git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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JAL-2089 patch broken merge to master for Release 2.10.0b1
[jalview.git] / help / html / features / dasfeatures.html
diff --git a/help/html/features/dasfeatures.html b/help/html/features/dasfeatures.html
index a75a3a1..1965e70 100644 (file)
--- a/help/html/features/dasfeatures.html
+++ b/help/html/features/dasfeatures.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9.0b2)
- * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
+ * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -27,11 +27,8 @@
   <p>
     <strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong>
   </p>
-  <p>
-    Jalview includes a client for retrieving sequences and their
-    features via the <a href="http://www.biodas.org">Distributed
-      Annotation System</a>.
-  </p>
+  <p>Jalview includes a client for retrieving sequences and their
+    features via the Distributed Annotation System.</p>
   <ol>
     <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View
       -&gt; Feature Settings...&quot;</li>
@@ -51,15 +48,15 @@
     </li>
   </ol>
   <p>
-    If your DAS source selection contains sources which use Uniprot
-    accession ids, you will be asked whether Jalview should find Uniprot
+    If your DAS source selection contains sources which use UniProt
+    accession ids, you will be asked whether Jalview should find UniProt
     Accession ids for the given sequence names. It is important to
-    realise that many DAS sources only use Uniprot accession ids, rather
-    than Swissprot/Uniprot sequence names.<br> The <a
-      href="../webServices/dbreffetcher.html"
-    >database reference fetcher</a> documentation describes how Jalview
-    discovers what database references are appropriate for the sequences
-    in the alignment.
+    realise that many DAS sources only use UniProt accession ids, rather
+    than Swissprot/UniProt sequence names.<br> The <a
+      href="../webServices/dbreffetcher.html">database
+      reference fetcher</a> documentation describes how Jalview discovers
+    what database references are appropriate for the sequences in the
+    alignment.
   <ul>
     <li><em>Note</em><br> Please remember to save your
       alignment if either the start/end numbering, or the sequence IDs
@@ -69,6 +66,12 @@
   <p>
     <em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em>
   </p>
+  <br />
+  <p>
+    <em>The DAS registry at http://www.dasregistry.org was
+      decommissioned early in 2015. An unmaintained mirror is currently
+      hosted at http://www.ebi.ac.uk/das-srv/registry/.</em>
+  </p>
   <p>&nbsp;
 </body>
 </html>