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[jalview.git] / examples / linkedapplets_ng.html
index cbb66a8..8ddfd2f 100644 (file)
@@ -1,7 +1,6 @@
-<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
- * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
 -->
-<html><!-- InstanceBegin template="/Templates/jtemplate.dwt" codeOutsideHTMLIsLocked="false" -->
-<head>
-<!-- InstanceBeginEditable name="doctitle" -->
-<title>Linked Jalview Applets Demo</title>
-<!-- InstanceEndEditable --> 
-<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"><meta http-equiv="keywords" content="jalview,multiple,sequence,alignment,editor,viewer,java,download,barton group,protein,dna,das,distributed annotation system">
-<!-- InstanceBeginEditable name="head" -->
-<script src="http://www.java.com/js/deployJava.js"></script>
-<script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
-<script>  //deployJava.debug="true";
-  
-  function lJvApp() {
-    var jvapp = document.getElementById("jvapp");
-    var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
-    setConsole(document.getElementById("stdout"));
-    //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
-    linkJvJmol(jvapp);
-  };
-
-  function lJvFollow() {
-    var jvapp = document.getElementById("jvapp");
-    var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
-    //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
-    linkJvJmol(jvfollower);
-  };
-</script>
-
-<!-- InstanceEndEditable --> 
-<style type="text/css">
-<!--
-td {
-  font-family: Geneva, Arial, Helvetica, sans-serif;
-  font-size: 12px;
-}
-.plain {
-  font-family: Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif;
-  font-size: 14px;
-  text-decoration: none;
-}
-.plain:hover{
-  background-color:#000000; color: #F2F2FF;
-}
--->
-</style>
-<script language="JavaScript">
-function genHref()
-{
-var s1 = "ml:ljvwr", s2 = "athpai.g", s3 = "ioe@leo ", href="";
-for(i=0; i<8; i++)
-{href = href + s1.charAt(i) + s2.charAt(i) + s3.charAt(i);  }
-window.location=href;
-}
-function getEventTarget(e)
-{
-if(!e)
-e = window.event;
-if(e.target)
-return e.target;
-return e.srcElement;
-}
-</script>
-</head>
-<body alink="#000000" vlink="#000000" link="#000000">
-<script type="text/javascript">
-var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? 
-"https://ssl." : "http://www.");
-document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost + 
-"google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));
-</script>
-<script type="text/javascript">
-try{
-var pageTracker = _gat._getTracker("UA-9060947-1");
-pageTracker._trackPageview();
-} catch(err) {}
-</script>
-<div align="left"> 
-  <table width="805" height="100" cellpadding="5">
-    <tr>
-      <td background="../jalview.gif">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk" target="NEW"><img src="../uodc_r1_c1.gif" width="143" height="101" border="1"></a></td>
-    </tr>
-  </table>
-  <table width="805" border="0" cellpadding="5" cellspacing="5">
-    <tr> 
-      <td width="183" valign="top" bgcolor="#F2F2FF" border="5"> 
-    
-    <div align="center">
-          <table width="182" height="386" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
-            <tr> 
-              <td align="left" valign="middle"><a href="../index.html" class="plain">Home</a></td>
-            </tr>
-            <tr> 
-              <td align="left" valign="middle"><a href="../overview.html" class="plain">Overview</a></td>
-            </tr>
-            <tr> 
-              <td align="left" valign="middle"><a href="../download.html" class="plain">Download</a></td>
-            </tr>
-            <tr> 
-              <td align="left" valign="middle"><a href="applets.html" class="plain">Applet 
-                Version</a></td>
-            </tr>
-            <tr> 
-              <td align="left" valign="middle"><a href="examples.html" class="plain">Screenshots</a></td>
-            </tr>
-            <tr> 
-              <td align="left" valign="middle"><a href="../faq.html" class="plain">FAQ</a></td>
-            </tr>
-            <tr> 
-              <td align="left" valign="middle"><a href="../documentList.html" class="plain">Documentation</a></td>
-            </tr>
-            <tr>
-              <td align="left" valign="middle" ><a href="../releaseHistory.html" class="plain">Release 
-                history</a></td>
-            </tr>
-            <tr> 
-              <td align="left" valign="middle"><a href="../source/source.html" class="plain">Source 
-                Code</a></td>
-            </tr>
-      <tr> 
-              <td align="left" valign="middle"><a href="../versions.html" class="plain">Development Version</a></td>
-            </tr>
-      <tr> 
-              <td align="left" valign="middle"><a href="../links.html" class="plain">Links</a></td>
-            </tr>
-            <tr> 
-              <td align="left" valign="middle"><a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce" class="plain" target="NEW">News 
-                Mailing List</a></td>
-            </tr>
-            <tr>
-              <td align="left" valign="middle"><a
-            href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss"
-            class="plain" target="NEW">Discussion Mailing List</a><br><br><em>Please send problems<br>and
-            bug reports to the discussion list.</em></td>
-            </tr>
-            <tr></tr>
-            <tr>
-              <!--<td align="left" valign="middle"><br>
-                Please send problems<br>and
-            bug reports to:<br><a href="#" onClick="javascript:genHref();"><img src="../help.gif" width="123" height="19" border="0"></a></td>-->
-            </tr>
-          </table>
-        </div>
-        <div align="center"> <a href="http://www.bbsrc.ac.uk/" target="NEW"><br>
-          <img src="../bbsrc-new.gif" width="179" height="64" border="1"></a> 
-        </div>
-        </td>
-      <td valign="top" width="587" bgcolor="#F2F2FF"><!-- InstanceBeginEditable name="Contents" -->
-    <p>&nbsp;</p>
-    <strong>JalviewLite Linked Applets Demo<br></strong>
-    <p>The two applets below use <a href="JalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
-    </p>
-    <p>See the other demonstration pages below to see the API in action:</p>
-    <ul>
-          <li><a href="formComplete.html">use Javascript to control and get data from JalviewLite</a></li>
-          <li><a href="embeddedWJmol.html">configure JalviewLite to talk to a Jmol applet on the page.</a></li>
-          <li><a href="javascriptLaunch.html">launch JalviewLite from a javascript button</a></li>
-          
-    </ul>
-       <script> 
-  var attributes = {
-    code : 'jalview.bin.JalviewLite',
-    archive : 'jalviewApplet.jar',
-    width : 800,
-    height : 300,
-    mayscript : 'True', scriptable: 'True',
-    id : 'jvapp'
-  };
-  var parameters = {
-    oninit : "lJvApp",
-    automaticScrolling : "true",
-    file : "plantfdx.fa",
-    annotations : "plantfdx.annotations",
-    debug : "true",
-    wrap : "false",
-    // separator : "^",
-    showAnnotation : "true",
-    embedded : "true",
-    showFullId : "false",
-    RGB : "F2F2FF",
-    linkLabel_1 : "SRS",
-    linkUrl_1 : "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2"
-    ,
-    linkLabel_2 : "Uniprot"
-    ,
-    linkUrl_2 : "http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID$",
-    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
-  };
-  deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
-</script>
-<script> 
-  var attributes = {
-    code : 'jalview.bin.JalviewLite',
-    archive : 'jalviewApplet.jar',
-    width : 800,
-    height : 300,
-    mayscript : 'True', scriptable: 'True',
-    id : "jvfollower"
-  };
-  var parameters = {
-    oninit : "lJvFollow",
-    file : "plantfdx.fa",
-    annotations : "plantfdx.annotations",
-    automaticScrolling : "true",
-    debug : "true",
-    wrap : "false",
-    // separator : "^",
-    showAnnotation : "true",
-    embedded : "true",
-    showFullId : "false",
-    RGB : "F2F2FF",
-    linkLabel_1 : "SRS",
-    linkUrl_1 : "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2"
-    ,
-    linkLabel_2 : "Uniprot"
-    ,
-    linkUrl_2 : "http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID$",
-    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
-  };
-  deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
-</script>
+
+<div id="view_decorated" name="view_decorated"  style="margin:8px; padding:10px; border: 2px solid red; text-align:center; display:none;"><b>Click <a href="index.html#linkedapplets_ng"> here</a> to view decorated page</b></div>
+
+<!-- boiler plate link to alternate demopage -->
+<div style="width: 100%">
+<div style="width:35%; align:left; float:right;">
+
+</div>
+</div>
+
+
+
+
+
+<!-- content template start -->
+
+    <h2>JalviewLite Linked Applets Demo</h2>
+    <p>The two applets below use <a href="javascript:doSubmit('jalviewLiteJs')">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
+    <a href="view-source:http://www.jalview.org/builds/develop/examples/linkedapplets_ng.html" target="_blank">View the source here to see how it has been done</a>  (If the link doesn't work on your browser try going to <a href="http://www.jalview.org/builds/develop/examples/linkedapplets_ng.html">this page</a> and viewing the page source manually).</p>
+
+
+<applet
+   code="jalview.bin.JalviewLite" width="800" height="300" id="jvapp" mayscript="True" scriptable="True" archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-14.6.4_2016.10.26.jar,java-json.jar,json_simple-1.1.jar">
+<param name="oninit" value="lJvApp"/>
+<param name="automaticScrolling" value="true"/>
+<param name="file" value="plantfdx.fa"/>
+<param name="annotations" value="plantfdx.annotations"/>
+<param name="debug" value="true"/>
+<param name="wrap" value="false"/>
+<param name="showAnnotation" value="true"/>
+<param name="embedded" value="true"/>
+<param name="showFullId" value="false"/>
+<param name="RGB" value="F2F2FF"/>
+<param name="linkLabel_1" value="EMBL-EBI Search"/>
+<param name="linkUrl_1" value="http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"/>
+<param name="linkLabel_2" value="Uniprot"/>
+<param name="linkUrl_2" value="http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"/>
+<param name="permissions" value="sandbox"/>
+<param name="APPLICATION_URL" value="http://www.jalview.org/services/launchApp"/>
+</applet>
+
+
+
+
+<applet
+   code="jalview.bin.JalviewLite" width="800" height="300" id="jvfollower" mayscript="True" scriptable="True" archive="jalviewApplet.jar,JmolApplet-14.6.4_2016.10.26.jar,java-json.jar,json_simple-1.1.jar">
+<param name="oninit" value="lJvFollow"/>
+<param name="file" value="plantfdx.fa"/>
+<param name="annotations" value="plantfdx.annotations"/>
+<param name="automaticScrolling" value="true"/>
+<param name="debug" value="true"/>
+<param name="wrap" value="false"/>
+<param name="showAnnotation" value="true"/>
+<param name="embedded" value="true"/>
+<param name="showFullId" value="false"/>
+<param name="RGB" value="F2F2FF"/>
+<param name="linkLabel_1" value="EMBL-EBI Search"/>
+<param name="linkUrl_1" value="http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"/>
+<param name="linkLabel_2" value="Uniprot"/>
+<param name="linkUrl_2" value="http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$"/>
+<param name="permissions" value="sandbox"/>
+<param name="APPLICATION_URL" value="http://www.jalview.org/services/launchApp"/>
+</applet>
+
+
     <p>
 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
       <br>
-       --><form name="console" id="console"><textarea name="output"
+       -->
+<form name="console" id="console">
+<textarea name="output"
         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
       <br>
 </p>
-
-</body>
-</html>
+<!-- content template end -->
\ No newline at end of file