website/archive/binaries/mac/src/fasta34/drop_func.h

   1 /* drop_func.h */
   2
   3 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: drop_func.h,v 1.7 2006/05/31 15:31:45 wrp Exp $ */
   4
   5 /* functions provided by each of the drop files */
   6
   7 /* Copyright (c) 2005 William R. Pearson and the University of Virginia */
   8
   9
  10 void    /* initializes f_struct **f_arg */
  11 init_work (unsigned char *aa0, int n0,
  12            struct pstruct *ppst,
  13 #ifndef DROP_INTERN
  14            void **f_arg
  15 #else
  16            struct f_struct **f_arg
  17 #endif
  18 );
  19
  20
  21 void    /* frees memory allocated in f_struct */
  22 close_work (const unsigned char *aa0, int n0,
  23             struct pstruct *ppst,
  24 #ifndef DROP_INTERN
  25            void **f_arg
  26 #else
  27            struct f_struct **f_arg
  28 #endif
  29 );
  30
  31 void    /* documents search function, parameters */
  32 get_param (struct pstruct *pstr, char *pstring1, char *pstring2);
  33
  34 void    /* calculates alignment score(s), returns them in rst */
  35 do_work (const unsigned char *aa0, int n0,
  36          const unsigned char *aa1, int n1,
  37          int frame,
  38          struct pstruct *ppst,
  39 #ifndef DROP_INTERN
  40          void *f_arg,
  41 #else
  42          struct f_struct *f_arg,
  43 #endif
  44          int qr_flg, struct rstruct *rst);
  45
  46 void    /* calculates optimal alignment score */
  47 do_opt (const unsigned char *aa0, int n0,
  48         const unsigned char *aa1, int n1,
  49         int frame,
  50         struct pstruct *ppst,
  51 #ifndef DROP_INTERN
  52         void *f_arg,
  53 #else
  54         struct f_struct *f_arg,
  55 #endif
  56         struct rstruct *rst
  57         );
  58
  59 int     /* produces encoding of alignment */
  60 do_walign (const unsigned char *aa0, int n0,
  61            const unsigned char *aa1, int n1,
  62            int frame,
  63            struct pstruct *ppst,
  64 #ifndef DROP_INTERN
  65            void *f_arg,
  66 #else
  67            struct f_struct *f_arg,
  68 #endif
  69            struct a_res_str *a_res,
  70            int *have_ares);
  71
  72 void
  73 pre_cons(const unsigned char *aa, int n, int frame,
  74 #ifndef DROP_INTERN
  75            void *f_arg
  76 #else
  77            struct f_struct *f_arg
  78 #endif
  79         );
  80
  81 void
  82 aln_func_vals(int frame, struct a_struct *aln);
  83
  84 int     /* takes aa0, aa1, a_res, and produces seqc0, seqc1 */
  85 calcons(const unsigned char *aa0, int n0,
  86         const unsigned char *aa1, int n1,
  87         int *nc,
  88         struct a_struct *aln,           /* seqc0/seqc1 coordinates */
  89         struct a_res_str a_res,         /* aa0,aa1, coord, inc. res, nres */
  90         struct pstruct pst,
  91         char *seqc0, char *seqc1, char *seqca,
  92 #ifndef DROP_INTERN
  93         void *f_arg
  94 #else
  95         struct f_struct *f_arg
  96 #endif
  97         );
  98
  99 /* calcons_a - takes aa0, aa1, a_res, and produces seqc0, seqc1,
 100  *             and seqc0a, seqc1a - the annotated sequences
 101  */
 102 int
 103 calcons_a(const unsigned char *aa0, unsigned char *aa0a, int n0,
 104           const unsigned char *aa1, int n1,
 105           int *nc,
 106           struct a_struct *aln,
 107           struct a_res_str a_res,
 108           struct pstruct pst,
 109           char *seqc0, char *seqc0a, char *seqc1, char *seqca,
 110           char *ann_arr,
 111 #ifndef DROP_INTERN
 112           void *f_arg
 113 #else
 114           struct f_struct *f_arg
 115 #endif
 116           );
 117
 118 int     /* returns lenc - length of aligment */
 119 calc_code(const unsigned char *aa0, int n0,
 120           const unsigned char *aa1, int n1,
 121           struct a_struct *aln,
 122           struct a_res_str a_res,
 123           struct pstruct pst,
 124           char *al_str, int al_str_n,
 125 #ifndef DROP_INTERN
 126           void *f_arg
 127 #else
 128           struct f_struct *f_arg
 129 #endif
 130           );
 131
 132 int     /* returns lenc - length of alignment */
 133 calc_id(const unsigned char *aa0, int n0,
 134         const unsigned char *aa1, int n1,
 135         struct a_struct *aln,
 136         struct a_res_str a_res,
 137         struct pstruct pst,
 138 #ifndef DROP_INTERN
 139         void *f_arg
 140 #else
 141         struct f_struct *f_arg
 142 #endif
 143         );