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[jalview.git] / help / html / features / dasfeatures.html
index 9ef7e84..e18e273 100644 (file)
  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  * 
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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-<head>
-<title>DAS Features</title>
-</head>
-
-<body>
-<p><strong>DAS Sequence Feature Retrieval</strong></p>
-<p>Jalview includes a client for retrieving sequences and their features via
-the <a href="http://www.biodas.org">Distributed Annotation System</a>.</p>
-<ol>
-       <li>Open the Feature Settings panel by selecting &quot;View -&gt;
-       Feature Settings...&quot;</li>
-       <li>Click on the &quot;<a href="dassettings.html">DAS Settings</a>&quot;
-       tabbed pane.</li>
-       <li>Select the sources to use for DAS feature retrieval, then
-       click the &quot;Fetch DAS Features&quot; button.
-       <ul>
-               <li>Cancelling Feature Retrieval<br>
-               Press the <strong>Cancel Fetch</strong> button to immediately stop
-               feature retrieval. This will not remove any features already added to
-               the alignment, but will halt any outstanding DAS requests.<em>The
-               cancel fetch button is of particular use when one or more DAS
-               annotation servers are not responding!</em>
-       </ul>
-       </li>
-</ol>
-<p>If your DAS source selection contains sources which use Uniprot
-accession ids, you will be asked whether Jalview should find Uniprot
-Accession ids for the given sequence names. It is important to realise
-that many DAS sources only use Uniprot accession ids, rather than
-Swissprot/Uniprot sequence names.<br>
-The <a href="../webservices/dbreffetcher.html">database reference
-fetcher</a> documentation describes how Jalview discovers what database
-references are appropriate for the sequences in the alignment.
-<ul>
-       <li><em>Note</em><br>
-       Please remember to save your alignment if either the start/end
-       numbering, or the sequence IDs were updated during the ID 
-       retrieval process.</li>
-</ul>
-<p>&nbsp;
-<p><em>DAS support was introduced in Jalview Version 2.1.</em></p>
-<p>&nbsp;
-</body>
-</html>
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