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index e891a9f..e18e273 100755 (executable)
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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-<head><title>Annotation Colouring</title></head>
-
-<body>
-<p><strong> Annotation Colouring </strong></p>
-<p>Jalview 2.08 allows an alignment to be coloured on a per-column basis based 
-  on any numerical annotation added to that alignment. </p>
-Select &quot;Colour&quot; <strong>&#8594;</strong> &quot;.. 
-  by Annotation&quot; to bring up the Colour by Annotation settings window. <br>
-  <br><div align="center">
-  <img src="annotationColourSetting.jpg" width="426" height="140"> </div>
-<ul>
-  <li>Select which annotation to base the colouring scheme on using the top left 
-    selection box.</li>
-  <li> If the &quot;Use Original Colours&quot; box is selected, the colouring 
-    scheme will use the colouring scheme present on the alignment before the Annotation 
-    Colour Settings window was displayed. </li>
-  <li>The colour scheme can display a colour gradient from a colour representing 
-    the minimum value in the selected annotation to a colour representing the 
-    maximum value in the selected annotation. Use the &quot;Min Colour&quot; and 
-    &quot;Max Colour&quot; to set the colour gradient range.</li>
-  <li>Select whether to colour the alignment above or below an adjustable threshold 
-    with the selection box center left of the window. </li>
-  <li>Change the threshold value with the slider, or enter the exact value in 
-    the text box. </li>
-</ul>
-<p align="center"><img src="annotationColours.jpg" width="475" height="262"> </p>
-</body>
-</html>
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