git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-4012 tweak release notes wording for legacy.uniprot
[jalview.git] / examples / plantfdx.features
diff --git a/examples/plantfdx.features b/examples/plantfdx.features
index eb5f0d3..6a2e058 100644 (file)
--- a/examples/plantfdx.features
+++ b/examples/plantfdx.features
@@ -14,22 +14,22 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)        FER_CAPAA       -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      44      44      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      47      47      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAA       -1      77      77      METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER_CAPAA       -1      8       83      Pfam
 Chloroplast    FER_CAPAN       -1      1       47      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      86      86      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      94      94      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_CAPAN       -1      124     124     METAL
 Phosphothreonine       FER_CAPAN       -1      136     136     MOD_RES
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_130</a></html>     FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html>     FER_CAPAN       -1      55      130     Pfam
 Chloroplast    FER1_SOLLC      -1      1       47      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      86      86      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      94      94      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_SOLLC      -1      124     124     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_130</a></html>     FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html>     FER1_SOLLC      -1      55      130     Pfam
 Evidence: EI4  Q93XJ9_SOLTU    -1      1       48      SIGNAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 55_130</a></html>     Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 55_130</a></html>     Q93XJ9_SOLTU    -1      55      130     Pfam
 Chloroplast    FER1_PEA        -1      1       52      TRANSIT
 L -> I (in strain: cv. Onward)         FER1_PEA        -1      59      59      VARIANT
 I -> L (in strain: cv. Onward)         FER1_PEA        -1      85      85      VARIANT
@@ -38,14 +38,14 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)        FER1_PEA        -1      96      96      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      99      99      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_PEA        -1      129     129     METAL
 YPTS -> PPPA (in Ref. 2)       FER1_PEA        -1      132     135     CONFLICT
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 63_138</a></html>     Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_PEA        -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 63_138</a></html>     Q7XA98_TRIPR    -1      63      138     Pfam
 Chloroplast    FER1_MESCR      -1      1       51      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      90      90      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      95      95      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      98      98      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_MESCR      -1      128     128     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 59_134</a></html>     FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 59_134</a></html>     FER1_MESCR      -1      59      134     Pfam
 Chloroplast    FER1_SPIOL      -1      1       50      TRANSIT
 STRAND FER1_SPIOL      -1      52      59      STRAND
 TURN   FER1_SPIOL      -1      60      61      TURN
@@ -68,7 +68,7 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)  FER1_SPIOL      -1      127     127     METAL
 STRAND FER1_SPIOL      -1      130     133     STRAND
 STRAND FER1_SPIOL      -1      135     138     STRAND
 HELIX  FER1_SPIOL      -1      142     144     HELIX
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 58_133</a></html>     FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 58_133</a></html>     FER1_SPIOL      -1      58      133     Pfam
 I -> V         FER3_RAPSA      -1      8       8       VARIANT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      39      39      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      44      44      METAL
@@ -77,25 +77,25 @@ S -> T      FER3_RAPSA      -1      55      55      VARIANT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER3_RAPSA      -1      77      77      METAL
 R -> K         FER3_RAPSA      -1      91      91      VARIANT
 M -> V         FER3_RAPSA      -1      95      95      VARIANT
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
-Chloroplast    FER1_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      91      91      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      96      96      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      99      99      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      129     129     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_ARATH      -1      60      135     Pfam
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      39      39      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      44      44      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      47      47      METAL
-Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      77      77      METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER3_RAPSA      -1      8       83      Pfam
 Chloroplast    FER2_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      91      91      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      96      96      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      99      99      METAL
 Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER2_ARATH      -1      129     129     METAL
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_118</a></html>     Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER2_ARATH      -1      60      135     Pfam
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      39      39      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      44      44      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      47      47      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER_BRANA       -1      77      77      METAL
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 8_83</a></html>       FER_BRANA       -1      8       83      Pfam
+Chloroplast    FER1_ARATH      -1      1       52      TRANSIT
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      91      91      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      96      96      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      99      99      METAL
+Iron-sulfur (2Fe-2S)   FER1_ARATH      -1      129     129     METAL
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_ARATH      -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_118</a></html>     Q93Z60_ARATH    -1      60      118     Pfam
 Chloroplast    FER1_MAIZE      -1      1       52      TRANSIT
 STRAND FER1_MAIZE      -1      57      59      STRAND
 STRAND FER1_MAIZE      -1      72      74      STRAND
@@ -113,6 +113,6 @@ Iron-sulfur (2Fe-2S)        FER1_MAIZE      -1      129     129     METAL
 STRAND FER1_MAIZE      -1      132     135     STRAND
 STRAND FER1_MAIZE      -1      137     141     STRAND
 TURN   FER1_MAIZE      -1      142     142     TURN
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
-<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getacc?PF00111">Pfam 52_127</a></html>     O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 60_135</a></html>     FER1_MAIZE      -1      60      135     Pfam
+<html>Description: Fer2 Status: True Positive <a href="http://pfam.xfam.org/family/PF00111">Pfam 52_127</a></html>     O80429_MAIZE    -1      52      127     Pfam
 ENDGROUP       uniprot