patches from Dundee Tutorial on Feb 2011
authorJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Fri, 4 Mar 2011 14:20:15 +0000 (14:20 +0000)
committerJim Procter <jprocter@issues.jalview.org>
Fri, 4 Mar 2011 14:20:15 +0000 (14:20 +0000)
TheJalviewTutorial.tex

index d3d523d..eab478e 100644 (file)
@@ -97,9 +97,9 @@ Dundee, Scotland DD1 5EH, UK
 
 \vspace{2in}
 
-Manual version 1.2.1
+Manual version 1.2.2
 
-11th October 2010
+4th March 2011
 
 
 \end{center}
@@ -269,10 +269,13 @@ from the Jalview 2.4 manual).
 \exstep{Open the Jalview Desktop's user preferences dialog (from the Tools
 menu), and untick the checkbox adjacent to the 'Open file' entry in the
 'Visual' preferences tab.}
-\exstep{Click OK to save the preferences, then close Jalview and launch it
-again. The example alignment should not be loaded when Jalview starts up.}
-}
-
+\exstep{Click OK to save the preferences, then \em{launch another Jalview
+instance from the web site}. The example alignment should not be
+loaded when the new Jalview instance starts up.}
+{\sl Note: Should you want to reload the example alignment, then select the
+{\em File$\Rightarrow$ From URL} entry from the Desktop menu, and click on the
+URL history button on the right hand side of the dialog box that opens to
+recover the example file's URL, followed by OK, to open the file. } }
 
 \subsection{Getting Help}
 \label{gettinghelp}
@@ -408,9 +411,13 @@ Drag the alignment.fa file from the desktop onto the Jalview window. The alignme
 \exstep{
 Select {\sl File $\Rightarrow$ Fetch Sequence(s).. } from the main menu. Select the {\sl PFAM (seed)} database and enter the accession number PF03460. Click OK. An alignment of about 107 sequences should load.
 }
-\exstep{Open the URL \textsf{http://www.jalview.org/tutorial/alignment.fa}  in a web browser. Select and copy the entire text to the clipboard (usually via the browser's {\sl Edit $\Rightarrow$ Copy} menu option). Ensure Jalview is running and select {\sl File $\Rightarrow$ Input Alignment $\Rightarrow$ From Textbox} . Paste the clipboard into the large window using the {\sl Edit $\Rightarrow$ Paste} text box menu option. Click {\sl Close} and the alignment will be loaded.
-}
-}
+\exstep{Open the URL \textsf{http://www.jalview.org/tutorial/alignment.fa}  in a
+web browser. Select and copy the entire text to the clipboard (usually via the
+browser's {\sl Edit $\Rightarrow$ Copy} menu option). Ensure Jalview is running
+and select {\sl File $\Rightarrow$ Input Alignment $\Rightarrow$ From Textbox} .
+Paste the clipboard into the large window using the {\sl Edit $\Rightarrow$
+Paste} text box menu option. Click {\sl New Window} and the alignment will be
+loaded. } }
 
 \subsection{Memory Limits}
 \label{memorylimits}
@@ -471,9 +478,10 @@ Select {\sl File $\Rightarrow$ Save As} from the alignment window menu. Choose a
 \exstep{ Repeat the previous step trying different file formats.}
 \exstep{Select {\sl File $\Rightarrow$ Output to Textbox $\Rightarrow$ FASTA}. You can select and copy this alignment to the clipboard using the textbox menu options {\sl Edit $\Rightarrow$ Select All} followed by {\sl Edit $\Rightarrow$ Copy}. The alignment can then be pasted into any application of choice, e.g. a word processor or web form.
 }
-\exstep{Ensure at least one alignment window is shown in Jalview. Open the overview window and scroll to any part of the alignment. Select {\sl File $\Rightarrow$ Save Project} from the main menu and save in a suitable place. Close all windows and then load the project via the {\sl File $\Rightarrow$ Save Project} menu option. Note how all the windows and positions  are exactly as they were when they were saved.
-}
-}
+\exstep{Ensure at least one alignment window is shown in Jalview. Open the
+overview window and scroll to any part of the alignment. Select {\sl File
+$\Rightarrow$ Save Project} from the main menu and save in a suitable place.
+Close all windows and then load the project via the {\sl File $\Rightarrow$ Load Project} menu option. Note how all the windows and positions  are exactly as they were when they were saved. } }
 \r\r\section{Selecting and editing sequences}
 \label{selectingandediting} \rJalview makes extensive use of selections - most of the commands available from
 its menus operate on the currently selected region of the alignment, either to
@@ -482,7 +490,7 @@ illustrates how to make and use selections and groups.
 \r\subsection{Selecting parts of an alignment}
 Selections can be of arbitrary regions in an alignment, one or more complete columns, or one or more complete sequences.
  
-A selected region can be copied and pasted as a new alignment using the {\sl Edit $\Rightarrow$ Copy} and {\sl Edit $\Rightarrow$ Paste $\Rightarrow$ As New Alignment}  alignment window menu options.
+A selected region can be copied and pasted as a new alignment using the {\sl Edit $\Rightarrow$ Copy} and {\sl Edit $\Rightarrow$ Paste $\Rightarrow$ New Alignment}  alignment window menu options.
 
 To clear (unselect)  the selection press the [ESC] (escape) key.
 
@@ -522,7 +530,10 @@ selection. }
 
 \subsubsection{Making selections in Cursor mode}
 
-To define a selection in cursor mode, navigate to the top left corner of the proposed selection. Pressing the [Q] key marks this as the corner. A red outline appears around the cursor (Figure \ref{cselect})
+To define a selection in cursor mode (which is enabled by pressing [F2]),
+navigate to the top left corner of the proposed selection (using keystroke
+commands, the arrow keys or the mouse). Pressing the [Q] key marks this as the
+corner. A red outline appears around the cursor (Figure \ref{cselect})
 
 Navigate to the bottom right corner of the proposed selection and press the [M] key. This marks the bottom right corner of the selection. The selection can then be treated in the same way as if it had been created in normal mode.
 
@@ -547,7 +558,14 @@ and rows that are to be hidden, simply select the region that is to be kept
 visible, and then invert the selection.\footnote{It is also possible to hide
 everything but the selected region using the {\sl View $\Rightarrow$ Hide
 $\Rightarrow$ All but selected region } menu entry.}
-\r\r\subsection{Creating groups}\rSelections are lost as soon as a different region is selected. Groups can be created which are labeled regions of the alignment. To create a group, first select the region which is to comprise the group. Then click the right mouse button on the selection to bring up a context menu. Select {\sl Selection $\Rightarrow$ Group $\Rightarrow$ Group} then enter a name for the group in the dialogue box which appears. 
+\r\r\subsection{Creating groups}\rSelections are lost as soon as a different region is selected. Groups can be
+created which are labeled regions of the alignment. To create a group, first
+select the region which is to comprise the group. Then click the right mouse
+button on the selection to bring up a context menu. Select {\sl Selection
+$\Rightarrow$ Group $\Rightarrow$ Edit Group Name}\footnote{In earlier versions
+of Jalview, this entry was variously 'Group' or 'JGroupXXXXX' (Where XXXXX was
+some serial number).} then enter a name for the group in the dialogue box which
+appears.
 
 \begin{figure}
 \begin{center}
@@ -694,14 +712,16 @@ Jalview supports the undoing of edits via the {\sl Edit $\Rightarrow$ Undo Edit}
 % others, to simplify manual alignment construction
 \exercise{Editing alignments}{
 \label{mousealedit}
+% TODO: VERIFY FOR 2.6.1 and 2.7 - NUMBERING/INSTRUCTIONS APPEAR OFF
+
 \exstep{ Load the URL
 \textsf{http://www.jalview.org/tutorial/unaligned.fa} which contains part of the
 ferredoxin alignment from PF03460.
 
  You are going to manually reconstruct the alignment that jalview loads by
- default. Remember to use [CTRL]+Z to undo an edit, or the {\tr File $\LeftArrow$
- Reload } function to revert the alignment back to the original version if you
- want to start again.
+ default. Remember to use [CTRL]+Z to undo an edit, or the {\tr File
+ $\Rightarrow$ Reload } function to revert the alignment back to the original
+ version if you want to start again.
  }
 
 \exstep{ Select the first 7 sequences, and press H to hide them (or right click
@@ -783,6 +803,7 @@ Gaps can be removed in cursor mode by pressing [BACKSPACE]. The gap under the cu
 \exstep{Load the sequence alignment at \textsf{http://www.jalview.org/tutorial/unaligned.fa}, or continue using the edited alignment from exercise \ref{mousealedit}.  If you continue from the previous exercise, then first right click on the sequence ID panel and select {\tr Reveal All}.
 
 Now, enter cursor mode by pressing [F2]}
+%TODO: BACKSPACE or DELETE WHEN SEQS ARE SELECTED WILL DELETE ALL SEQS JAL-783
 \exstep{Insert 58 gaps at the start of the first sequence (FER\_CAPAA). Press {\sl 58} then {\sl [SPACE]}. }
 \exstep{Go down one sequence and select rows 2-5 as a block. Click on the second sequence ID (FER\_CAPAN). Hold down shift and click on the fifth (FER1\_PEA). }
 \exstep{Insert 6 gaps at the start of this group. Go to column 1 row 2 by typing {\sl 1,2} then pressing {\sl [RETURN]}. Now insert 6 gaps. Type {\sl 6} then hold down [CTRL] and press the space bar.}
@@ -831,7 +852,12 @@ The second method is to use the  {\sl Selection $\Rightarrow$ Group $\Rightarrow
 \end{figure}
 
 \subsection{Shading by conservation}
-For many colour schemes, the intensity of the colour in a column can be scaled by the degree of amino acid property conservation. Selecting {\sl Colour $\Rightarrow$ By Conservation} brings up a selection box (the {\sl Conservation Threshold dialog box}) allowing the alignment colouring to be modified. Selecting a higher value limits colouring to more highly conserved columns (Figure \ref{colcons}).
+For many colour schemes, the intensity of the colour in a column can be scaled
+by the degree of amino acid property conservation. Selecting {\sl Colour
+$\Rightarrow$ By Conservation} enables this mode, and {\sl Modify
+conservation threshold} brings up a selection box (the {\sl Conservation
+Threshold dialog box}) allowing the alignment colouring to be modified.
+Selecting a higher value limits colouring to more highly conserved columns (Figure \ref{colcons}).
 
  \begin{figure}[htbp]
 \begin{center}
@@ -1275,12 +1301,11 @@ Click on the tree window. Careful selection of the tree partition location will
 Jalview can calculate and display trees, providing interactive tree-based grouping of sequences though a tree viewer. All trees are calculated via the {\sl Calculate $\Rightarrow$ Calculate Tree $\Rightarrow$ \ldots} submenu. Trees can be calculated from distance matrices determined from \% identity or aggregate BLOSUM 62 score using either average distance (UPGMA) or Neighbour joining algorithms. The input data for a tree calculation is either the visible portions of the current selection, or the whole alignment if no selection is present.
 
 On calculating a tree, a new window opens (Figure \ref{trees1}) which contains
-the tree. Various display options can be found in the tree window {\sl View}
-menu, and export options in the {\sl File $\Rightarrow$ Save As} submenu.
-Newick format is a standard file format for trees which allows them to be
-exported to other programs.  Jalview can also read in external trees in Newick
-format via the {\sl File $\Rightarrow$ Load Associated Tree} menu option. Leaf
-names on imported trees will be matched to the associated alignment - unmatched
+the tree. Various display settings can be found in the tree window {\sl View}
+menu, including font, scaling and label display options, and the {\sl File
+$\Rightarrow$ Save As} submenu contains options for image and Newick file
+export. Newick format is a standard file format for trees which allows them to
+be exported to other programs.  Jalview can also read in external trees in Newick format via the {\sl File $\Rightarrow$ Load Associated Tree} menu option. Leaf names on imported trees will be matched to the associated alignment - unmatched
 leaves will still be displayed, and can be highlighted using the {\sl View
 $\Rightarrow$ Show Unlinked Leaves} menu option.