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[jalview.git] / help / html / features / featuresFormat.html
diff --git a/help/html/features/featuresFormat.html b/help/html/features/featuresFormat.html
index a97d957..e18e273 100755 (executable)
--- a/help/html/features/featuresFormat.html
+++ b/help/html/features/featuresFormat.html
@@ -1,38 +1,18 @@
-<html>\r
-\r
-<head><title>Features File Format</title></head>\r
-\r
-<body>\r
-<p><strong>Sequence Features File Format</strong></p>\r
-<p>Note: This format is primarily intended to be used for the applet, which does \r
-  not have an XML parser and where file size must be kept to a minimum to reduce \r
-  download time.</p>\r
-<p>(Prior to version 2.08 known as the &quot;Groups file&quot;)<br>\r
-  A precalculated Features file can read onto an alignment from the command line \r
-  (&quot;-features&quot;), by drag and dropping the features file onto an alignment \r
-  or by selecting from the File menu &quot;Load Features / Annotations&quot;.</p>\r
-<p>Specify the feature types first, then refer to the feature type for each sequence.</p>\r
-<p>featureType&lt;tab&gt;colour<br>\r
-  description&lt;tab&gt;sequenceId&lt;tab&gt;sequenceIndex&lt;tab&gt;start&lt;tab&gt;end&lt;tab&gt;featureType</p>\r
-<p>eg<br>\r
-  <font size="3" face="Courier New, Courier, mono">domain red<br>\r
-  metal ion-binding site 00ff00<br>\r
-  transit peptide 0,105,215<br>\r
-  chain 225,105,0<br>\r
-  modified residue 105,225,35<br>\r
-  signal peptide 0,155,165<br>\r
-  Your Own description here FER_CAPAA -1 3 93 domain<br>\r
-  Your Own description here FER_CAPAN -1 48 144 chain<br>\r
-  Your Own description here FER_CAPAN -1 50 140 domain<br>\r
-  Your Own description here FER_CAPAN -1 136 136 modified residue<br>\r
-  Your Own description here FER1_LYCES -1 1 47 transit peptide<br>\r
-  Your Own description here Q93XJ9_SOLTU -1 1 48 signal peptide<br>\r
-  Your Own description here Q93XJ9_SOLTU -1 49 144 chain</font></p>\r
-<p>An additional option in Jalview 2.08 is to group features in the following \r
-  way: </p>\r
-<p><font size="3" face="Georgia, Times New Roman, Times, serif">STARTGROUP&lt;tab&gt;My feature groupA<br>\r
-  ....Many Feature descriptions here<br>\r
-  ENDGROUP&lt;tab&gt;My feature groupA</font><br>\r
-</p>\r
-</body>\r
-</html>\r
+<html>
+<!--
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
+ * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * 
+ * This file is part of Jalview.
+ * 
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+ * modify it under the terms of the GNU General Public License 
+ * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
+ * 
+ * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
+ * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
+ * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
+ * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
+ * 
+ * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+-->