c
 175
 176 droptfs2.obj : dropfs2.c mw.h upam.h param.h defs.h tatstats.h
 177         $(CC) $(CFLAGS) -DTFAST -DFASTS -c -odroptfs2.obj dropfs2.c
 178
 179 tdropfx.obj : dropfx.c mw.h upam.h param.h defs.h
 180         $(CC) $(CFLAGS) -DTFAST -otdropfx.obj -c dropfx.c
 181
 182 drop_fz.obj : dropfz2.c mw.h upam.h param.h defs.h aamap.h
 183         $(CC) $(CFLAGS) -odrop_fz.obj -c dropfz2.c
 184
 185 tdropfz.obj : dropfz2.c mw.h upam.h param.h defs.h aamap.h
 186         $(CC) $(CFLAGS) -DTFAST -otdropfz.obj -c dropfz2.c
 187
 188 dropnsw.obj : dropnsw.c mw.h upam.h param.h structs.h
 189         $(CC) $(CFLAGS) -c dropnsw.c
 190
 191 dropgsw.obj : dropgsw.c mw.h upam.h param.h structs.h
 192         $(CC) $(CFLAGS) -c dropgsw.c
 193
 194 dropnw.obj : dropnw.c mw.h upam.h param.h structs.h
 195         $(CC) $(CFLAGS) -c dropnw.c
 196
 197 llgetaa.obj : llgetaa.c altlib.h upam.h uascii.h
 198         $(CC) $(CFLAGS) -DNOLIB -c llgetaa.c
 199
 200 lgetlib.obj : nmgetlib.c altlib.h upam.h uascii.h
 201         $(CC) $(CFLAGS) -olgetlib.obj  -c nmgetlib.c
 202
 203 regetlib.obj : re_getlib.c mw.h mm_file.h
 204         $(CC) $(CFLAGS) -oregetlib.obj -c re_getlib.c
 205
 206 getseq.obj : getseq.c defs.h uascii.h structs.h upam.h
 207         $(CC) $(CFLAGS) -c getseq.c
 208
 209 ncbl_lib.obj : ncbl_lib.c ncbl_head.h
 210         $(CC) $(CFLAGS) -c ncbl_lib.c
 211
 212 ncbl2_lib.obj : ncbl2_mlib.c ncbl2_head.h
 213         $(CC) $(CFLAGS) -c ncbl2_mlib.c
 214
 215 faatran.obj : faatran.c upam.h uascii.h
 216         $(CC) $(CFLAGS) -c faatran.c
 217
 218 url_subs.obj : url_subs.c structs.h param.h
 219         $(CC) $(CFLAGS) -c url_subs.c
 220
 221 nrand48.obj : nrand48.c
 222         $(CC) $(CFLAGS) -c nrand48.c
 223
 224 nrand.obj : nrand.c
 225         $(CC) $(CFLAGS) -c nrand.c
 226
 227 getopt.obj : getopt.c
 228         $(CC) $(CFLAGS) -c getopt.c