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[jalview.git] / help / html / colourSchemes / annotationColouring.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html

index e18e273..9275a09 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
+++ b/help/html/colourSchemes/annotationColouring.html
@@ -16,3 +16,31 @@
   * 
   * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  -->
+<head><title>Annotation Colouring</title></head>
+
+<body>
+<p><strong> Annotation Colouring </strong></p>
+<p>Jalview 2.08 allows an alignment to be coloured on a per-column basis based 
+  on any numerical annotation added to that alignment. </p>
+Select &quot;Colour&quot; <strong>&#8594;</strong> &quot;.. 
+  by Annotation&quot; to bring up the Colour by Annotation settings window. <br>
+  <br><div align="center">
+  <img src="annotationColourSetting.jpg" width="426" height="140"> </div>
+<ul>
+  <li>Select which annotation to base the colouring scheme on using the top left 
+    selection box.</li>
+  <li> If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected, the colouring 
+    scheme will use the colouring scheme present on the alignment before the Annotation 
+    Colour Settings window was displayed. </li>
+  <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour representing 
+    the minimum value in the selected annotation to a colour representing the 
+    maximum value in the selected annotation. Use the &quot;Min Colour&quot; and 
+    &quot;Max Colour&quot; to set the colour gradient range.</li>
+  <li>Select whether to colour the alignment above or below an adjustable threshold 
+    with the selection box center left of the window. </li>
+  <li>Change the threshold value with the slider, or enter the exact value in 
+    the text box. </li>
+</ul>
+<p align="center"><img src="annotationColours.jpg" width="475" height="262"> </p>
+</body>
+</html>