git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
Merge develop to Release_2_8_3_Branch
[jalview.git] / examples / applets.html
diff --git a/examples/applets.html b/examples/applets.html
index de31d6b..b557efc 100755 (executable)
--- a/examples/applets.html
+++ b/examples/applets.html
@@ -1,21 +1,22 @@
 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 <!--
-    * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
-    * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
-    * 
-    * This file is part of Jalview.
-    * 
-    * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
-    * modify it under the terms of the GNU General Public License 
-    * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
-    *  
-    * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
-    * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
-    * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
-    * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
-    * 
-    * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
-  -->
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+-->
 <head>
   <TITLE>JalviewLite Examples</TITLE>
   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /> 
@@ -177,8 +178,8 @@ var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_tr
 <h2>JalviewLite Button Examples</h2>
 Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
  For more information on how to use the applet in your website, see the <a href="appletParameters.html"><strong>applet parameters</strong></a> and other documentation in the links to the left.</p>
-<div align="center">
-  <p>
+<p>&nbsp;</p><div align="center">
+  <p align="center">
     <h2>Ferredoxins, chloroplast precursor related UniRef50
       cluster</h2>
     <br /> (15 sequences x 150 residues)
@@ -188,7 +189,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
       <td width="10%" valign="center">
        <applet
    code="jalview.bin.JalviewLite" width="140" height="35"
-   archive="jalviewApplet.jar">
+   archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
 <param name="permissions" value="sandbox"/>
 <param name="file" value="uniref50.fa"/>
 <param name="treeFile" value="ferredoxin.nw"/>
@@ -214,7 +215,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
     <tr>
       <td width="10%" valign="center"><applet
    code="jalview.bin.JalviewLite" width="140" height="35"
-   archive="jalviewApplet.jar">
+   archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
 <param name="permissions" value="sandbox"/>
 <param name="file" value="uniref50.fa"/>
 <param name="features" value="exampleFeatures.txt"/>
@@ -248,6 +249,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
 <param name="wrap" value="true"/>
 <param name="showAnnotation" value="false"/>
 <param name="defaultColour" value="Strand Propensity"/>
+<param name="PDBfile" value="1gaq.txt FER1_MAIZE"/>
    <param name="linkLabel_1" value="Uniprot"/>
    <param name="linkUrl_1"
      value="http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"/>
@@ -264,9 +266,10 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
     <tr>
       <td width="10%" valign="center"><applet
    code="jalview.bin.JalviewLite" width="140" height="35"
-   archive="jalviewApplet.jar">
+   archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
 <param name="permissions" value="sandbox"/>
 <param name="file" value="jpred_msa.fasta"/>
+<param name="jnetfile" value="jpred_msa.seq.concise"/>
 <param name="showFullId" value="false"/>
 <param name="windowHeight" value="515"/>
 <param name="windowWidth" value="650"/>
@@ -294,7 +297,7 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
     <tr>
       <td width="10%" valign="center"><applet
    code="jalview.bin.JalviewLite" width="140" height="35"
-   archive="jalviewApplet.jar">
+   archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
 <param name="permissions" value="sandbox"/>
 <param name="file" value="RF00031_folded.stk"/>
 <param name="showFullId" value="false"/>
@@ -310,6 +313,29 @@ Try out JalviewLite by pressing one of the buttons below.<br/>
        secondary structure annotation</td>
     </tr>
   </table>
+  <p>
+    <h2>Linked amino acid and cDNA alignments for homologous proteins</h2>
+  </p>
+  <table width="90%">
+    <tr>
+      <td width="10%" valign="center"><applet
+   code="jalview.bin.JalviewLite" width="140" height="35"
+   archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar">
+<param name="permissions" value="sandbox"/>
+<param name="file" value="estrogenReceptorCdna.fa"/>
+<param name="file2" value="estrogenReceptorProtein.fa"/>
+<param name="showFullId" value="false"/>
+<param name="windowHeight" value="300"/>
+<param name="windowWidth" value="800"/>
+<param name="showAnnotation" value="false"/>
+<param name="defaultColour" value="Purine/Pyrimidine"/>
+   <param name="APPLICATION_URL"
+     value="http://www.jalview.org/services/launchApp"/>
+</applet>
+</td>
+      <td valign="center">Displays a split window view of protein and its related cDNA</td>
+    </tr>
+  </table>
 </div>
 <!-- content template end -->