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JAL-1645 Version-Rel Version 2.9 Year-Rel 2015 Licensing glob
[jalview.git] / help / html / colourSchemes / pid.html
diff --git a/help/html/colourSchemes/pid.html b/help/html/colourSchemes/pid.html
index fc35b7f..20e8330 100755 (executable)
--- a/help/html/colourSchemes/pid.html
+++ b/help/html/colourSchemes/pid.html
@@ -1,33 +1,58 @@
-<html>\r
-<head><title>Percentage Identity Colour Scheme</title>\r
-<style type="text/css">\r
-<!--\r
-td {\r
-       text-align: center;\r
-}\r
--->\r
-</style>\r
-</head>\r
-\r
-<body>\r
-<p><em>PID Colours</em><br>\r
-  <br>\r
-  The PID option colours the residues (boxes and/or text) according to the percentage\r
-  of the residues in each column that agree with the consensus sequence. Only\r
-  the residues that agree with the consensus residue for each column are coloured.</p>\r
-<table width="200" border="1">\r
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-  </tr>\r
-  <tr>\r
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-  </tr>\r
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-    <td>&lt; 40%</td>\r
-  </tr>\r
-</table>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
+ * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
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+ *  
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License
+ * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+ * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
+ -->
+<head>
+<title>Percentage Identity Colour Scheme</title>
+<style type="text/css">
+<!--
+td {
+       text-align: center;
+}
+-->
+</style>
+</head>
+
+<body>
+  <p>
+    <strong>PID Colours</strong><br> <br> The PID option
+    colours the residues (boxes and/or text) according to the percentage
+    of the residues in each column that agree with the consensus
+    sequence. Only the residues that agree with the consensus residue
+    for each column are coloured.
+  </p>
+  <div align="center">
+    <table width="200" border="1">
+      <tr>
+        <td bgcolor="#6464FF">&gt; 80 %</td>
+      </tr>
+      <tr>
+        <td bgcolor="#9999FF">&gt; 60 %</td>
+      </tr>
+      <tr>
+        <td bgcolor="#CCCCFF">&gt; 40%</td>
+      </tr>
+      <tr>
+        <td>&lt; 40%</td>
+      </tr>
+    </table>
+  </div>
+</body>
+</html>