website/archive/binaries/mac/src/fasta34/ncbl2_head.h

   1 /* ncbl_head.h  header files for blast1.3 format */
   2
   3 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: ncbl2_head.h,v 1.3 2006/05/18 19:04:25 wrp Exp $ */
   4
   5 #define AMINO_ACID_SEQTYPE      1
   6 #define AA_SEQTYPE      AMINO_ACID_SEQTYPE
   7 #define AAFORMAT        AA_SEQTYPE
   8
   9 #define NUCLEIC_ACID_SEQTYPE    0
  10 #define NT_SEQTYPE      NUCLEIC_ACID_SEQTYPE
  11 #define NTFORMAT        NT_SEQTYPE
  12
  13 /* Filename extensions used by the two types of databases (a.a. and nt.) */
  14 #define AA_LIST_EXT     "pal"
  15 #define AA_HEADER_EXT   "phr"
  16 #define AA_INDEX_EXT    "pin"
  17 #define AA_SEARCHSEQ_EXT        "psq"
  18
  19 #define NT_LIST_EXT     "nal"
  20 #define NT_HEADER_EXT   "nhr"
  21 #define NT_INDEX_EXT    "nin"
  22 #define NT_SEARCHSEQ_EXT        "nsq"
  23
  24 #define FORMATDBV3      3       /* formatdb version */
  25 #define FORMATDBV4      4       /* formatdb version */
  26
  27 #define NULLB           '\0'    /* sentinel byte */
  28
  29 #ifndef CHAR_BIT
  30 #define CHAR_BIT        8       /* these values should match blast */
  31 #endif
  32
  33 #define NBPN            2
  34 #define NSENTINELS      2