git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
? search:
summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
apply version 2.7 copyright
[jalview.git] / help / html / features / seqmappings.html
diff --git a/help/html/features/seqmappings.html b/help/html/features/seqmappings.html
index 66edaf9..bb93c97 100644 (file)
--- a/help/html/features/seqmappings.html
+++ b/help/html/features/seqmappings.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>\r
 <!--\r
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)\r
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
  * \r
  * This file is part of Jalview.\r
  * \r
@@ -16,3 +16,24 @@
  * \r
  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
 -->\r
+<head>\r
+<title>Mapping Between Different Sequences</title>\r
+</head>\r
+<body>\r
+<p><strong>Mapping Between Different Sequences</strong></p>\r
+<p>A new feature in Jalview 2.3 is the ability to map between sequences in different \r
+  domains, based on alignment, or by the use of explicit mappings provided by \r
+  databases. </p>\r
+<p>The most familiar mapping is the one used to identify\r
+the coordinates corresponding to a displayed sequence when\r
+viewing a PDB file associated with a sequence (see \r
+<a href="viewingpdbs.html">&quot;Viewing PDB Files&quot;</a> \r
+for more information.</p>\r
+<p>The newest form of mapping supported by Jalview is the \r
+correspondence between DNA and protein sequences. This mapping\r
+can be imported directly from EMBL and EMBLCDS database records \r
+retrieved by the <a href="seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>, \r
+and allows sequence features to be mapped directly from Uniprot \r
+das sources to their coding region on EMBL sequence records.\r
+</body>\r
+</html>\r