website/archive/binaries/mac/src/fasta34/map_db.1

   1 .TH MAP_DB "September, 1999"
   2 .SH NAME
   3 .B map_db
   4 \- read a FASTA (0), GENBANK flat file (1) PIR/VMS (5) or GCG binary
   5 (6) sequence database and produce the offsets necessary for efficient
   6 memory mapping.
   7 .SH SYNOPSIS
   8 .B map_db
   9 [-n] filename | "filename libtype"
  10 .SH DESCRIPTION
  11 .B map_db
  12 .I filename
  13 reads the sequence database in
  14 .I filename
  15 and produce a new file
  16 .I filename.xin
  17 with the offset information necessary for efficient memory mapping.
  18 .LP
  19 The programs in fasta version 32t08 can use memory mapped i/o to load
  20 sequence database files and read them efficiently.  Memory mapping is
  21 used only if a "\c
  22 .I .xin\c
  23 \&" file is available.  The "\c
  24 .I .xin\c
  25 \&" file is created by
  26 .B map_db\c
  27 \&.
  28 .LP
  29 In addition to
  30 .B map_db\c
  31 \&,
  32 .B list_db
  33 is available to display the database size, etc, and set of offsets calculated
  34 by
  35 .B map_db\c
  36 \&.
  37 .SH OPTIONS
  38 .TP
  39 \-n
  40 Read file as DNA database.
  41 .SH BUGS
  42 .SH AUTHOR
  43 Bill Pearson
  44 .br
  45 wrp@virginia.EDU