JAL-3210 Added jdt prefs from applet branch. Made IDE tasks more visible
[jalview.git] / build.gradle
index 48033f1..96d6b8a 100644 (file)
@@ -19,6 +19,27 @@ plugins {
   id 'com.install4j.gradle' version '7.0.9'
 }
 
+// local build environment properties
+def localProps = "${jalviewDir}/local.properties"
+if (file(localProps).exists()) {
+  try {
+    def p = new Properties()
+    def localPropsFIS = new FileInputStream(localProps)
+    p.load(localPropsFIS)
+    localPropsFIS.close()
+    p.each {
+      key, val -> 
+        def over = getProperty(key) != null
+        setProperty(key, val)
+        if (over) {
+          println("Overriding property '${key}' with local.properties value '${val}'")
+        }
+    }
+  } catch (Exception e) {
+    System.out.println("Exception reading local.properties")
+  }
+}
+
 repositories {
   jcenter()
   mavenCentral()
@@ -33,15 +54,15 @@ dependencies {
 }
 
 mainClassName = launcherClass
-def cloverInstrDir = file("$buildDir/$cloverSourcesInstrDir")
-def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
+def cloverInstrDir = file("${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}")
+def classes = "${jalviewDir}/${classesDir}"
 
 if (clover.equals("true")) {
   use_clover = true
-  classes = "$buildDir/$cloverClassesDir"
+  classes = "${buildDir}/${cloverClassesDir}"
 } else {
   use_clover = false
-  classes = "$jalviewDir/$classesDir"
+  classes = "${jalviewDir}/${classesDir}"
 }
 
 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
@@ -153,7 +174,6 @@ ext {
 
   }
 
-  println("Using a ${CHANNEL} profile. appbase=${getdown_app_base}")
   getdownAppDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_app_dir}"
   //getdownJ11libDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_j11lib_dir}"
   getdownResourceDir = "${getdownWebsiteDir}/${getdown_resource_dir}"
@@ -167,6 +187,7 @@ ext {
   gitHash = ""
   gitBranch = ""
 
+  println("Using a ${CHANNEL} profile.")
 }
 
 def JAVA_INTEGER_VERSION
@@ -625,14 +646,14 @@ task copyHelp(type: Copy) {
   def outputDir = "${classes}/${helpDir}"
   from(inputDir) {
     exclude '**/*.gif'
-      exclude '**/*.jpg'
-      exclude '**/*.png'
-      filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$', tokens: ['Version-Rel': JALVIEW_VERSION,'Year-Rel': getDate("yyyy")])
+    exclude '**/*.jpg'
+    exclude '**/*.png'
+    filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$', tokens: ['Version-Rel': JALVIEW_VERSION,'Year-Rel': getDate("yyyy")])
   }
   from(inputDir) {
     include '**/*.gif'
-      include '**/*.jpg'
-      include '**/*.png'
+    include '**/*.jpg'
+    include '**/*.png'
   }
   into outputDir
 
@@ -650,7 +671,6 @@ task syncLib(type: Sync) {
 task syncResources(type: Sync) {
   from "${jalviewDir}/${resourceDir}"
   include "**/*.*"
-  exclude "install4j"
   into "${classes}"
   preserve {
     include "**"
@@ -687,7 +707,7 @@ test {
   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
   targetCompatibility = compile_target_compatibility
   jvmArgs += additional_compiler_args
-  print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
+
 }
 
 task buildIndices(type: JavaExec) {
@@ -721,21 +741,27 @@ task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
   outputs.file("${jalviewDir}/${utilsDir}/BufferedLineReader.class")
 }
 
-def helplinkscheckertouchfile = file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.touch")
 task linkCheck(type: JavaExec) {
   dependsOn prepare, compileLinkCheck
+
+  def helpLinksCheckerOutFile = file("${jalviewDir}/${utilsDir}/HelpLinksChecker.out")
   classpath = files("${jalviewDir}/${utilsDir}")
   main = "HelpLinksChecker"
   workingDir = jalviewDir
   def help = "${classes}/${helpDir}"
   args = [ "${classes}/${helpDir}", "-nointernet" ]
 
-  doLast {
-    helplinkscheckertouchfile.createNewFile()
-  }
+  def outFOS = new FileOutputStream(helpLinksCheckerOutFile, false) // false == don't append
+  def errFOS = outFOS
+  standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
+    outFOS,
+    standardOutput)
+  errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
+    outFOS,
+    errorOutput)
 
   inputs.dir("${classes}/${helpDir}")
-  outputs.file(helplinkscheckertouchfile)
+  outputs.file(helpLinksCheckerOutFile)
 }
 
 // import the pubhtmlhelp target
@@ -851,13 +877,13 @@ task getdownWebsite() {
 
     // go through properties looking for getdown_txt_...
     def props = project.properties.sort { it.key }
-       if (getdown_alt_java_min_version.length() > 0) {
-               props.put("getdown_txt_java_min_version", getdown_alt_java_min_version)
-       }
-       if (getdown_alt_java_max_version.length() > 0) {
-               props.put("getdown_txt_java_max_version", getdown_alt_java_max_version)
-       }
-       props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdown_alt_multi_java_location)
+    if (getdown_alt_java_min_version.length() > 0) {
+      props.put("getdown_txt_java_min_version", getdown_alt_java_min_version)
+    }
+    if (getdown_alt_java_max_version.length() > 0) {
+      props.put("getdown_txt_java_max_version", getdown_alt_java_max_version)
+    }
+    props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdown_alt_multi_java_location)
 
     props.put("getdown_txt_appbase", getdown_app_base)
     props.each{ prop, val ->
@@ -992,7 +1018,7 @@ task getdownWebsite() {
     }
 
     copy {
-         from getdownResourceDir
+      from getdownResourceDir
       into "${project.ext.getdownFilesDir}/${getdown_resource_dir}"
     }
   }
@@ -1140,14 +1166,16 @@ task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
   dependsOn getdown
   dependsOn copyInstall4jTemplate
   projectFile = file(install4jConf)
-  println("Using projectFile "+projectFile)
   variables = [majorVersion: version.substring(2, 11), build: 001, OSX_KEYSTORE: OSX_KEYSTORE, JSIGN_SH: JSIGN_SH]
   destination = "${jalviewDir}/${install4jBuildDir}/${JAVA_VERSION}"
   buildSelected = true
 
   if (OSX_KEYPASS) {
     macKeystorePassword=OSX_KEYPASS
+  }
 
+  doFirst {
+    println("Using projectFile "+projectFile)
   }
 
   inputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
@@ -1155,7 +1183,6 @@ task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
   inputs.dir(macosJavaVMDir)
   inputs.dir(windowsJavaVMDir)
   outputs.dir("${jalviewDir}/${install4jBuildDir}/${JAVA_VERSION}")
-
 }
 
 clean {
@@ -1248,27 +1275,27 @@ def jalviewjsTransferSiteDir
 task jalviewjsSitePath {
   def relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
   jalviewjsBuildDir = "${relativeBuildDir}/jalviewjs"
-  if (jalviewjs_site_dir.startsWith('/')) {
-    jalviewjsSiteDir = jalviewjs_site_dir
-  } else {
-    jalviewjsSiteDir = "${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_site_dir}"
-  }
+  jalviewjsSiteDir = "${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_site_dir}"
   jalviewjsTransferSiteDir = "${jalviewjsBuildDir}/tmp/site"
 }
 
 def eclipseWorkspace
 task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
   def propKey = "jalviewjs_eclipse_workspace"
-  def propsFileName = "${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_workspace_location_file}"
-  def props = new Properties()
-  def eclipseWsDir
   def propVal = null
   if (project.hasProperty(propKey)) {
     propVal = project.getProperty(propKey)
-    eclipseWsDir = propVal
+    if (propVal.startsWith("~/")) {
+      propVal = System.getProperty("user.home") + propVal.substring(1)
+    }
   }
-  if (( eclipseWsDir == null || !file(eclipseWsDir).exists() ) && file(propsFileName).exists()) {
-    def ins = new FileInputStream("${jalviewDirAbsolutePath}/${propsFileName}")
+  def propsFileName = "${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_workspace_location_file}"
+  def propsFile = file(propsFileName)
+  def eclipseWsDir = propVal
+  def props = new Properties()
+
+  if (( eclipseWsDir == null || !file(eclipseWsDir).exists() ) && propsFile.exists()) {
+    def ins = new FileInputStream(propsFileName)
     props.load(ins)
     ins.close()
     if (props.getProperty(propKey, null) != null) {
@@ -1276,101 +1303,106 @@ task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
     }
   }
 
+  def writeProps = false
   if (eclipseWsDir == null || !file(eclipseWsDir).exists()) {
     def tempDir = File.createTempDir()
     eclipseWsDir = tempDir.getAbsolutePath()
-    props.setProperty(propKey, eclipseWsDir)
-    def propsFile = file(propsFileName)
-    propsFile.parentFile.mkdirs()
-    propsFile.createNewFile() // doesn't affect existing file
-    def outs = new FileOutputStream(propsFile, false)
-    props.store(outs, null)
-    outs.close()
+    writeProps = true
   }
-
   eclipseWorkspace = file(eclipseWsDir)
-    
-  println("ECLIPSE WORKSPACE: "+eclipseWorkspace.getPath())
-
-  inputs.property(propKey, propVal)
-  outputs.file(propsFileName)
-}
 
-
-task jalviewjsUnzipFiles {
-  dependsOn jalviewjsSitePath
-
-  def zipFiles = fileTree(dir: "${jalviewjs_utils_dir}/${jalviewjs_libjs_dir}", include: "*.zip")
-  zipFiles += "${jalviewjs_utils_dir}/${jalviewjs_swingjs_zip}"
-
-  doLast {
-    zipFiles.each { file_zip -> 
-      copy {
-        from zipTree(file_zip)
-        into jalviewjsSiteDir
-      }
+  doFirst {
+    if (writeProps) {
+      props.setProperty(propKey, eclipseWsDir)
+      propsFile.parentFile.mkdirs()
+      def bytes = new ByteArrayOutputStream()
+      props.store(bytes, null)
+      def propertiesString = bytes.toString()
+      propsFile.text = propertiesString
     }
+
+    println("ECLIPSE WORKSPACE: "+eclipseWorkspace.getPath())
   }
 
-  inputs.files zipFiles
-  outputs.dir jalviewjsSiteDir
+  inputs.property(propKey, eclipseWsDir)
+  outputs.file(propsFileName)
 }
 
-def eclipseDropinsDir
+
 def eclipseBinary
 def eclipseVersion
-def fromDropinsDir
+def eclipseDebug = false
+def eclipseVersionSuffix = ""
 task jalviewjsEclipsePaths {
-  def eclipseRoot
   def eclipseProduct
-  eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
-  if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
+
+  def eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
+  if (eclipseRoot.startsWith("~/")) {
     eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
   }
   if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
     eclipseRoot += "/Eclipse.app"
-    eclipseDropinsDir = "${eclipseRoot}/Contents/Eclipse/dropins"
     eclipseBinary = "${eclipseRoot}/Contents/MacOS/eclipse"
     eclipseProduct = "${eclipseRoot}/Contents/Eclipse/.eclipseproduct"
   } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
     if (file("${eclipseRoot}/eclipse").isDirectory() && file("${eclipseRoot}/eclipse/.eclipseproduct").exists()) {
       eclipseRoot += "/eclipse"
     }
-    eclipseDropinsDir = "${eclipseRoot}/dropins"
     eclipseBinary = "${eclipseRoot}/eclipse"
     eclipseProduct = "${eclipseRoot}/.eclipseproduct"
   } else { // linux or unix
     if (file("${eclipseRoot}/eclipse").isDirectory() && file("${eclipseRoot}/eclipse/.eclipseproduct").exists()) {
       eclipseRoot += "/eclipse"
     }
-    eclipseDropinsDir = "${eclipseRoot}/dropins"
     eclipseBinary = "${eclipseRoot}/eclipse"
     eclipseProduct = "${eclipseRoot}/.eclipseproduct"
   }
 
   eclipseVersion = "4.12" // default
+  def assumedVersion = true
   if (file(eclipseProduct).exists()) {
     def fis = new FileInputStream(eclipseProduct)
     def props = new Properties()
     props.load(fis)
     eclipseVersion = props.getProperty("version")
     fis.close()
-    println("ECLIPSE_VERSION=${eclipseVersion}")
+    assumedVersion = false
   }
+  /*
   String[] v = eclipseVersion.split("\\.")
   def v0 = Integer.valueOf(v[0])
   def v1 = Integer.valueOf(v[1])
   if (v0 < 4 || ( v0 == 4 && v1 < 13 )) {
-    fromDropinsDir = "eclipse/dropins_4.12"
+    eclipseVersionSuffix = "_4.12"
   } else {
-    fromDropinsDir = "eclipse/dropins_4.13"
-  } 
+    eclipseVersionSuffix = "_4.13"
+  }
+  */
+
+  
+  def propKey = "eclipse_debug"
+  eclipseDebug = (project.hasProperty(propKey) && project.getProperty(propKey).equals("true"))
+
+  doFirst {
+    if (!assumedVersion) {
+      println("ECLIPSE VERSION=${eclipseVersion}")
+    }
+  }
+}
+
+task eclipseSetup {
+  dependsOn eclipseProject
+  dependsOn eclipseClasspath
+  dependsOn eclipseJdt
 }
 
-task jalviewjsEclipseCopyDropins {
+/* using the Copy task below
+task OLDjalviewjsEclipseCopyDropins {
   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
-  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewjs_utils_dir}/${fromDropinsDir}", include: "*.jar")
-  def outputDir = eclipseDropinsDir
+  dependsOn jalviewjsCleanEclipse
+  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_eclipse_dropins_dir}", include: "*.jar")
+  inputFiles += file(jalviewjs_j2s_plugin)
+  def outputDir = "${buildDir}/jalviewjs
 
   inputs.files inputFiles
   inputFiles.each { file ->
@@ -1386,35 +1418,87 @@ task jalviewjsEclipseCopyDropins {
     }
   }
 }
+*/
 
 // this version (type: Copy) will delete anything in the eclipse dropins folder that isn't in fromDropinsDir
-task NEWjalviewjsEclipseCopyDropins(type: Copy) {
+task jalviewjsEclipseCopyDropins(type: Copy) {
+  dependsOn jalviewjsEclipsePaths
+
+  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_eclipse_dropins_dir}", include: "*.jar")
+  inputFiles += file("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_plugin}")
+  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}"
+
+  from inputFiles
+  into outputDir
+}
+
+// this eclipse -clean doesn't actually work
+task jalviewjsCleanEclipse(type: Exec) {
+  dependsOn eclipseSetup
   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
-  from fromDropinsDir
-  into eclipseDropinsDir
+  dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
+
+  executable(eclipseBinary)
+  args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-clean", "-console", "-consoleLog"])
+  if (eclipseDebug) {
+    args += "-debug"
+  }
+  args += "-l"
+
+  def inputString = """exit
+y
+"""
+  def inputByteStream = new ByteArrayInputStream(inputString.getBytes())
+  standardInput = inputByteStream
+}
+/* not really working yet
+jalviewjsEclipseCopyDropins.finalizedBy jalviewjsCleanEclipse
+*/
+
+task jalviewjsUnzipFiles {
+  dependsOn jalviewjsSitePath
+
+  def zipFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_libjs_dir}", include: "*.zip")
+  zipFiles += "${jalviewDir}/${jalviewjs_swingjs_zip}"
+
+  doLast {
+    zipFiles.each { file_zip -> 
+      copy {
+        from zipTree(file_zip)
+        into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
+      }
+    }
+  }
+
+  inputs.files zipFiles
+  outputs.dir "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 }
 
 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
+  group "JalviewJS"
+  description "Create the .j2s file from the j2s.* properties"
+
   dependsOn jalviewjsSitePath
+
   outputFile ("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}")
-  def props = project.properties.sort { it.key }
+  def j2s_props = project.properties.findAll { it.key.startsWith("j2s.") }.sort { it.key }
   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
   def setSiteDir = false
-  props.each { prop, val ->
-    if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
+  j2s_props.each { prop, val ->
+    if (val != null) {
       if (prop == siteDirProperty) {
         if (!(val.startsWith('/') || val.startsWith("file://") )) {
-          val = "${jalviewjsTransferSiteDir}/${val}"
+          val = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}/${val}"
         }
         setSiteDir = true
       }
       property(prop,val)
     }
-    if (!setSiteDir) {
-      property(siteDirProperty,jalviewjsTransferSiteDir)
+    if (!setSiteDir) { // default site location, don't override specifically set property
+      property(siteDirProperty,"${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}")
     }
   }
-  inputs.properties(props.findAll( { k, v -> k.startsWith("j2s.") } ))
+  inputs.properties(j2s_props)
   outputs.file(outputFile)
 }
 
@@ -1424,10 +1508,10 @@ task jalviewjsEclipseSetup {
   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 }
 
-task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
+task jalviewjsCopyResources (type: Sync) {
   dependsOn jalviewjsSitePath
-  def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
-  def outputDir = "${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
+  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${resourceDir}")
+  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 
   from inputFiles
   into outputDir
@@ -1436,14 +1520,17 @@ task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
     outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
     null
   }
+  preserve {
+    include "**"
+  }
   outputs.files outputFiles
   inputs.files inputFiles
 }
 
-task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
+task jalviewjsCopySiteResources (type: Sync) {
   dependsOn jalviewjsSitePath
-  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewjs_utils_dir}/${jalviewjs_site_resource_dir}")
-  def outputDir = jalviewjsSiteDir
+  def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_site_resource_dir}")
+  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 
   from inputFiles
   into outputDir
@@ -1452,26 +1539,27 @@ task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
     outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
     null
   }
+  preserve {
+    include "**"
+  }
   outputs.files outputFiles
   inputs.files inputFiles
 }
 
 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
-  // work out how to do this!
-  dependsOn eclipseProject
-  dependsOn eclipseClasspath
-  dependsOn eclipseJdt
+  dependsOn eclipseSetup
   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
+
+  def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
   executable(eclipseBinary)
   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
-  if (eclipse_debug == "true") {
+  if (eclipseDebug) {
     args += "-debug"
   }
+  args += [ "--launcher.appendVmargs", "-vmargs", "-Dorg.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory=${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}" ]
 
-  def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
   inputs.file("${jalviewDir}/.project")
-  outputs.dir(projdir)
   outputs.upToDateWhen { file(projdir).exists() }
 }
 
@@ -1479,11 +1567,13 @@ task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
   dependsOn jalviewjsEclipseSetup 
   dependsOn jalviewjsProjectImport
   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
+
   executable(eclipseBinary)
-  args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-${jalviewjs_eclipseBuildArg}", eclipse_project_name ])
-  if (eclipse_debug == "true") {
+  args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-${jalviewjs_eclipse_build_arg}", eclipse_project_name ])
+  if (eclipseDebug) {
     args += "-debug"
   }
+  args += [ "--launcher.appendVmargs", "-vmargs", "-Dorg.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory=${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}" ]
 
   def stdout
   def stderr
@@ -1494,13 +1584,21 @@ task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
     def logOutFileName = "${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}"
     def logOutFile = file(logOutFileName)
     logOutFile.createNewFile()
-    def logOutFOS = new FileOutputStream(logOutFile, false)
-    //def logErrFileName = "${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}"
+    logOutFile.text = """ROOT: ${jalviewjs_eclipse_root}
+BINARY: ${eclipseBinary}
+VERSION: ${eclipseVersion}
+WORKSPACE: ${eclipseWorkspace}
+DEBUG: ${eclipseDebug}
+----
+"""
+    def logOutFOS = new FileOutputStream(logOutFile, true) // true == append
+    //def logErrFileName = "${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}"
     //def logErrFile = file(logFileName)
     //logErrFile.createNewFile()
     //def logErrFOS = new FileErrputStream(logErrFile, false)
     // combine stdout and stderr
     def logErrFOS = logOutFOS
+
     if (jalviewjs_j2s_to_console.equals("true")) {
       standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
         new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
@@ -1521,24 +1619,23 @@ task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
         stderr)
     }
   }
+
   doLast {
     if (stdout.toString().contains("Error processing ")) {
       // j2s did not complete transpile
-      throw new GradleException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log file '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}'")
+      throw new GradleException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log file '${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}'")
     }
   }
 
-  inputs.dir(sourceDir)
-  outputs.dir("${eclipse_bin_dir}/main")
-  outputs.dir(jalviewjsTransferSiteDir)
-  outputs.upToDateWhen { file("${jalviewjsTransferSiteDir}${jalviewjs_server_resource}").exists() }
-
+  inputs.dir("${jalviewDir}/${sourceDir}")
+  outputs.dir("${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}")
+  outputs.upToDateWhen( { file("${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}${jalviewjs_server_resource}").exists() } )
 }
 
 task jalviewjsCopyTransferSite(type: Copy) {
   dependsOn jalviewjsTranspile
-  from jalviewjsTransferSiteDir
-  into jalviewjsSiteDir
+  from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}"
+  into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 }
 
 jalviewjsUnzipFiles.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSite
@@ -1563,8 +1660,8 @@ task jalviewjsBuildSite {
 
 task cleanJalviewjsSite {
   doFirst {
-    delete jalviewjsTransferSiteDir
-    delete jalviewjsSiteDir
+    delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}"
+    delete "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
   }
 }
 
@@ -1581,17 +1678,18 @@ task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 
   compression Compression.GZIP
 
-  from jalviewjsSiteDir
+  from "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 
-  inputs.dir(jalviewjsSiteDir)
+  inputs.dir("${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}")
 }
 
 task jalviewjsServer {
   group "JalviewJS"
-  description "Starts a webserver on localhost to test the website"
+  def filename = "jalviewjsTest.html"
+  description "Starts a webserver on localhost to test the website. See ${filename} to access local site on most recently used port."
   dependsOn jalviewjsSitePath
-  def htmlFile = "${jalviewDirAbsolutePath}/jalviewjsTest.html"
+  def htmlFile = "${jalviewDirAbsolutePath}/${filename}"
   doLast {
 
     SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
@@ -1622,19 +1720,25 @@ task jalviewjsServer {
   }
 
   outputs.file(htmlFile)
+  outputs.upToDateWhen({false})
 }
 
 task cleanJalviewjsAll {
   group "JalviewJS"
   description "Delete all configuration and build artifacts to do with JalviewJS build"
   dependsOn cleanJalviewjsSite
+  dependsOn jalviewjsEclipsePaths
   
   doFirst {
-    delete jalviewjsBuildDir
+    delete "${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}"
     delete "${jalviewDir}/${eclipse_bin_dir}"
-    delete file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
+    if (eclipseWorkspace != null && file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata").exists()) {
+      delete file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
+    }
     delete "${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}"
   }
+
+  outputs.upToDateWhen( { false } )
 }
 
 task jalviewjs {
@@ -1644,32 +1748,32 @@ task jalviewjs {
 }
 
 
-task jalviewjsIDECopyTransferSite(type: Copy) {
-  from jalviewjsTransferSiteDir
-  into jalviewjsSiteDir
+task jalviewjsIDE_CopyTransferSite(type: Copy) {
+  from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteDir}"
+  into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 }
 
-task jalviewjsIDEj2s {
-  group "JalviewJS in Eclipse"
+task jalviewjsIDE_j2s {
+  group "00 JalviewJS in Eclipse"
   description "Creates the .j2s file"
   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 }
 
-task jalviewjsIDEBuildSite {
-  group "JalviewJS in Eclipse"
-  description "Copies the Eclipse transpiled site and unzips supporting zipfiles"
-  dependsOn jalviewjsIDECopyTransferSite
+task jalviewjsIDE_AssembleSite {
+  group "00 JalviewJS in Eclipse"
+  description "Assembles the Eclipse transpiled site and unzips supporting zipfiles"
+  dependsOn jalviewjsIDE_CopyTransferSite
   dependsOn jalviewjsPrepareSite
 }
 
-task jalviewjsIDESiteClean {
-  group "JalviewJS in Eclipse"
+task jalviewjsIDE_SiteClean {
+  group "00 JalviewJS in Eclipse"
   description "Deletes the Eclipse transpiled site"
   dependsOn cleanJalviewjsSite
 }
 
-task jalviewjsIDEServer {
-  group "JalviewJS in Eclipse"
+task jalviewjsIDE_Server {
+  group "00 JalviewJS in Eclipse"
   description "Starts a webserver on localhost to test the website"
   dependsOn jalviewjsServer
 }