JAL-2422 a fix and a fudge for two failing ChimeraX commands
[jalview.git] / build.gradle
index acf5737..469d081 100644 (file)
@@ -40,7 +40,7 @@ plugins {
   id 'eclipse'
   id "com.diffplug.gradle.spotless" version "3.28.0"
   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
-  id 'com.install4j.gradle' version '8.0.4'
+  id 'com.install4j.gradle' version '8.0.10'
   id 'com.dorongold.task-tree' version '1.5' // only needed to display task dependency tree with  gradle task1 [task2 ...] taskTree
   id 'com.palantir.git-version' version '0.12.3'
 }
@@ -161,6 +161,9 @@ ext {
   }
   */
 
+  // datestamp
+  buildDate = new Date().format("yyyyMMdd")
+
   // essentials
   bareSourceDir = string(source_dir)
   sourceDir = string("${jalviewDir}/${bareSourceDir}")
@@ -194,6 +197,7 @@ ext {
   getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher}")
   getdownAppDistDir = getdown_app_dir_alt
   getdownImagesDir = string("${jalviewDir}/${getdown_images_dir}")
+  getdownSetAppBaseProperty = false // whether to pass the appbase and appdistdir to the application
   reportRsyncCommand = false
   jvlChannelName = CHANNEL.toLowerCase()
   install4jSuffix = CHANNEL.substring(0, 1).toUpperCase() + CHANNEL.substring(1).toLowerCase(); // BUILD -> Build
@@ -262,9 +266,9 @@ ext {
 
     case "DEVELOP":
     reportRsyncCommand = true
-    
+    getdownSetAppBaseProperty = true
     // DEVELOP-RELEASE is usually associated with a Jalview release series so set the version
-    JALVIEW_VERSION=JALVIEW_VERSION+"-develop"
+    JALVIEW_VERSION=JALVIEW_VERSION+"-d${buildDate}"
     
     install4jSuffix = "Develop"
     install4jExtraScheme = "jalviewd"
@@ -325,6 +329,9 @@ ext {
     if (string(getdown_appbase_override) == "") {
       getdownAppBase = file(getdownWebsiteDir).toURI().toString()
       getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
+    } else if (string(getdown_appbase_override).startsWith("file://")) {
+      getdownAppBase = string(getdown_appbase_override)
+      getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
     } else {
       getdownAppBase = string(getdown_appbase_override)
     }
@@ -483,6 +490,7 @@ ext {
   jalviewjsCoreClasslists = []
   jalviewjsJalviewTemplateName = string(jalviewjs_name)
   jalviewjsJ2sSettingsFileName = string("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}")
+  jalviewjsJ2sAltSettingsFileName = string("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_alt_settings}")
   jalviewjsJ2sProps = null
   jalviewjsJ2sPlugin = jalviewjs_j2s_plugin
 
@@ -1247,6 +1255,10 @@ task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
   property "BUILD_DATE", getDate("HH:mm:ss dd MMMM yyyy")
   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+gitHash+" ["+gitBranch+"]"
+  if (getdownSetAppBaseProperty) {
+    property "GETDOWNAPPBASE", getdownAppBase
+    property "GETDOWNAPPDISTDIR", getdownAppDistDir
+  }
   outputs.file(outputFile)
 }
 
@@ -1488,7 +1500,7 @@ task getdownWebsite() {
 
     copy {
       from buildProperties
-      rename(build_properties_file, getdown_build_properties)
+      rename(file(buildProperties).getName(), getdown_build_properties)
       into getdownAppDir
     }
     getdownWebsiteResourceFilenames += "${getdownAppDistDir}/${getdown_build_properties}"
@@ -1600,8 +1612,11 @@ task getdownWebsite() {
     //getdownTextString += "class = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
     getdownTextString += "resource = ${getdown_launcher_new}\n"
     getdownTextString += "class = ${main_class}\n"
-    getdownTextString += "jvmarg = -Dgetdowndistdir=${getdownAppDistDir}\n"
-    getdownTextString += "jvmarg = -Dgetdownappbase=${getdownAppBase}\n"
+    // Not setting these properties in general so that getdownappbase and getdowndistdir will default to release version in jalview.bin.Cache
+    if (getdownSetAppBaseProperty) {
+      getdownTextString += "jvmarg = -Dgetdowndistdir=${getdownAppDistDir}\n"
+      getdownTextString += "jvmarg = -Dgetdownappbase=${getdownAppBase}\n"
+    }
 
     def getdown_txt = file("${getdownWebsiteDir}/getdown.txt")
     getdown_txt.write(getdownTextString)
@@ -1610,12 +1625,14 @@ task getdownWebsite() {
     def launchJvl = file("${getdownWebsiteDir}/${getdownLaunchJvl}")
     launchJvl.write("appbase=${getdownAppBase}")
 
+    // files going into the getdown website dir: getdown-launcher.jar
     copy {
       from getdownLauncher
       rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher_new)
       into getdownWebsiteDir
     }
 
+    // files going into the getdown website dir: getdown-launcher(-local).jar
     copy {
       from getdownLauncher
       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
@@ -1624,6 +1641,7 @@ task getdownWebsite() {
       into getdownWebsiteDir
     }
 
+    // files going into the getdown website dir: ./install dir and files
     if (! (CHANNEL.startsWith("ARCHIVE") || CHANNEL.startsWith("DEVELOP"))) {
       copy {
         from getdown_txt
@@ -1635,12 +1653,14 @@ task getdownWebsite() {
         into getdownInstallDir
       }
 
+      // and make a copy in the getdown files dir (these are not downloaded by getdown)
       copy {
         from getdownInstallDir
         into getdownFilesInstallDir
       }
     }
 
+    // files going into the getdown files dir: getdown.txt, getdown-launcher.jar, channel-launch.jvl, build_properties
     copy {
       from getdown_txt
       from launchJvl
@@ -1652,6 +1672,7 @@ task getdownWebsite() {
       into getdownFilesDir
     }
 
+    // and ./resources (not all downloaded by getdown)
     copy {
       from getdownResourceDir
       into "${getdownFilesDir}/${getdown_resource_dir}"
@@ -1816,12 +1837,6 @@ task copyInstall4jTemplate {
       }
     }
 
-    // remove the "Uninstall Old Jalview (optional)" symlink from DMG for non-release DS_Stores
-    if (! (CHANNEL == "RELEASE" || CHANNEL == "TEST-RELEASE" ) ) {
-      def symlink = install4jConfigXml.'**'.topLevelFiles.symlink.find { sl -> sl.'@name' == "Uninstall Old Jalview (optional).app" }
-      symlink.parent().remove(symlink)
-    }
-
     // write install4j file
     install4jConfFile.text = XmlUtil.serialize(install4jConfigXml)
   }
@@ -1862,6 +1877,8 @@ task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
     'JALVIEW_APPLICATION_NAME': install4jApplicationName,
     'JALVIEW_DIR': "../..",
     'OSX_KEYSTORE': OSX_KEYSTORE,
+    'OSX_APPLEID': OSX_APPLEID,
+    'OSX_ALTOOLPASS': OSX_ALTOOLPASS,
     'JSIGN_SH': JSIGN_SH,
     'JRE_DIR': getdown_app_dir_java,
     'INSTALLER_TEMPLATE_VERSION': install4jTemplateVersion,
@@ -1914,15 +1931,25 @@ task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
   if (install4j_faster.equals("true") || CHANNEL.startsWith("LOCAL")) {
     faster = true
     disableSigning = true
+    disableNotarization = true
   }
 
   if (OSX_KEYPASS) {
     macKeystorePassword = OSX_KEYPASS
+  } 
+  
+  if (OSX_ALTOOLPASS) {
+    appleIdPassword = OSX_ALTOOLPASS
+    disableNotarization = false
+  } else {
+    disableNotarization = true
   }
 
   doFirst {
     println("Using projectFile "+projectFile)
+    if (!disableNotarization) { println("Will notarize OSX App DMG") }
   }
+  verbose=true
 
   inputs.dir(getdownWebsiteDir)
   inputs.file(install4jConfFile)
@@ -2050,6 +2077,33 @@ task j2sSetHeadlessBuild {
 }
 
 
+task jalviewjsEnableAltFileProperty(type: WriteProperties) {
+  group "jalviewjs"
+  description "Enable the alternative J2S Config file for headless build"
+
+  outputFile = jalviewjsJ2sSettingsFileName
+  def j2sPropsFile = file(jalviewjsJ2sSettingsFileName)
+  def j2sProps = new Properties()
+  if (j2sPropsFile.exists()) {
+    try {
+      def j2sPropsFileFIS = new FileInputStream(j2sPropsFile)
+      j2sProps.load(j2sPropsFileFIS)
+      j2sPropsFileFIS.close()
+
+      j2sProps.each { prop, val ->
+        property(prop, val)
+      }
+    } catch (Exception e) {
+      println("Exception reading ${jalviewjsJ2sSettingsFileName}")
+      e.printStackTrace()
+    }
+  }
+  if (! j2sProps.stringPropertyNames().contains(jalviewjs_j2s_alt_file_property_config)) {
+    property(jalviewjs_j2s_alt_file_property_config, jalviewjs_j2s_alt_file_property)
+  }
+}
+
+
 task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
   def propKey = "jalviewjs_eclipse_workspace"
   def propVal = null
@@ -2262,7 +2316,7 @@ task jalviewjsTransferUnzipAllLibs {
 
 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
   group "JalviewJS"
-  description "Create the .j2s file from the j2s.* properties"
+  description "Create the alternative j2s file from the j2s.* properties"
 
   jalviewjsJ2sProps = project.properties.findAll { it.key.startsWith("j2s.") }.sort { it.key }
   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
@@ -2281,11 +2335,11 @@ task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
       property(siteDirProperty,"${jalviewDirRelativePath}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}")
     }
   }
-  outputFile = jalviewjsJ2sSettingsFileName
+  outputFile = jalviewjsJ2sAltSettingsFileName
 
   if (! IN_ECLIPSE) {
     inputs.properties(jalviewjsJ2sProps)
-    outputs.file(jalviewjsJ2sSettingsFileName)
+    outputs.file(jalviewjsJ2sAltSettingsFileName)
   }
 }
 
@@ -2403,6 +2457,7 @@ task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
   args += [ "--launcher.appendVmargs", "-vmargs", "-Dorg.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory=${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}" ]
   if (!IN_ECLIPSE) {
     args += [ "-D${j2sHeadlessBuildProperty}=true" ]
+    args += [ "-D${jalviewjs_j2s_alt_file_property}=${jalviewjsJ2sAltSettingsFileName}" ]
   }
 
   inputs.file("${jalviewDir}/.project")
@@ -2416,6 +2471,9 @@ task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
   dependsOn jalviewjsEclipseSetup 
   dependsOn jalviewjsProjectImport
   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
+  if (!IN_ECLIPSE) {
+    dependsOn jalviewjsEnableAltFileProperty
+  }
 
   doFirst {
     // do not run a headless transpile when we claim to be in Eclipse
@@ -2435,6 +2493,7 @@ task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
   args += [ "--launcher.appendVmargs", "-vmargs", "-Dorg.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory=${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}" ]
   if (!IN_ECLIPSE) {
     args += [ "-D${j2sHeadlessBuildProperty}=true" ]
+    args += [ "-D${jalviewjs_j2s_alt_file_property}=${jalviewjsJ2sAltSettingsFileName}" ]
   }
 
   def stdout
@@ -2915,7 +2974,7 @@ task cleanJalviewjsAll {
     if (eclipseWorkspace != null && file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata").exists()) {
       delete file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
     }
-    delete "${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}"
+    delete jalviewjsJ2sAltSettingsFileName
   }
 
   outputs.upToDateWhen( { false } )