website/archive/binaries/mac/src/muscle/msf.cpp

   1 #include "muscle.h"\r
   2 #include <stdio.h>\r
   3 #include <ctype.h>\r
   4 #include "msa.h"\r
   5 #include "textfile.h"\r
   6 \r
   7 const int MAX_NAME = 63;\r
   8 \r
   9 const unsigned uCharsPerLine = 50;\r
  10 const unsigned uCharsPerBlock = 10;\r
  11 \r
  12 // Truncate at first white space or MAX_NAME, whichever comes\r
  13 // first, then pad with blanks up to PadLength.\r
  14 static const char *GetPaddedName(const char *Name, int PadLength)\r
  15         {\r
  16         static char PaddedName[MAX_NAME+1];\r
  17         memset(PaddedName, ' ', MAX_NAME);\r
  18         size_t n = strcspn(Name, " \t");\r
  19         memcpy(PaddedName, Name, n);\r
  20         PaddedName[PadLength] = 0;\r
  21         return PaddedName;\r
  22         }\r
  23 \r
  24 static const char *strfind(const char *s, const char *t)\r
  25         {\r
  26         size_t n = strcspn(s, t);\r
  27         if (0 == n)\r
  28                 return 0;\r
  29         return s + n;\r
  30         }\r
  31 \r
  32 // GCG checksum code kindly provided by Eric Martel.\r
  33 unsigned MSA::GetGCGCheckSum(unsigned uSeqIndex) const\r
  34         {\r
  35         unsigned CheckSum = 0;\r
  36         const unsigned uColCount = GetColCount();\r
  37         for (unsigned uColIndex = 0; uColIndex < uColCount; ++uColIndex)\r
  38                 {\r
  39                 unsigned c = (unsigned) GetChar(uSeqIndex, uColIndex);\r
  40                 CheckSum += c*(uColIndex%57 + 1);\r
  41                 CheckSum %= 10000;              \r
  42                 }\r
  43         return CheckSum;\r
  44         }\r
  45 \r
  46 static void MSFFixGaps(MSA &a)\r
  47         {\r
  48         const int SeqCount = a.GetSeqCount();\r
  49         const int ColCount = a.GetColCount();\r
  50         for (int SeqIndex = 0; SeqIndex < SeqCount; ++SeqIndex)\r
  51                 {\r
  52                 for (int ColIndex = 0; ColIndex < ColCount; ++ColIndex)\r
  53                         if (a.IsGap(SeqIndex, ColIndex))\r
  54                                 a.SetChar(SeqIndex, ColIndex, '.');\r
  55                 }\r
  56         }\r
  57 \r
  58 void MSA::ToMSFFile(TextFile &File, const char *ptrComment) const\r
  59         {\r
  60 // Cast away const, yuck\r
  61         SetMSAWeightsMuscle((MSA &) *this);\r
  62         MSFFixGaps((MSA &) *this);\r
  63 \r
  64         File.PutString("PileUp\n");\r
  65         \r
  66         if (0 != ptrComment)\r
  67                 File.PutFormat("Comment: %s\n", ptrComment);\r
  68         else\r
  69                 File.PutString("\n");\r
  70 \r
  71         char seqtype = (g_Alpha == ALPHA_DNA || g_Alpha == ALPHA_RNA) ? 'N' : 'A';\r
  72         File.PutFormat("  MSF: %u  Type: %c  Check: 0000  ..\n\n",\r
  73           GetColCount(), seqtype);\r
  74 \r
  75         int iLongestNameLength = 0;\r
  76         for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < GetSeqCount(); ++uSeqIndex)\r
  77                 {\r
  78                 const char *Name = GetSeqName(uSeqIndex);\r
  79                 const char *PaddedName = GetPaddedName(Name, MAX_NAME);\r
  80                 int iLength = (int) strcspn(PaddedName, " \t");\r
  81                 if (iLength > iLongestNameLength)\r
  82                         iLongestNameLength = iLength;\r
  83                 }\r
  84                 \r
  85         for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < GetSeqCount(); ++uSeqIndex)\r
  86                 {\r
  87                 const char *Name = GetSeqName(uSeqIndex);\r
  88                 const char *PaddedName = GetPaddedName(Name, iLongestNameLength);\r
  89                 File.PutFormat(" Name: %s", PaddedName);\r
  90                 File.PutFormat("  Len: %u  Check: %5u  Weight: %g\n",\r
  91                   GetColCount(), GetGCGCheckSum(uSeqIndex), GetSeqWeight(uSeqIndex));\r
  92                 }\r
  93         File.PutString("\n//\n");\r
  94         if (0 == GetColCount())\r
  95                 return;\r
  96 \r
  97         unsigned uLineCount = (GetColCount() - 1)/uCharsPerLine + 1;\r
  98         for (unsigned uLineIndex = 0; uLineIndex < uLineCount; ++uLineIndex)\r
  99                 {\r
 100                 File.PutString("\n");\r
 101                 unsigned uStartColIndex = uLineIndex*uCharsPerLine;\r
 102                 unsigned uEndColIndex = uStartColIndex + uCharsPerLine - 1;\r
 103                 if (uEndColIndex >= GetColCount())\r
 104                         uEndColIndex = GetColCount() - 1;\r
 105                 for (unsigned uSeqIndex = 0; uSeqIndex < GetSeqCount(); ++uSeqIndex)\r
 106                         {\r
 107                         const char *Name = GetSeqName(uSeqIndex);\r
 108                         const char *PaddedName = GetPaddedName(Name, iLongestNameLength);\r
 109                         File.PutFormat("%s   ", PaddedName);\r
 110                         for (unsigned uColIndex = uStartColIndex; uColIndex <= uEndColIndex;\r
 111                           ++uColIndex)\r
 112                                 {\r
 113                                 if (0 == uColIndex%uCharsPerBlock)\r
 114                                         File.PutString(" ");\r
 115                                 char c = GetChar(uSeqIndex, uColIndex);\r
 116                                 File.PutFormat("%c", c);\r
 117                                 }\r
 118                         File.PutString("\n");\r
 119                         }\r
 120                 }\r
 121         }\r