git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-944 - replaced stale PFAM links for 2.7 release. others will require more work
[jalview.git] / examples / exampleFeatures.txt
diff --git a/examples/exampleFeatures.txt b/examples/exampleFeatures.txt
index dc1ba4d..c7b8b64 100755 (executable)
--- a/examples/exampleFeatures.txt
+++ b/examples/exampleFeatures.txt
@@ -30,69 +30,69 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)        FER_CAPAA       -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      44      44      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      47      47      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      77      77      METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_8</a></html>     FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_CAPAA       -1      3       93      Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      86      86      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      91      91      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      94      94      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      124     124     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_13</a></html>   FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_CAPAN       -1      45      140     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      86      86      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      91      91      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      94      94      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      124     124     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_13</a></html>   FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_SOLLC      -1      45      140     Cath\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_13</a></html>   Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 55_13</a></html>       Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q93XJ9_SOLTU    -1      45      140     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      91      91      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      96      96      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      99      99      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      129     129     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_13</a></html>   FER1_PEA        -1      60      135     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER1_PEA        -1      60      135     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_PEA        -1      50      145     Cath\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 63_13</a></html>   Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 63_13</a></html>       Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q7XA98_TRIPR    -1      53      148     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      90      90      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      95      95      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      98      98      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      128     128     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 59_13</a></html>   FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 59_13</a></html>       FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_MESCR      -1      49      144     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      89      89      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      94      94      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      97      97      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SPIOL      -1      127     127     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 58_13</a></html>   FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 58_13</a></html>       FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_SPIOL      -1      48      143     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      39      39      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      44      44      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      47      47      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      77      77      METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_8</a></html>     FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER3_RAPSA      -1      3       93      Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      39      39      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      44      44      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      47      47      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      77      77      METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_8</a></html>     FER_BRANA       -1      8       83      Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 8_8</a></html> FER_BRANA       -1      8       83      Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER_BRANA       -1      2       96      Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      91      91      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      96      96      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      99      99      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      129     129     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_13</a></html>   FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER2_ARATH      -1      50      145     Cath\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_11</a></html>   Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_11</a></html>       Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  Q93Z60_ARATH    -1      52      118     Cath\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      91      91      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      96      96      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      99      99      METAL\r
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MAIZE      -1      129     129     METAL\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_13</a></html>   FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 60_13</a></html>       FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  FER1_MAIZE      -1      50      145     Cath\r
-<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 52_12</a></html>   O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam\r
+<html>Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.sanger.ac.uk/family/PF00111">Pfam 52_12</a></html>       O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam\r
 Ferredoxin_fold Status: True Positive  O80429_MAIZE    -1      42      137     Cath\r
 ENDGROUP       uniprot\r
 \r