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JAL-1645 Version-Rel Version 2.9 Year-Rel 2015 Licensing glob
[jalview.git] / help / html / features / clarguments.html
diff --git a/help/html/features/clarguments.html b/help/html/features/clarguments.html
index 27b4cb3..b514e65 100644 (file)
--- a/help/html/features/clarguments.html
+++ b/help/html/features/clarguments.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2b1)
- * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
+ * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -19,192 +19,234 @@
  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  -->
-<title>Jalview Command Line Arguments
-</title>
+<title>Jalview Command Line Arguments</title>
 <body>
- <p><strong>The Jalview Executable's Command Line
- Arguments</strong></p>
- See <a href="commandline.html">running Jalview from the command
- line</a> for more information.<br>
- <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
- <tr > 
- <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
- <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without User Interface. (automatically disables questionnaire, version and usage stats checks)</div></td>
- </tr>
+  <p>
+    <strong>The Jalview Executable's Command Line Arguments</strong>
+  </p>
+  See
+  <a href="commandline.html">running Jalview from the command line</a>
+  for more information.
+  <br>
+  <table width="100%" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
+    <tr>
+      <td width="27%"><div align="center">-nodisplay</div></td>
+      <td width="73%"><div align="left">Run Jalview without
+          User Interface. (automatically disables questionnaire, version
+          and usage stats checks)</div></td>
+    </tr>
 
- <tr> 
- <td><div align="center">-props FILE/URL</div></td>
- <td><div align="left">Use the given Jalview properties file instead 
- of users default.</div></td>
- </tr>
- <tr> 
- <td><div align="center">-features FILE/URL</div></td>
- <td><div align="left"> 
- <p>Use the given file to add sequence features to an alignment. 
- See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features 
- File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description. </p>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-props FILE/URL</div></td>
+      <td><div align="left">Use the given Jalview properties
+          file instead of users default.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-features FILE/URL</div></td>
+      <td><div align="left">
+          <p>
+            Use the given file to add sequence features to an alignment.
+            See <a href="featuresFormat.html" target="NEW">Features
+              File</a> (Known as Groups file prior to 2.08) description.
+          </p>
 
-               </div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr>
-               <td>
-               <div align="center">-colour COLOURSCHEME</div>
-               </td>
-               <td>Set the colourscheme for the alignment. This can be any of
-               the built-in colourschemes, a name of a predefined colourscheme
-               (defined in the Jalview properties file), or an 'inline' colourscheme
-               (see the applet's colour parameter for more information).</td>
- </tr>
-       <tr>
-               <td>
-               <div align="center">-annotations FILE/URL</div>
-               </td>
-               <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a
-                       href="annotationsFormat.html" target="NEW">Annotation File</a>
-               description.</td>
-       </tr>
-       <tr>
-               <td>
-               <div align="center">-tree FILE/URL</div>
-               <td>
-               <div align="left">Load the given newick format tree file onto
-               the alignment</div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr>
-               <td>
-               <div align="center">-questionnaire URL</div>
-               <td>
-               <div align="left">Queries the given URL for information about
-               any Jalview user questionnaires</div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr>
-               <td>
-               <div align="center">-noquestionnaire</div>
-               <td>
-               <div align="left">Turn off questionnaire check</div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr><td>
-               <div align="center">-nousagestats</div>
-               <td>
-               <div align="left">Turn off google analytics usage tracking</div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr><td>
-       <div align="center">-[no]sortbytree</div>
-               <td>
-               <div align="left">Enable or disable automatic sorting of associated view when a new tree is displayed</div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr>
-               <td>
-               <div align="center">-dasserver nickname=URL</div>
-               <td>
-               <div align="left">Add and enable a <a href="dassettings.html">DAS server</a> with given
-               nickname (alphanumeric or underscores only) for retrieval of features
-               for all alignments<br>
-               Sources that also support the sequence command may be specified by prepending the URL with 'sequence:'<br>
-               <em>e.g.</em> sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source</div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr>
-               <td>
-               <div align="center">-fetchfrom nickname</div>
-               <td>
-               <div align="left">Query a <a href="dassettings.html">DAS source</a> called nickname for features for the alignments
-               and display them</div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr>
-               <td>
-               <div align="center">-groovy FILE/URL</div>
-               <td>
-               <div align="left">Execute groovy script in FILE (where FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all other
-               arguments have been processed</div>
-               </td>
-       </tr>
- <tr>
-   <td>
-     <div align="center">-jabaws URL</div>
-   <td>
-     <div align="left">Specify the URL of the preferred JABAWS server</div>
-   </td>
- </tr>
-       <tr>
-       <td>
-               <div align="center">-vdoc VAMSAS DOCUMENT FILE/URL</div>
-               <td>
-               <div align="left">Import the given vamsas document into a new session.<br><em>New in 2.5</em></div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr>
-               <td>
-               <div align="center">-vsess VAMSAS SESSION URL</div>
-               <td>
-               <div align="left">Join the given vamsas session<br>If a document was also specified, this will be imported first and then committed as new data from Jalview to the specified session (Experimental - not yet enabled!).<em>New in 2.5</em></div></div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr>
-               <td>
-               <div align="center">-fasta FILE</div>
-               </td>
+        </div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-colour COLOURSCHEME</div>
+      </td>
+      <td>Set the colourscheme for the alignment. This can be any
+        of the built-in colourschemes, a name of a predefined
+        colourscheme (defined in the Jalview properties file), or an
+        'inline' colourscheme (see the applet's colour parameter for
+        more information).</td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-annotations FILE/URL</div>
+      </td>
+      <td>Add precalculated annotations to the alignment. See <a
+        href="annotationsFormat.html" target="NEW"
+      >Annotation File</a> description.
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-tree FILE/URL</div>
+      <td>
+        <div align="left">Load the given newick format tree file
+          onto the alignment</div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-questionnaire URL</div>
+      <td>
+        <div align="left">Queries the given URL for information
+          about any Jalview user questionnaires</div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-noquestionnaire</div>
+      <td>
+        <div align="left">Turn off questionnaire check</div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-nousagestats</div>
+      <td>
+        <div align="left">Turn off google analytics usage tracking</div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-[no]sortbytree</div>
+      <td>
+        <div align="left">Enable or disable automatic sorting of
+          associated view when a new tree is displayed</div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-dasserver nickname=URL</div>
+      <td>
+        <div align="left">
+          Add and enable a <a href="dassettings.html">DAS server</a>
+          with given nickname (alphanumeric or underscores only) for
+          retrieval of features for all alignments<br> Sources that
+          also support the sequence command may be specified by
+          prepending the URL with 'sequence:'<br> <em>e.g.</em>
+          sequence:http://localdas.somewhere.org/das/source
+        </div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-fetchfrom nickname</div>
+      <td>
+        <div align="left">
+          Query a <a href="dassettings.html">DAS source</a> called
+          nickname for features for the alignments and display them
+        </div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-groovy FILE/URL</div>
+      <td>
+        <div align="left">Execute groovy script in FILE (where
+          FILE may be 'STDIN' to read from the standard input) after all
+          other arguments have been processed</div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-jabaws URL</div>
+      <td>
+        <div align="left">Specify the URL of the preferred JABAWS
+          server</div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-vdoc VAMSAS DOCUMENT FILE/URL</div>
+      <td>
+        <div align="left">
+          Import the given vamsas document into a new session.<br>
+          <em>New in 2.5</em>
+        </div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-vsess VAMSAS SESSION URL</div>
+      <td>
+        <div align="left">
+          Join the given vamsas session<br>If a document was also
+          specified, this will be imported first and then committed as
+          new data from Jalview to the specified session (Experimental -
+          not yet enabled!).<em>New in 2.5</em>
+        </div>
+        </div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td>
+        <div align="center">-fasta FILE</div>
+      </td>
 
-               <td>
-               <div align="left">Create alignment file FILE in Fasta format.</div>
-               </td>
-       </tr>
-       <tr> 
- <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
- <td><div align="left">Create alignment file FILE in Clustal format.</div></td>
- </tr>
- <tr> 
- <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
+      <td>
+        <div align="left">Create alignment file FILE in Fasta
+          format.</div>
+      </td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-clustal FILE</div></td>
+      <td><div align="left">Create alignment file FILE in
+          Clustal format.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-msf FILE</div></td>
 
- <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF format.</div></td>
- </tr>
- <tr> 
- <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
- <td><div align="left">Create alignment file FILE in Pileup format.</div></td>
- </tr>
- <tr> 
- <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
+      <td><div align="left">Create alignment file FILE in MSF
+          format.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-pileup FILE</div></td>
+      <td><div align="left">Create alignment file FILE in
+          Pileup format.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-pir FILE</div></td>
 
- <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR format.</div></td>
- </tr>
- <tr> 
- <td><div align="center">-pfam FILE</div></td>
- <td><div align="left">Create alignment file FILE in PFAM format.</div></td>
- </tr>
- <tr> 
- <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
- <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC format.</div></td>
- </tr>
- <tr> 
- <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
+      <td><div align="left">Create alignment file FILE in PIR
+          format.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-pfam FILE</div></td>
+      <td><div align="left">Create alignment file FILE in
+          PFAM format.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-blc FILE</div></td>
+      <td><div align="left">Create alignment file FILE in BLC
+          format.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-json FILE</div></td>
+      <td><div align="left">Create alignment file FILE in
+          JSON format.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-jalview FILE</div></td>
 
- <td><div align="left">Create alignment file FILE in Jalview format.</div></td>
- </tr>
- <tr> 
- <td><div align="center">-png FILE</div></td>
- <td><div align="left">Create PNG image FILE from alignment.</div></td>
- </tr>
- <tr> 
- <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
+      <td><div align="left">Create alignment file FILE in
+          Jalview format.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-png FILE</div></td>
+      <td><div align="left">Create PNG image FILE from
+          alignment.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-imgMap FILE</div></td>
 
- <td><div align="left">Create HTML file FILE with image map of PNG 
- image.</div></td>
- </tr>
- <tr> 
- <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
- <td><div align="left">Create EPS file FILE from alignment.</div></td>
- </tr>
- <tr> 
- <td><div align="center">-svg FILE</div></td>
- <td><div align="left">Create Scalable Vector Graphics file FILE from alignment.</div></td>
- </tr>
- </table>
+      <td><div align="left">Create HTML file FILE with image
+          map of PNG image.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-eps FILE</div></td>
+      <td><div align="left">Create EPS file FILE from
+          alignment.</div></td>
+    </tr>
+    <tr>
+      <td><div align="center">-svg FILE</div></td>
+      <td><div align="left">Create Scalable Vector Graphics
+          file FILE from alignment.</div></td>
+    </tr>
+  </table>
 </body>
 </html>