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JAL-1432 updated copyright notices
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / annotationColouring.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
index 3d40a3e..2d9fb10 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
+++ b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
@@ -1,20 +1,21 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
- * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
+ * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
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  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
- * 
+ *  
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  * 
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+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
 -->
 <head>
 <title>Annotation Colouring</title>
@@ -46,6 +47,15 @@
                <em>Per-sequence associated annotation colouring was introduced
                                in Jalview 2.8</em>
                </li>
+               <li>If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected, the
+                       colouring scheme will use the colouring scheme present on the
+                       alignment before the Annotation Colour Settings window was displayed.
+                       <br /> <em><strong>Please Note:</strong> If no colour scheme was
+                               applied previously, then the colours for lines and labels at each
+                               position in the annotation row will be used, for secondary structure
+                               symbols and graphs, this may be black by default, so your alignment
+                               will be coloured black.</em>
+               </li>
                <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour
                        representing the minimum value in the selected annotation to a colour
                        representing the maximum value in the selected annotation. Use the
@@ -72,7 +82,7 @@
                        the annotation row.</li>
        </ul>
        <p align="center">
-               <img src="annotationColourView.gif" width="581" height="148">
+               <img src="annotationColours.gif" width="582" height="464">
        </p>
 </body>
 </html>