website/archive/binaries/mac/src/fasta34/Makefile34.common

   1 #
   2 # $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: Makefile34.common,v 1.9 2004/02/19 18:29:43 wrp Exp $
   3 #
   4 # commands common to all architectures
   5 # if your architecture does not support "include", append at the end.
   6 #
   7
   8 # use for "normal" fasta34(_t) programs - only one query
   9 # COMP_LIBO=comp_lib.o
  10 # COMP_THRO=comp_thr.o
  11 # GETSEQO = getseq.o
  12
  13 # use for multiple query sequences
  14 # work with prss34 (yet)
  15 COMP_LIBO=comp_mlib.o
  16 COMP_THRO=comp_mthr.o
  17 GETSEQO =
  18
  19 # standard nxgetaa, no memory mapping for 0 - 6
  20 LGETLIB=getseq.o lgetlib.o
  21 NGETLIB=nmgetlib
  22
  23 # memory mapping for 0FASTA, 5PIRVMS, 6GCGBIN
  24 LGETLIB=getseq.o lgetlib.o lgetaa_m.o
  25 NGETLIB=nmgetlib
  26
  27 NRAND=nrandom
  28
  29 # use ncbl_lib.c for BLAST1.4 support instead of ncbl2_mlib.c
  30 #NCBL_LIB=ncbl_lib.o
  31
  32 # this option should support both formats (BLAST1.4 not currently supported):
  33 #NCBL_LIB=ncbl_lib.o ncbl2_mlib.o
  34
  35 # normally use ncbl2_mlib.c
  36 #NCBL_LIB=ncbl2_mlib.o
  37 #LIB_M= -lm
  38
  39 # this option supports NCBI BLAST2 and mySQL
  40 # it requires  "-I/usr/local/include/mysql -DMYSQL_DB" in CFLAGS
  41 # and "-L/usr/local/lib/mysql -lmysqlclient -lz" in LIB_M
  42 # some systems may also require a LD_LIBRARY_PATH change
  43 #LIB_M= -L/usr/local/lib/mysql -lmysqlclient -lz -lm
  44 LIB_M= -lm
  45 #NCBL_LIB=ncbl2_mlib.o mysql_lib.o
  46 NCBL_LIB=ncbl2_mlib.o
  47
  48 include Makefile.pcom
  49
  50 include Makefile.fcom