website/archive/binaries/mac/src/muscle/local.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 #include "textfile.h"\r
   3 #include "msa.h"\r
   4 #include "profile.h"\r
   5 #include "pwpath.h"\r
   6 #include "tree.h"\r
   7 \r
   8 #define TRACE   0\r
   9 \r
  10 static void MSAFromFileName(const char *FileName, MSA &a)\r
  11         {\r
  12         TextFile File(FileName);\r
  13         a.FromFile(File);\r
  14         }\r
  15 \r
  16 static ProfPos *ProfileFromMSALocal(MSA &msa, Tree &tree)\r
  17         {\r
  18         const unsigned uSeqCount = msa.GetSeqCount();\r
  19         for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < uSeqCount; ++uSeqIndex)\r
  20                 msa.SetSeqId(uSeqIndex, uSeqIndex);\r
  21 \r
  22         TreeFromMSA(msa, tree, g_Cluster1, g_Distance1, g_Root1);\r
  23         SetMuscleTree(tree);\r
  24         return ProfileFromMSA(msa);\r
  25         }\r
  26 \r
  27 void Local()\r
  28         {\r
  29         if (0 == g_pstrFileName1 || 0 == g_pstrFileName2)\r
  30                 Quit("Must specify both -in1 and -in2 for -sw");\r
  31 \r
  32         SetSeqWeightMethod(g_SeqWeight1);\r
  33 \r
  34         MSA msa1;\r
  35         MSA msa2;\r
  36 \r
  37         MSAFromFileName(g_pstrFileName1, msa1);\r
  38         MSAFromFileName(g_pstrFileName2, msa2);\r
  39 \r
  40         ALPHA Alpha = ALPHA_Undefined;\r
  41         switch (g_SeqType)\r
  42                 {\r
  43         case SEQTYPE_Auto:\r
  44                 Alpha = msa1.GuessAlpha();\r
  45                 break;\r
  46 \r
  47         case SEQTYPE_Protein:\r
  48                 Alpha = ALPHA_Amino;\r
  49                 break;\r
  50 \r
  51         case SEQTYPE_DNA:\r
  52                 Alpha = ALPHA_DNA;\r
  53                 break;\r
  54 \r
  55         case SEQTYPE_RNA:\r
  56                 Alpha = ALPHA_RNA;\r
  57                 break;\r
  58 \r
  59         default:\r
  60                 Quit("Invalid SeqType");\r
  61                 }\r
  62         SetAlpha(Alpha);\r
  63 \r
  64         msa1.FixAlpha();\r
  65         msa2.FixAlpha();\r
  66 \r
  67         if (ALPHA_DNA == Alpha || ALPHA_RNA == Alpha)\r
  68                 SetPPScore(PPSCORE_SPN);\r
  69 \r
  70         const unsigned uSeqCount1 = msa1.GetSeqCount();\r
  71         const unsigned uSeqCount2 = msa2.GetSeqCount();\r
  72         const unsigned uMaxSeqCount = (uSeqCount1 > uSeqCount2 ? uSeqCount1 : uSeqCount2);\r
  73         MSA::SetIdCount(uMaxSeqCount);\r
  74 \r
  75         unsigned uLength1 = msa1.GetColCount();\r
  76         unsigned uLength2 = msa2.GetColCount();\r
  77 \r
  78         Tree tree1;\r
  79         Tree tree2;\r
  80 \r
  81         ProfPos *Prof1 = ProfileFromMSALocal(msa1, tree1);\r
  82         ProfPos *Prof2 = ProfileFromMSALocal(msa2, tree2);\r
  83 \r
  84         PWPath Path;\r
  85         SW(Prof1, uLength1, Prof2, uLength2, Path);\r
  86 \r
  87 #if     TRACE\r
  88         Path.LogMe();\r
  89 #endif\r
  90 \r
  91         MSA msaOut;\r
  92         AlignTwoMSAsGivenPathSW(Path, msa1, msa2, msaOut);\r
  93 \r
  94 #if     TRACE\r
  95         msaOut.LogMe();\r
  96 #endif\r
  97 \r
  98         TextFile fileOut(g_pstrOutFileName, true);\r
  99         msaOut.ToFile(fileOut);\r
 100         }\r