git://source.jalview.org / jalview.git / blobdiff
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summary | shortlog | log | commit | commitdiff | tree
raw | inline | side by side
apply version 2.7 copyright
[jalview.git] / help / html / features / viewingpdbs.html
diff --git a/help/html/features/viewingpdbs.html b/help/html/features/viewingpdbs.html
index a6f5de9..fc12b3b 100755 (executable)
--- a/help/html/features/viewingpdbs.html
+++ b/help/html/features/viewingpdbs.html
@@ -1,7 +1,7 @@
 <html>
 <!--
- * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6.1)
- * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
+ * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
+ * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  * 
  * This file is part of Jalview.
  * 
@@ -38,14 +38,24 @@ structure is selected, one of the following will happen:</p>
 
        <li>If the structure is already shown, then you will be prompted
        to associate the sequence with an existing view of the selected
-       structure.</li>
+       structure. This is useful when working with multi-domain or multi-chain PDB files.</li>
 
        <li style="list-style: none">See the <a href="jmol.html">Jmol
        PDB viewer</a> help page for more information about the display.</li>
 </ul>
-
-
-<p>To associate PDB files with a sequence, right click on a sequence
+       <p>
+               <em>Opening structures associated with the current selection</em><br />
+               If one or more of the sequences in the alignment are selected, then
+               the Structure submenu of the <a href="../menus/popupMenu.html">Sequence
+                       ID popup menu</a> will contain will include either a 'View all <em>X</em>
+               structures' entry in the submenu or a 'View structure for <em>Sequence</em>'
+               entry. Both these options will open a new Jmol view containing one, or
+               all the structures available for all selected sequences, superimposed
+               using the currently selected region of the alignment. (<em>This
+                       capability was added in Jalview 2.7</em>)
+       </p>
+       <p><strong>Associating PDB files with Sequences</strong></p>
+       <p>To associate PDB files with a sequence, right click on a sequence
 ID and select "Structure<strong>&rarr;</strong> Associate Structure with
 Sequence", and one of the submenus:</p>
 
@@ -60,9 +70,8 @@ Sequence", and one of the submenus:</p>
        EBI, to fetch the PDB file with the entered Id.<br>
        </li>
 
-       <li>Discover PDB Ids - Jalview uses WSDBFetch, provided by the
-       EBI, to discover PDB ids for all the sequences in the alignment which
-       have valid Uniprot names / accession ids.</li>
+       <li>Discover PDB Ids - Jalview uses the sequence's ID to query WSDBFetch, provided by the
+       EBI, and any enabled DAS servers, to discover PDB ids associated with the sequence.</li>
 </ul>
 
 <p><strong>Importing PDB Entries or files in PDB format</strong><br>