git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
JAL-1683 replace year/version strings with tokens in source
[jalview.git] / help / html / calculations / quality.html
diff --git a/help/html/calculations/quality.html b/help/html/calculations/quality.html
index 4846acc..7bc4d75 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/quality.html
+++ b/help/html/calculations/quality.html
@@ -1,21 +1,24 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
- * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
- * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
--->
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
 <head><title>Alignment Quality Annotation</title></head>
 <body>
 <p><strong>Alignment Quality Annotation</strong></p>
@@ -27,7 +30,7 @@ measure of the likelihood of observing the mutations (if any) in a
 particular column of the alignment.</p>
 <p>
 More precisely, the quality score is inversely proportional to the
-average cost of all pairs of mutations oberved in a particular column
+average cost of all pairs of mutations observed in a particular column
 of the alignment - a high alignment quality score for a column would
 suggest that there are no mutations, or most mutations observed are
 favourable.
@@ -36,8 +39,8 @@ favourable.
 <p><em>The Algorithm</em><br>
 The quality score is calculated for each column in an alignment by
 summing, for all mutations, the ratio of the two BLOSUM 62 scores for
-a mutation pair and each residue's conservered BLOSUM62 score (which
-is higher). This valueis normalised for each column, and then plotted
+a mutation pair and each residue's conserved BLOSUM62 score (which
+is higher). This value is normalised for each column, and then plotted
 on a scale from 0 to 1.
 </p>
 <p>