website/archive/binaries/mac/src/muscle/diaglist.h

   1 #ifndef diaglist_h\r
   2 #define diaglist_h\r
   3 \r
   4 const unsigned EMPTY = (unsigned) ~0;\r
   5 const unsigned MAX_DIAGS = 1024;\r
   6 \r
   7 struct Diag\r
   8         {\r
   9         unsigned m_uStartPosA;\r
  10         unsigned m_uStartPosB;\r
  11         unsigned m_uLength;\r
  12         };\r
  13 \r
  14 struct Rect\r
  15         {\r
  16         unsigned m_uStartPosA;\r
  17         unsigned m_uStartPosB;\r
  18         unsigned m_uLengthA;\r
  19         unsigned m_uLengthB;\r
  20         };\r
  21 \r
  22 class DiagList\r
  23         {\r
  24 public:\r
  25         DiagList()\r
  26                 {\r
  27                 m_uCount = 0;\r
  28                 }\r
  29         ~DiagList()\r
  30                 {\r
  31                 Free();\r
  32                 }\r
  33 \r
  34 public:\r
  35 // Creation\r
  36         void Clear()\r
  37                 {\r
  38                 Free();\r
  39                 }\r
  40         void FromPath(const PWPath &Path);\r
  41         void Add(const Diag &d);\r
  42         void Add(unsigned uStartPosA, unsigned uStartPosB, unsigned uLength);\r
  43         void DeleteIncompatible();\r
  44 \r
  45 // Accessors\r
  46         unsigned GetCount() const\r
  47                 {\r
  48                 return m_uCount;\r
  49                 }\r
  50         const Diag &Get(unsigned uIndex) const;\r
  51 \r
  52 // Operations\r
  53         void Sort();\r
  54         void Copy(const DiagList &DL);\r
  55 \r
  56 // Query\r
  57         // returns true iff given diagonal is included in the list\r
  58         // in whole or in part.\r
  59         bool NonZeroIntersection(const Diag &d) const;\r
  60         bool IsSorted() const;\r
  61 \r
  62 // Diagnostics\r
  63         void LogMe() const;\r
  64 \r
  65 private:\r
  66         void Free()\r
  67                 {\r
  68                 m_uCount = 0;\r
  69                 }\r
  70 \r
  71 private:\r
  72         unsigned m_uCount;\r
  73         Diag m_Diags[MAX_DIAGS];\r
  74         };\r
  75 \r
  76 unsigned DiagOverlap(const Diag &d1, const Diag &d2);\r
  77 unsigned DiagOverlapA(const Diag &d1, const Diag &d2);\r
  78 unsigned DiagOverlapB(const Diag &d1, const Diag &d2);\r
  79 unsigned DiagBreak(const Diag &d1, const Diag &d2);\r
  80 bool DiagCompatible(const Diag &d1, const Diag &d2);\r
  81 void CheckDiags(const ProfPos *PA, unsigned uLengthA, const ProfPos *PB,\r
  82   unsigned uLengthB, const MSA &msaA, const MSA &msaB, const PWPath &Path);\r
  83 void FindDiags(const ProfPos *PX, unsigned uLengthX, const ProfPos *PY,\r
  84   unsigned uLengthY, DiagList &DL);\r
  85 void FindDiagsNuc(const ProfPos *PX, unsigned uLengthX, const ProfPos *PY,\r
  86   unsigned uLengthY, DiagList &DL);\r
  87 void MergeDiags(DiagList &DL);\r
  88 \r
  89 #endif // diaglist_h\r