website/archive/binaries/mac/src/fasta34/param.h

   1 /* $Name: fa_34_26_5 $ - $Id: param.h,v 1.41 2007/04/26 18:37:19 wrp Exp $ */
   2
   3
   4 #ifndef P_STRUCT
   5 #define P_STRUCT
   6
   7 #define MAXSQ 50
   8
   9
  10 /* Concurrent read version */
  11
  12 struct fastr {
  13   int ktup;
  14   int cgap;
  15   int pgap;
  16   int pamfact;
  17   int scfact;
  18   int bestoff;
  19   int bestscale;
  20   int bkfact;
  21   int bktup;
  22   int bestmax;
  23   int altflag;
  24   int optflag;
  25   int iniflag;
  26   int optcut;
  27   int optcut_set;
  28   int optwid;
  29 };
  30
  31 struct prostr {
  32     int gopen;
  33     int gextend;
  34     int width;
  35 };
  36
  37 struct pstruct          /* parameters */
  38 {
  39   int n0;       /* length of query sequence, used for statistics */
  40   int gdelval;  /* value gap open (-10) */
  41   int ggapval;  /* value for additional residues in gap (-2) */
  42   int gshift;   /* frameshift for fastx, fasty */
  43   int gsubs;    /* nt substitution in fasty */
  44   int p_d_mat;  /* dna match penalty */
  45   int p_d_mis;  /* dna mismatch penalty */
  46   int p_d_set;  /* using match/mismatch */
  47   int score_ix; /* index to sorted score */
  48   int zsflag;   /* use scalebest() */
  49   int zsflag_f; /* use scalebest() */
  50   int zs_win;
  51   int histint;          /* histogram interval */
  52   char sq[MAXSQ+1];
  53   int hsq[MAXSQ+1];
  54   int nsq;              /* length of normal sq */
  55   int ext_sq_set;       /* flag for using extended alphabet */
  56   char sqx[MAXSQ];
  57   int hsqx[MAXSQ+1];
  58   int c_nt[MAXSQ+1];
  59   int nsqx;     /* length of extended sq */
  60   int dnaseq;   /* -1 = not set (protein); 0 = protein; 1 = DNA; 2 = other, 3 RNA */
  61   int nt_align; /* DNA/RNA alignment = 1 */
  62   int debug_lib;
  63   int tr_type;  /* codon table */
  64   int sw_flag;
  65   char pamfile[120];    /* pam file type */
  66   char pgpfile[120];
  67   int pgpfile_type;
  68   float pamscale;
  69   int pam_pssm;
  70   int pam_set;
  71   int have_pam2;
  72   int **pam2[2];
  73   int **pam2p[2];
  74   int pamoff;   /* offset for pam values */
  75   int pam_l, pam_h, pam_xx, pam_xm;     /* lowest, highest pam value */
  76   int pam_x_set;
  77   int pam_ms;           /* use a Mass Spec pam matrix */
  78   int maxlen;
  79   long zdb_size; /* force database size */
  80   int pgm_id;
  81   union {
  82     struct fastr fa;
  83     struct prostr pr;
  84   } param_u;
  85   int pseudocts;
  86   int shuff_node;
  87 };
  88
  89 /* Result structure - do not remove */
  90 struct rstruct
  91 {
  92   int score[3];
  93   double comp;
  94   double H;
  95   double escore;
  96   int segnum;
  97   int seglen;
  98 };
  99
 100 #ifndef PCOMPLIB
 101 struct thr_str {
 102   int worker;
 103   void *status;
 104   int max_work_buf;
 105   int qframe;
 106   struct pstruct *ppst;
 107   int qshuffle;
 108   unsigned char *aa0;
 109   int n0;
 110   int nm0;
 111   int max_tot;
 112 };
 113
 114 #include <sys/types.h>
 115
 116 /* this structure passes library sequences to the worker threads
 117    and returns scores */
 118
 119 struct buf_str {
 120   int n1;
 121   int *n1tot_p;
 122   unsigned char *aa1b;
 123 #ifndef USE_FSEEKO
 124   long lseek;
 125 #else
 126   off_t lseek;
 127 #endif
 128   struct lmf_str *m_file_p;
 129   int cont;
 130   int qframe;
 131   int frame;
 132   int nsfnum;
 133   int sfnum[10];
 134   char libstr[20];      /* set to MAX_UID */
 135   struct rstruct rst;
 136   int r_score, qr_score;
 137   double r_escore, qr_escore;
 138 };
 139
 140 struct buf_head {
 141   int buf_cnt;
 142   int have_results;
 143   unsigned char *start;
 144   struct buf_str *buf;
 145 };
 146
 147 #endif
 148
 149 #endif  /* PSTRUCT */
 150
 151 #include "aln_structs.h"