website/archive/binaries/mac/src/muscle/msadistmafft.h

   1 #ifndef MSADistMAFFT_h\r
   2 #define MSADistMAFFT_h\r
   3 \r
   4 #include "msadist.h"\r
   5 #include <math.h>\r
   6 \r
   7 extern double PctIdToMAFFTDist(double dPctId);\r
   8 \r
   9 class MSADistMAFFT : public MSADist\r
  10         {\r
  11 public:\r
  12         virtual double ComputeDist(const MSA &msa, unsigned uSeqIndex1,\r
  13           unsigned uSeqIndex2)\r
  14                 {\r
  15                 double dPctId = msa.GetPctIdentityPair(uSeqIndex1, uSeqIndex2);\r
  16                 //if (dPctId < 0.05)\r
  17                 //      dPctId = 0.05;\r
  18                 //double dDist = -log(dPctId);\r
  19                 //return dDist;\r
  20                 return PctIdToMAFFTDist(dPctId);\r
  21                 }\r
  22         };\r
  23 \r
  24 #endif  // MSADistMAFFT_h\r