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JAL-2089 patch broken merge to master for Release 2.10.0b1
[jalview.git] / help / html / calculations / redundancy.html
diff --git a/help/html/calculations/redundancy.html b/help/html/calculations/redundancy.html
index e97e3b0..5b1badb 100755 (executable)
--- a/help/html/calculations/redundancy.html
+++ b/help/html/calculations/redundancy.html
@@ -1,15 +1,40 @@
-<html>\r
-<head><title>Removing Redundancy</title></head>\r
-<body>\r
-<p><strong>Removing redundancy</strong></p>\r
-<p>Selecting this option brings up a window asking you to select a threshold.\r
-  If the percentage identity between two sequences (based on the\r
-  current alignment) exceeds this value one of the\r
-  sequences (the shorter) is discarded. The redundancy calculation is done when\r
-  the Apply button is pressed, and the undo button recovers the\r
-  original set or any previously calculated subset. The detection of\r
-  redundant sequences involves a pairwise comparison of all the\r
-  sequences, so you may have to wait a few moments when applying this to\r
-  large sequence sets.</p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
+ * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3
+ * of the License, or (at your option) any later version.
+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Removing Redundancy</title>
+</head>
+<body>
+  <p>
+    <strong>Removing redundancy</strong>
+  </p>
+  <p>
+    Selecting the option in the Alignment window's <strong>Edit</strong>
+    menu or pressing <strong>'CONTROL+D'</strong> brings up a dialog box
+    asking you to select a threshold. If the percentage identity between
+    the aligned positions of any two sequences in the visible alignment
+    exceeds this value, the shorter sequence is discarded.<br> <em>Note:</em>
+    The redundancy calculation is done when the dialog box is opened.
+    For large numbers of sequences this can take a long time as all
+    pairs have to be compared.
+  </p>
+</body>
+</html>